141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0056 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_R0056  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0036  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0286926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0029  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.686339  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0035  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0289438  normal  0.257931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0044  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243599  hitchhiker  0.00307567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0019  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA22  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0047  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0034  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0011  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0043  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000745541  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0028  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.458439 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0028  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501499  normal  0.229543 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.205376  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0008  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0029  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.781659  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0068  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2517  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00884396  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2527  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2528  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112701  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0071  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0090  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2221  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000237155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2231  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243187  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2232  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210068  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0018  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.29875 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0028  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0043  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000608957  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0048  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0037  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0220661  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0021  tRNA-Lys  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0008  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0552  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146239  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0029  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0006  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.303657  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0001  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000658326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0084  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00872406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0043  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0036  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000127196  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0006  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873088  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0007  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.651045  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0009  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0031  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0093  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.8722200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0051  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111029  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0005  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0048  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00154367  hitchhiker  0.0000000000357409 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0014  tRNA-Asn  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000105704  normal  0.0608768 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0065  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000408633  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0008  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25278  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0005  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000194874  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0407  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.440416  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0829  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1160  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.155543  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0026  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000388812  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0052  tRNA-Phe  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0054  tRNA-Phe  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0004  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0043  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00102089  hitchhiker  0.00032415 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0008  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00012117  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0061  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000182131  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0080  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000242401  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0098  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000573413  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0100  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000556304  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0067  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0804329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>