59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0029 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23919  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  98.63 
 
 		 91 bp  137  5e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  107  5e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0021  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0175926  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  92 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  90.79 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  91.55 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  90.79 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  94.23 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0034  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0008  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0008  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.497275  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  85.07 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  84.85 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0060  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  84.85 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  86.79 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0049  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000144265  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1364  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0039  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0742703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0032  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891342 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0017  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000565076  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2323  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>