54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2400 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2400  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  100 
 
 		 446 aa  857    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.603733  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2463  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  71.79 
 
 		 435 aa  592  1e-168  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291531  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2434  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  68.15 
 
 		 434 aa  556  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.116228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2332  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  67.85 
 
 		 438 aa  511  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2203  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  62.25 
 
 		 429 aa  455  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.703215 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0640  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  40.04 
 
 		 438 aa  274  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3437  nucleobase/cation symporter, (NCS1) family  41.48 
 
 		 438 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1042  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  41.3 
 
 		 438 aa  260  4e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144538  normal  0.528331 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  40.53 
 
 		 429 aa  246  6e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2771  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  38.35 
 
 		 446 aa  241  2e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0255944  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4975  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  40.24 
 
 		 429 aa  237  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4974  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  40.54 
 
 		 427 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4921  NCS1 nucleoside transporter  40.29 
 
 		 427 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0951814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4797  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  40.54 
 
 		 427 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0493  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  38.77 
 
 		 430 aa  210  5e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.113424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4713  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  37.66 
 
 		 427 aa  206  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.244042 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0125  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30.26 
 
 		 448 aa  149  9e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371605  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0041  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.35 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.758493  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0095  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.1 
 
 		 448 aa  126  8.000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.209676  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7829  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  28.64 
 
 		 452 aa  119  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.458665 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2759  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.98 
 
 		 457 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1599  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  25 
 
 		 389 aa  94  5e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0130344  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0569  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  26.68 
 
 		 392 aa  92.8  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000369717  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1396  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  23.15 
 
 		 385 aa  87  6e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000155309  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1794  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  27.57 
 
 		 446 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09360  probable hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  25.96 
 
 		 416 aa  79.3  0.0000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.268783 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2841  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.72 
 
 		 444 aa  70.9  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810699  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5706  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.19 
 
 		 479 aa  59.7  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  0.11286 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2090  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  24.85 
 
 		 468 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00352517  normal  0.665422 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2267  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.15 
 
 		 468 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.193361  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3641  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  24.85 
 
 		 467 aa  57.4  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.476439 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0257  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.12 
 
 		 458 aa  56.6  0.0000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000119311  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4072  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  22.45 
 
 		 450 aa  56.6  0.0000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2557  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.44 
 
 		 484 aa  55.8  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.266727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2262  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.28 
 
 		 467 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI04210  cytosine-purine permease, putative  28.46 
 
 		 523 aa  52.8  0.00001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL06330  purine-cytosine permease, putative  28.46 
 
 		 525 aa  51.6  0.00003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5720  NCS1 nucleoside transporter  31.82 
 
 		 502 aa  49.7  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244182  normal  0.497544 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5964  NCS1 nucleoside transporter  31.82 
 
 		 502 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0145337  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6713  NCS1 nucleoside transporter  30.91 
 
 		 502 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1594  NCS1 nucleoside transporter  29.09 
 
 		 502 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6237  NCS1 nucleoside transporter  29.09 
 
 		 502 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.155037 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5352  NCS1 nucleoside transporter  29.09 
 
 		 502 aa  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.157454 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6657  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  29.09 
 
 		 502 aa  47.4  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14689  normal  0.0268783 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1533  NCS1 nucleoside transporter  29.41 
 
 		 503 aa  47  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.578632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1430  NCS1 family nucleobase/cation symporter  28.18 
 
 		 503 aa  47  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5409  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  22.74 
 
 		 473 aa  47  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103715  normal  0.0122128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3261  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  23.3 
 
 		 468 aa  47  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.3283  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1233  transporter transmembrane protein  29.41 
 
 		 502 aa  46.6  0.0009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0759006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2688  NCS1 nucleoside transporter family  28.18 
 
 		 503 aa  46.2  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.931856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6124  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.38 
 
 		 470 aa  45.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.874343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00768  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  28.57 
 
 		 499 aa  44.3  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6996  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  22.16 
 
 		 473 aa  44.3  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2484  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.58 
 
 		 464 aa  43.1  0.009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.307403  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>