More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_p840_66 on replicon NC_011311
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011311  VSAL_p840_66  DNA-binding protein HU-alpha  100 
 
 		 91 aa  185  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0113448  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_28  DNA-binding protein HU-alpha  77.78 
 
 		 91 aa  141  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002182  DNA-binding protein HU-alpha  67.78 
 
 		 90 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.131368  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00213  DNA-binding protein  66.67 
 
 		 101 aa  117  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2846  DNA-binding protein HU-alpha  63.33 
 
 		 90 aa  112  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00368421  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  108  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  106  9.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2407  DNA-binding protein HU  56.18 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.020348  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2213  DNA-binding protein HU  56.18 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.519209  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2152  DNA-binding protein HU  56.18 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0274093  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2136  DNA-binding protein HU  56.18 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2395  DNA-binding protein HU  56.18 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2377  DNA-binding protein HU  56.18 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2477  DNA-binding protein HU  56.18 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01420  nucleoid DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  104  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2063  HU family DNA-binding protein  56.67 
 
 		 91 aa  104  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.832344  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1873  HU family DNA-binding protein  58.89 
 
 		 91 aa  104  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.972501  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1763  histone family protein DNA-binding protein  56.18 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.203917  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2184  histone family protein DNA-binding protein  56.18 
 
 		 90 aa  103  7e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.170143  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0022  DNA-binding protein HU  56.67 
 
 		 90 aa  103  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00102315  hitchhiker  0.000567997 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2650  DNA-binding protein HU  58.43 
 
 		 90 aa  103  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2342  DNA-binding protein HU  55.06 
 
 		 90 aa  103  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.868034  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2983  DNA-binding protein HU  55.06 
 
 		 90 aa  103  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  55.56 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  58.89 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004041  DNA-binding protein HU-beta  56.67 
 
 		 90 aa  102  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  55.56 
 
 		 94 aa  101  3e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  55.56 
 
 		 94 aa  101  3e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3494  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000668206  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 91 aa  100  5e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  100  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  55.56 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  100  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03877  HU, DNA-binding transcriptional regulator, alpha subunit  58.43 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.380115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3994  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5469  transcriptional regulator HU subunit alpha  58.43 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.129609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4491  transcriptional regulator HU subunit alpha  58.43 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0852675  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4448  transcriptional regulator HU subunit alpha  58.43 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.302586  hitchhiker  0.00101008 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4234  transcriptional regulator HU subunit alpha  58.43 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03830  hypothetical protein  58.43 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.485291  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4543  transcriptional regulator HU subunit alpha  58.43 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.440082  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4025  transcriptional regulator HU subunit alpha  58.43 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0158227 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  56.67 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0213  transcriptional regulator HU subunit alpha  58.43 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00855152  normal  0.0112419 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3710  transcriptional regulator HU subunit alpha  59.55 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273113  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0532  histone-like protein  57.3 
 
 		 94 aa  100  1e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  56.67 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  56.67 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3756  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000231467  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3574  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000204463  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3473  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.59147e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3778  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000704337  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3486  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000148823  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  54.44 
 
 		 91 aa  99  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2403  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  99.4  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000237544  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3858  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000587043  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3740  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000145695 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 94 aa  98.6  2e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1474  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000112809  hitchhiker  0.00000484208 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1538  DNA-binding protein HU  55.56 
 
 		 91 aa  99  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000676058  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  98.6  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3864  transcriptional regulator HU subunit alpha  58.43 
 
 		 90 aa  98.6  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78216  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3827  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000818253  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0839  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0237084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0822  DNA-binding protein HU-beta  55.56 
 
 		 98 aa  98.2  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.172487  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4503  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.3 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0164141 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4501  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.3 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.358882  normal  0.0495174 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4577  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.3 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.511964 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4381  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.3 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.842423 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4414  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.3 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.18011  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  54.44 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  98.2  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0687  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 91 aa  97.4  5e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105584  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  97.8  5e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0222  transcriptional regulator HU subunit alpha  57.3 
 
 		 90 aa  97.8  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.390191  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  97.8  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  97.8  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  97.8  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  97.8  5e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>