45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_0230 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  100 
 
 		 193 aa  365  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  46.28 
 
 		 187 aa  108  7.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  38.55 
 
 		 194 aa  107  8.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  34.69 
 
 		 186 aa  99.4  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  43.06 
 
 		 186 aa  97.8  9e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  45.33 
 
 		 183 aa  95.5  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  42.57 
 
 		 162 aa  94.7  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  38.2 
 
 		 218 aa  94.7  7e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  40.79 
 
 		 200 aa  92.8  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  35.59 
 
 		 205 aa  91.7  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  42 
 
 		 204 aa  91.3  7e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  37.71 
 
 		 204 aa  89  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  36.05 
 
 		 201 aa  87.8  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2522  rhomboid family membrane protein  35.22 
 
 		 195 aa  86.3  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  39.58 
 
 		 209 aa  86.3  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2148  rhomboid family membrane protein  33.86 
 
 		 206 aa  82.4  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  38.71 
 
 		 202 aa  82  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  35.8 
 
 		 198 aa  81.6  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  36.31 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  39.42 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  39.42 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  38.1 
 
 		 194 aa  79  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  39.42 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  39.42 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  40.29 
 
 		 183 aa  78.2  0.00000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  39.86 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  38.57 
 
 		 171 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1033  rhomboid-like protein  35.54 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  41.35 
 
 		 199 aa  60.8  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4990  peptidase S54-type, rhomboid-like protein  33.9 
 
 		 220 aa  55.1  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25145  normal  0.208438 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  38.62 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1085  Rhomboid family protein  31.21 
 
 		 204 aa  49.3  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  35.8 
 
 		 204 aa  48.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0020  Rhomboid family protein  28.37 
 
 		 242 aa  47.8  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.430888  normal  0.257082 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1093  Rhomboid family protein  32.74 
 
 		 198 aa  47.8  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  26.24 
 
 		 342 aa  47  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  39.33 
 
 		 369 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  26.24 
 
 		 342 aa  45.1  0.0007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  29.71 
 
 		 541 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  29.71 
 
 		 541 aa  43.1  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  29.71 
 
 		 547 aa  43.1  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1031  transmembrane protein  40.37 
 
 		 192 aa  43.1  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.281068  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  34.85 
 
 		 515 aa  42  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  30.53 
 
 		 303 aa  41.6  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  23.35 
 
 		 486 aa  41.6  0.007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>