63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0046 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.51263  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0008  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.796932  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0001  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0586  tRNA-Arg  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177308  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0014  tRNA-Arg  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000764457 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0055  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1762  tRNA-Arg  88 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443699  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0013  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.195236 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20500  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0314727  normal  0.242417 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0011  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.264666  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0049  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0051  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0013  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0032  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513939  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0038  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0023  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.350487  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0104  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.147929 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24430  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0257328  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t63  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 69 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.198832 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0059  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0741541  normal  0.518093 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0077  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.749348  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t27  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0226872  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0003  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6049  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA53  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224894  normal  0.311657 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R67  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0322205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0044  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0046  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00661721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0043  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0064  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0011  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0023  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165773  normal  0.561147 
 
 
-
 
NC_006369  lplt16  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt16  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0016  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0027696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1373  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000017681 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0060  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000322774  normal  0.330331 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0052  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.108148  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000324557  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0177881  hitchhiker  0.00685945 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>