46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1373 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1373  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000017681 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0058  tRNA-Arg  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0010  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30640  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.587874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0061  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27110  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0076  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0051  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.23821 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0020  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.213818  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0019  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24430  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0257328  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32790  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0054  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02560  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.574761  hitchhiker  0.000017399 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0050  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.679099  normal  0.454728 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0008  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0060  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.530052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0055  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0586  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177308  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000764457 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0014  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0177881  hitchhiker  0.00685945 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0645499  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0022  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0027696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t05  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_629  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0002  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0053  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0012  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.792463  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0011  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0018  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14014  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0046  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.455447  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0022  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0043  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.924826  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0048  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.358997  normal  0.0149613 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0043  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.15231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>