61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1993 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1993  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 102 aa  211  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 114 aa  52  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1800  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 105 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.315491 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  45.65 
 
 		 105 aa  50.4  0.000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  48.89 
 
 		 105 aa  49.3  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 118 aa  47.8  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.12 
 
 		 118 aa  47.8  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.12 
 
 		 118 aa  47.8  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 		 118 aa  46.2  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 111 aa  45.4  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.18 
 
 		 154 aa  45.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  43.18 
 
 		 154 aa  45.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 120 aa  44.7  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 104 aa  44.7  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 118 aa  43.9  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 113 aa  43.5  0.0009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.18 
 
 		 141 aa  43.5  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.19 
 
 		 133 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1312  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 158 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.45 
 
 		 176 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.43 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2654  DnaK suppressor protein  32.99 
 
 		 158 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.562233  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2385  hypothetical protein  34.12 
 
 		 117 aa  43.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.309687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  43.18 
 
 		 143 aa  42.4  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.58 
 
 		 216 aa  42.7  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2168  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.68 
 
 		 142 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.67 
 
 		 118 aa  42.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1192  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 158 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.890145  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.72 
 
 		 151 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.48 
 
 		 144 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.5 
 
 		 147 aa  42  0.003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 		 228 aa  42  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.48 
 
 		 144 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.55 
 
 		 120 aa  41.2  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 		 253 aa  41.6  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.91 
 
 		 110 aa  41.6  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 110 aa  41.6  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  27.45 
 
 		 141 aa  41.2  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  43.48 
 
 		 105 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 106 aa  41.6  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 144 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.48 
 
 		 103 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 139 aa  41.2  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.48 
 
 		 103 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  35.29 
 
 		 117 aa  41.2  0.005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 132 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 251 aa  40.8  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.64 
 
 		 231 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  29.41 
 
 		 118 aa  40.8  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 139 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 140 aa  40.8  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.7 
 
 		 118 aa  40.4  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.22 
 
 		 120 aa  40.4  0.008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1980  dnaK suppressor  30.93 
 
 		 129 aa  40.4  0.008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 147 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1411  transcriptional regulator  34.43 
 
 		 92 aa  40.4  0.009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.03 
 
 		 155 aa  40.4  0.009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>