97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9902_R0008 on replicon NC_007513
Organism: Synechococcus sp. CC9902



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007513  Syncc9902_R0008  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0044  tRNA-Val  97.22 
 
 		 72 bp  127  4.0000000000000003e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.320122  normal  0.198064 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309269  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309382  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.658487  normal  0.0584078 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0036  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAValVIMSS1309132  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309100  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  88.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309173  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.124324  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0014  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0029  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0245746  normal  0.0651884 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0013  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15510  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00141573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0024  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.540332 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0014  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.167112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4328  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0037  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0053  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.223885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0047  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  85.14 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  85.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  85.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  85.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0004  tRNA-Val  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  90 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  85.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0041  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.576244  normal  0.292589 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0015  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0605809  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  84.62 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0026  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.851542  hitchhiker  0.00348632 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0046  tRNA-Val  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.146675 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0027  tRNA-Val  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.60657 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  84.38 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0016  tRNA-Val  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0029  tRNA-Val  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.575368 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0037  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  89.36 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0024  tRNA-Val  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  83.33 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  83.33 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0028  tRNA-Val  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436096 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0028  tRNA-Val  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.13979  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0040  tRNA-Val  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.142714 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  83.58 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  83.58 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0045  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0449962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  83.58 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0025  tRNA-Val  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000321659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0063  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.741524  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  83.58 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  83.58 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  83.58 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  83.58 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  83.58 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0045  tRNA-Val  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.16589  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309186  tRNA-Val  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.8123 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0027  tRNA-Val  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309068  tRNA-Val  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0001  tRNA-Val  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309272  tRNA-Val  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0045  tRNA-Val  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.106461  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309144  tRNA-Val  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0213338  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAValVIMSS1309119  tRNA-Val  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.255702  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0031  tRNA-Val  85.19 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.057517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309362  tRNA-Val  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>