293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0053 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4555  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0002  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0002  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0035  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.189489  normal  0.0273224 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0031  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0180347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0002  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.397812 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0001  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0023  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00163984  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0034  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0033  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.531493  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00005  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0071  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0355  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.170525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0026  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0026  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477919  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0298  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00048351 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0202  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0364  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5010  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0764827  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0034  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0020  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0289  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.514684  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0084  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.806179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0072  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000258619  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0365  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000585486 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0373  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0664005  normal  0.64583 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4645  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0358  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0073  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26520  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.301685  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01506  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0031  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt07  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0040  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0920487  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0031  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0547169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0040  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0780  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0039  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000122131  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0011  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0710124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0014  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0215661  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0001  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0031  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0799224  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0055  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0030  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0191215  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2989  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.920581  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0058  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0155  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2927  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0992  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.732279  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0036  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.212017  normal  0.456319 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3032  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1602  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.57437  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2621  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0778487  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0284  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.359801  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0025  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0169  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna8  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.222238  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0019  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0033  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.389622  normal  0.782985 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.159115  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0034  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00134196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000781338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000213903  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>