240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6224 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_3995  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  81.39 
 
 
505 aa  869    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1814  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  69.58 
 
 
476 aa  711    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0230  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  76.57 
 
 
486 aa  790    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.403364  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1414  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain:nitrogenase component I, alpha chain  68.85 
 
 
490 aa  710    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.13472 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3631  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  76.13 
 
 
488 aa  776    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.486898 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5053  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  82.28 
 
 
509 aa  860    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3535  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  83.76 
 
 
505 aa  882    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330335  normal  0.0313062 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0474  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  75.62 
 
 
486 aa  768    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.387575  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3917  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  65.95 
 
 
480 aa  655    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7754  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  73.79 
 
 
487 aa  768    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4248  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  70.66 
 
 
491 aa  725    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1521  nitrogenase molybdenum-iron protein, alpha subunit  75.1 
 
 
491 aa  757    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0540  nitrogenase iron-molybdenum protein, alpha chain  76.57 
 
 
493 aa  796    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5100  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  75 
 
 
487 aa  766    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4931  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  81.84 
 
 
503 aa  857    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1353  nitrogenase molybdenum-iron protein subunit alpha  67.7 
 
 
500 aa  708    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1011  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  76.83 
 
 
487 aa  803    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.77042  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1239  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  75.1 
 
 
491 aa  757    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0291496 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4487  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  65.48 
 
 
486 aa  671    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.493572  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0970  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  75.21 
 
 
487 aa  766    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.659095  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1786  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  69.58 
 
 
476 aa  711    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4462  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  74.49 
 
 
503 aa  773    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.559091  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1466  nitrogenase, molybdenum-iron protein alpha chain(NifD)  72.98 
 
 
487 aa  763    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00189861  hitchhiker  0.000541069 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1074  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  75.05 
 
 
487 aa  766    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.811234  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2365  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  69.23 
 
 
494 aa  723    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1569  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  81.16 
 
 
499 aa  848    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.825856  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4137  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  67.63 
 
 
485 aa  718    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.303688  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1201  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  71.28 
 
 
479 aa  719    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.75707  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0492  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  67.57 
 
 
482 aa  699    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5924  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain, nifD  75.56 
 
 
500 aa  776    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.127906  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2344  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  73.39 
 
 
487 aa  775    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0441193  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0273  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  67.15 
 
 
488 aa  692    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.280105  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1050  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  64.99 
 
 
477 aa  660    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1431  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  73.83 
 
 
485 aa  766    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2119  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  70.71 
 
 
476 aa  726    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0308502 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6880  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  65.06 
 
 
486 aa  666    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.782368 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6224  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  100 
 
 
500 aa  1038    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2191  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  76.57 
 
 
493 aa  795    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.395448  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01390  Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain:Nitrogenase component I, alpha chain  69.57 
 
 
492 aa  710    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0089  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  74.45 
 
 
501 aa  776    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1247  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  76.77 
 
 
493 aa  801    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.867808 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2099  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  61.68 
 
 
486 aa  634  1e-180  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2820  nitrogenase molybdenum-iron protein, alpha chain  61.47 
 
 
479 aa  628  1e-179  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3204  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  60.63 
 
 
483 aa  626  1e-178  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1176  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  61.26 
 
 
479 aa  627  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3468  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  60.84 
 
 
481 aa  625  1e-178  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2075  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  61.05 
 
 
487 aa  624  1e-177  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2144  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  61.05 
 
 
480 aa  623  1e-177  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683896 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0663  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  59.62 
 
 
481 aa  612  9.999999999999999e-175  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.508011 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3029  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  59.58 
 
 
483 aa  613  9.999999999999999e-175  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0649  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  59.58 
 
 
481 aa  614  9.999999999999999e-175  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.997162  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0168  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  40.42 
 
 
533 aa  429  1e-119  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488812  normal  0.836234 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2818  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  40.26 
 
 
539 aa  425  1e-118  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.365321  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0558  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  41 
 
 
541 aa  414  1e-114  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.000289733  normal  0.238141 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0741  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  41.43 
 
 
546 aa  409  1e-113  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1952  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  41.26 
 
 
544 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0543638  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1531  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  41.92 
 
 
546 aa  408  1.0000000000000001e-112  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3093  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  40.45 
 
 
542 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1247  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  39.89 
 
 
544 aa  403  1e-111  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0023858  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0682  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  40.98 
 
 
546 aa  404  1e-111  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2616  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  38.2 
 
 
544 aa  389  1e-107  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.941004 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1016  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  38.1 
 
 
551 aa  389  1e-107  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.269475  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1155  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  37.59 
 
 
539 aa  374  1e-102  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.450671  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1754  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  38.96 
 
 
540 aa  371  1e-101  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1630  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  38.79 
 
 
542 aa  365  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000671543  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1026  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  39.79 
 
 
545 aa  347  2e-94  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0837  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  36.13 
 
 
546 aa  346  7e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1145  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  46.37 
 
 
546 aa  338  9.999999999999999e-92  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.990957 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1199  nitrogenase component I, alpha chain  40.14 
 
 
476 aa  331  2e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0146  nitrogenase component I, alpha chain  39.58 
 
 
482 aa  328  2.0000000000000001e-88  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1800  nitrogenase alpha chain  38.17 
 
 
477 aa  324  2e-87  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.515019  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0101  nitrogenase alpha chain  38.17 
 
 
476 aa  318  2e-85  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.299285  normal  0.0821221 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4041  nitrogenase component I, alpha chain  40.09 
 
 
476 aa  317  2e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0661  nitrogenase alpha chain  37.95 
 
 
476 aa  318  2e-85  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.949804  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0551  nitrogenase component I, alpha chain  39.46 
 
 
486 aa  311  1e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.39708  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0062  nitrogenase alpha chain  37.53 
 
 
475 aa  311  2e-83  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0060  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  36.54 
 
 
476 aa  302  8.000000000000001e-81  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.477113  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1431  nitrogenase component I, alpha chain  37.93 
 
 
475 aa  302  1e-80  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0103  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  38.15 
 
 
480 aa  299  7e-80  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.21101  normal  0.23619 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0166  nitrogenase associated protein E  35.12 
 
 
518 aa  297  2e-79  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1798  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  37.91 
 
 
480 aa  298  2e-79  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0663  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  37.44 
 
 
478 aa  297  3e-79  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.258414  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1147  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  37.24 
 
 
465 aa  287  4e-76  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0359167  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1201  bifunctional nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE/NifN  35.01 
 
 
917 aa  278  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1756  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  34.98 
 
 
453 aa  276  5e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00502819  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4026  nitrogenase vanadium-iron protein, alpha chain  35.43 
 
 
587 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1954  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  33.41 
 
 
453 aa  274  3e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.396368  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0476  nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE  35.28 
 
 
629 aa  271  2e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2077  bifunctional nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE/NifN  34.31 
 
 
918 aa  271  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3206  bifunctional nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE/NifN  34.25 
 
 
918 aa  270  5e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2142  bifunctional nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE/NifN  33.41 
 
 
918 aa  269  8.999999999999999e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0853728 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3932  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  35.48 
 
 
480 aa  268  1e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.844513  normal  0.0730658 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0639  bifunctional nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE/NifN  33.79 
 
 
915 aa  268  1e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.835283  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02610  vanadium nitrogenase, alpha subunit, vnfD  33.62 
 
 
474 aa  268  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2278  nitrogenase, subunit alpha  35.5 
 
 
465 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000740744  normal  0.119504 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1235  nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE  34.67 
 
 
463 aa  266  8e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00336463 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1517  nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE  34.67 
 
 
463 aa  266  8e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.302679  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1533  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  33.94 
 
 
453 aa  266  8.999999999999999e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.936667  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0148  nitrogenase  32.55 
 
 
459 aa  265  2e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0556  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  34.44 
 
 
462 aa  265  2e-69  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.263807  normal  0.366302 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>