98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5713 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2860  integrase catalytic region  99.89 
 
 		 930 bp  1836    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4981  Integrase catalytic region  87.2 
 
 		 930 bp  900    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4559  Integrase catalytic region  87.2 
 
 		 930 bp  900    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.326011 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5713    100 
 
 		 1992 bp  3949    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5714  integrase catalytic region  100 
 
 		 930 bp  1844    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4891  Integrase catalytic region  87.42 
 
 		 930 bp  916    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0382576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4607  integrase catalytic region  85.38 
 
 		 930 bp  765    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6240  integrase catalytic region  99.67 
 
 		 1128 bp  1788    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0674  Integrase catalytic region  87.2 
 
 		 930 bp  900    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6506  integrase catalytic region  99.89 
 
 		 930 bp  1836    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5058    87.69 
 
 		 585 bp  589  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6507  transposase IS3/IS911 family protein  100 
 
 		 267 bp  529  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6241  transposase IS3/IS911 family protein  100 
 
 		 267 bp  529  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2861  transposase IS3/IS911 family protein  100 
 
 		 267 bp  529  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5715  transposase IS3/IS911 family protein  100 
 
 		 267 bp  529  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4471  integrase catalytic region  85.55 
 
 		 708 bp  359  2e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.154485  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5765    86.54 
 
 		 411 bp  347  8e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00000020219  normal  0.53939 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4608  transposase IS3/IS911 family protein  91.01 
 
 		 267 bp  339  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.546764  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4892  transposase IS3/IS911 family protein  88.76 
 
 		 267 bp  291  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.050362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0673  transposase IS3 family protein  88.01 
 
 		 267 bp  276  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.112042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4982  transposase IS3 family protein  88.01 
 
 		 267 bp  276  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4558  transposase IS3 family protein  88.01 
 
 		 267 bp  276  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.289218 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6210    86.05 
 
 		 263 bp  212  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3888    81.61 
 
 		 955 bp  147  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3869    81.61 
 
 		 982 bp  147  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5317  integrase catalytic region  80.73 
 
 		 921 bp  125  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0707814  normal  0.862383 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1212    82.38 
 
 		 555 bp  123  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.129542  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3887    84.93 
 
 		 261 bp  115  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3868    84.93 
 
 		 261 bp  115  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0744  integrase catalytic subunit  80.49 
 
 		 1182 bp  93.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0381  integrase catalytic subunit  81.94 
 
 		 570 bp  85.7  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2926  transposase IS3/IS911  81.42 
 
 		 201 bp  85.7  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.613447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3736  integrase catalytic region  84.47 
 
 		 873 bp  77.8  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.402881 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7887    82.93 
 
 		 637 bp  77.8  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0461    97.67 
 
 		 240 bp  77.8  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1610  transposase IS3/IS911 family protein  80 
 
 		 294 bp  73.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.111694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1093  transposase IS3/IS911 family protein  80 
 
 		 255 bp  73.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0403  insertion element ISR1 uncharacterized 10 kDa protein A3  92 
 
 		 267 bp  67.9  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.868889 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4851  transposase IS3/IS911 family protein  92 
 
 		 201 bp  67.9  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0283322 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4004    79.67 
 
 		 204 bp  67.9  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0927  transposase IS3/IS911 family protein  92 
 
 		 228 bp  67.9  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4090  transposase IS3/IS911 family protein  92 
 
 		 267 bp  67.9  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.702583  normal  0.16367 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3356  insertion element ISR1 uncharacterized 10 kDa protein A3  92 
 
 		 267 bp  67.9  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2510  transposase  92 
 
 		 267 bp  67.9  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.021123 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0466  transposase IS3/IS911 family protein  85.19 
 
 		 267 bp  65.9  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6020  transposase IS3/IS911 family protein  81.45 
 
 		 267 bp  63.9  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.02017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1042  hypothetical protein  82.69 
 
 		 546 bp  63.9  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  0.577447 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5450    84.15 
 
 		 789 bp  60  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.564298  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1493  ISRSO14-transposase ORFA protein  83.15 
 
 		 264 bp  58  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.504029  normal  0.961053 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7038  transposase IS3/IS911 family protein  83.95 
 
 		 267 bp  58  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7057  transposase IS3/IS911 family protein  83.95 
 
 		 267 bp  58  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0829  ISRSO14-transposase ORFA protein  83.15 
 
 		 264 bp  58  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2406  ISRSO14-transposase ORFA protein  83.15 
 
 		 264 bp  58  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1216  ISRSO14-transposase ORFA protein  83.15 
 
 		 264 bp  58  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0221  integrase catalytic region  82.8 
 
 		 873 bp  58  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1064  integrase catalytic region  82.8 
 
 		 873 bp  58  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3472  integrase catalytic region  82.8 
 
 		 873 bp  58  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0238059  normal  0.994317 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1608  integrase catalytic region  82.8 
 
 		 873 bp  58  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0124752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3728  integrase protein  89.58 
 
 		 714 bp  56  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0519    83.75 
 
 		 268 bp  56  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3526  integrase protein  89.58 
 
 		 714 bp  56  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0130406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3223  integrase protein  89.58 
 
 		 714 bp  56  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0342368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1092    90.91 
 
 		 860 bp  56  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2624  integrase protein  89.58 
 
 		 714 bp  56  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.947279  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0375  transposase IS3/IS911 family protein  87.5 
 
 		 264 bp  56  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000436145  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0515    83.75 
 
 		 225 bp  56  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.291374  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2967  transposase IS3/IS911  84.51 
 
 		 288 bp  54  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2497    89.36 
 
 		 1092 bp  54  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0863968 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0651    89.36 
 
 		 479 bp  54  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.297133 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1914  putative insertion element / transposase  89.13 
 
 		 267 bp  52  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.863357  hitchhiker  0.0000000229131 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2103  putative transposase  89.13 
 
 		 267 bp  52  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0726746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2507  transposase  89.13 
 
 		 267 bp  52  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0154773 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0875  transposase IS3/IS911 family protein  89.13 
 
 		 267 bp  52  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.572302 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0463  transposase IS3/IS911 family protein  89.13 
 
 		 267 bp  52  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2592    86.21 
 
 		 257 bp  52  0.0006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.743625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0267  cytochrome bd-type quinol oxidase subunit 1-like protein  91.89 
 
 		 312 bp  50.1  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0635355 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6817  transposase  80.95 
 
 		 438 bp  50.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.976748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7691  integrase catalytic subunit  88.89 
 
 		 939 bp  50.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2658  cytochrome bd-type quinol oxidase subunit 1-like protein  91.89 
 
 		 312 bp  50.1  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.568298  normal  0.72291 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1913  putative insertion element  90.24 
 
 		 822 bp  50.1  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000339403 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0464  integrase catalytic region  90.24 
 
 		 822 bp  50.1  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0876  integrase catalytic region  90.24 
 
 		 822 bp  50.1  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.516654 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2508  integrase  90.24 
 
 		 822 bp  50.1  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0298999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2104  putative integrase  90.24 
 
 		 822 bp  50.1  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.209867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5482    82.14 
 
 		 267 bp  48.1  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.688007 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  96.43 
 
 		 1128 bp  48.1  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  96.43 
 
 		 1128 bp  48.1  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4089  integrase catalytic region  90 
 
 		 810 bp  48.1  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.805064  normal  0.114736 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0220  transposase IS3/IS911 family protein  87.5 
 
 		 267 bp  48.1  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0746884 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  96.43 
 
 		 1128 bp  48.1  0.01  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3357  integrase catalytic region  90 
 
 		 810 bp  48.1  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1065  transposase IS3/IS911 family protein  87.5 
 
 		 267 bp  48.1  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2509  integrase  90 
 
 		 696 bp  48.1  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0263754 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0926  integrase catalytic region  90 
 
 		 810 bp  48.1  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0404  integrase catalytic region  90 
 
 		 810 bp  48.1  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.980653 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1609  transposase IS3/IS911 family protein  87.5 
 
 		 267 bp  48.1  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0629133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4005  integrase catalytic region  88.64 
 
 		 855 bp  48.1  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.5936 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3471  transposase IS3/IS911 family protein  87.5 
 
 		 267 bp  48.1  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0959135  normal  0.645144 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>