47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3869 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3869    100 
 
 		 982 bp  1947    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3888    100 
 
 		 955 bp  1871    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0744  integrase catalytic subunit  85.69 
 
 		 1182 bp  438  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4471  integrase catalytic region  79.73 
 
 		 708 bp  167  8.000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.154485  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4891  Integrase catalytic region  80.15 
 
 		 930 bp  149  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0382576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5713    81.61 
 
 		 1992 bp  147  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5714  integrase catalytic region  81.61 
 
 		 930 bp  147  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6506  integrase catalytic region  81.61 
 
 		 930 bp  147  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2860  integrase catalytic region  81.61 
 
 		 930 bp  147  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5317  integrase catalytic region  77.86 
 
 		 921 bp  141  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0707814  normal  0.862383 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5058    80.16 
 
 		 585 bp  137  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6240  integrase catalytic region  80.97 
 
 		 1128 bp  131  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4559  Integrase catalytic region  79.84 
 
 		 930 bp  127  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.326011 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4981  Integrase catalytic region  79.84 
 
 		 930 bp  127  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0674  Integrase catalytic region  79.84 
 
 		 930 bp  127  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4607  integrase catalytic region  85.47 
 
 		 930 bp  97.6  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7887    84.78 
 
 		 637 bp  91.7  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2889  hypothetical protein  95.92 
 
 		 363 bp  81.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.465911  normal  0.220864 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1042  hypothetical protein  84.54 
 
 		 546 bp  73.8  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  0.577447 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1497    92.31 
 
 		 2972 bp  71.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3736  integrase catalytic region  83.51 
 
 		 873 bp  65.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.402881 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1212    85.71 
 
 		 555 bp  60  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.129542  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2497    84.42 
 
 		 1092 bp  58  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0863968 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1092    82.47 
 
 		 860 bp  58  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5765    89.36 
 
 		 411 bp  54  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00000020219  normal  0.53939 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0404  integrase catalytic region  86.44 
 
 		 810 bp  54  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.980653 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2693    83.54 
 
 		 268 bp  54  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113528  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0926  integrase catalytic region  86.44 
 
 		 810 bp  54  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4089  integrase catalytic region  86.44 
 
 		 810 bp  54  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.805064  normal  0.114736 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3357  integrase catalytic region  86.44 
 
 		 810 bp  54  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2509  integrase  86.44 
 
 		 696 bp  54  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0263754 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4005  integrase catalytic region  85.48 
 
 		 855 bp  52  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.5936 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2508  integrase  83.78 
 
 		 822 bp  52  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0298999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2104  putative integrase  83.78 
 
 		 822 bp  52  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.209867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1913  putative insertion element  83.78 
 
 		 822 bp  52  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000339403 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0876  integrase catalytic region  83.78 
 
 		 822 bp  52  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.516654 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0464  integrase catalytic region  83.78 
 
 		 822 bp  52  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3472  integrase catalytic region  85.48 
 
 		 873 bp  52  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0238059  normal  0.994317 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1608  integrase catalytic region  85.48 
 
 		 873 bp  52  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0124752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4597  Integrase catalytic region  81.19 
 
 		 924 bp  50.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2624  integrase protein  91.89 
 
 		 714 bp  50.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.947279  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6019    85.96 
 
 		 749 bp  50.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0229369 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3728  integrase protein  91.89 
 
 		 714 bp  50.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5450    100 
 
 		 789 bp  50.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.564298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3526  integrase protein  91.89 
 
 		 714 bp  50.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0130406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3223  integrase protein  91.89 
 
 		 714 bp  50.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0342368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4852  integrase catalytic region  100 
 
 		 783 bp  48.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0318827 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>