32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2693 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2693    100 
 
 		 268 bp  531  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113528  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7887    87.3 
 
 		 637 bp  115  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3736  integrase catalytic region  86.6 
 
 		 873 bp  81.8  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.402881 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1608  integrase catalytic region  85.57 
 
 		 873 bp  73.8  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0124752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3472  integrase catalytic region  85.57 
 
 		 873 bp  73.8  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0238059  normal  0.994317 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0381  integrase catalytic subunit  86.36 
 
 		 570 bp  71.9  0.00000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.183978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5058    89.66 
 
 		 585 bp  67.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0221  integrase catalytic region  84.54 
 
 		 873 bp  65.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1042  hypothetical protein  84.54 
 
 		 546 bp  65.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  0.577447 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1064  integrase catalytic region  84.54 
 
 		 873 bp  65.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0404  integrase catalytic region  84.54 
 
 		 810 bp  65.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.980653 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4089  integrase catalytic region  84.54 
 
 		 810 bp  65.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.805064  normal  0.114736 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0926  integrase catalytic region  84.54 
 
 		 810 bp  65.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3357  integrase catalytic region  84.54 
 
 		 810 bp  65.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2509  integrase  84.54 
 
 		 696 bp  65.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0263754 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4471  integrase catalytic region  88.24 
 
 		 708 bp  63.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.154485  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5317  integrase catalytic region  84 
 
 		 921 bp  63.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0707814  normal  0.862383 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4005  integrase catalytic region  88.89 
 
 		 855 bp  61.9  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.5936 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2014  Integrase catalytic region  92.86 
 
 		 894 bp  60  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2889  hypothetical protein  94.29 
 
 		 363 bp  54  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.465911  normal  0.220864 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3888    83.54 
 
 		 955 bp  54  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3869    83.54 
 
 		 982 bp  54  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1092    82.47 
 
 		 860 bp  50.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2508  integrase  86.67 
 
 		 822 bp  48.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0298999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2104  putative integrase  86.67 
 
 		 822 bp  48.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.209867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1913  putative insertion element  86.67 
 
 		 822 bp  48.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000339403 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0876  integrase catalytic region  86.67 
 
 		 822 bp  48.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.516654 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0464  integrase catalytic region  86.67 
 
 		 822 bp  48.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4559  Integrase catalytic region  93.75 
 
 		 930 bp  48.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.326011 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4981  Integrase catalytic region  93.75 
 
 		 930 bp  48.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0674  Integrase catalytic region  93.75 
 
 		 930 bp  48.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0170  transposase B  87.27 
 
 		 684 bp  46.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.000123124  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>