More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0876 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0464  integrase catalytic region  100 
 
 		 273 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1913  putative insertion element  100 
 
 		 273 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000339403 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0876  integrase catalytic region  100 
 
 		 273 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.516654 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2508  integrase  100 
 
 		 273 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0298999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2104  putative integrase  100 
 
 		 273 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.209867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2624  integrase protein  93.83 
 
 		 237 aa  440  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.947279  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3223  integrase protein  93.83 
 
 		 237 aa  440  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0342368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3526  integrase protein  93.83 
 
 		 237 aa  440  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0130406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3728  integrase protein  93.83 
 
 		 237 aa  440  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2968  integrase catalytic subunit  77.01 
 
 		 264 aa  425  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.166186 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1258  transposase IS3 family protein  65.65 
 
 		 372 aa  371  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.542288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0898  transposase IS3 protein  65.65 
 
 		 372 aa  371  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.567921 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2654  transposase IS3 family protein  65.65 
 
 		 372 aa  371  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0683836  normal  0.423018 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1768  transposase IS3 family protein  65.65 
 
 		 372 aa  371  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.383553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0649  transposase IS3 family protein  65.65 
 
 		 372 aa  371  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.343729 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1688  transposase IS3 family protein  65.65 
 
 		 372 aa  371  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0936  transposase IS3 family protein  65.65 
 
 		 372 aa  371  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.582923  normal  0.33404 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1761  transposase IS3 family protein  65.65 
 
 		 372 aa  371  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2430  transposase IS3 family protein  65.65 
 
 		 372 aa  371  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.755967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1719  transposase IS3 family protein  65.65 
 
 		 372 aa  371  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.662695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4336  integrase catalytic region  62.89 
 
 		 309 aa  332  6e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.139423  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4529  integrase catalytic region  62.89 
 
 		 309 aa  332  6e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4683  integrase catalytic region  62.89 
 
 		 309 aa  332  6e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7691  integrase catalytic subunit  61.51 
 
 		 312 aa  322  6e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0221  integrase catalytic region  59.77 
 
 		 290 aa  320  1.9999999999999998e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1064  integrase catalytic region  59.77 
 
 		 290 aa  320  1.9999999999999998e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4597  Integrase catalytic region  61.69 
 
 		 307 aa  315  6e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4005  integrase catalytic region  61.96 
 
 		 284 aa  315  7e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.5936 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1608  integrase catalytic region  59.39 
 
 		 290 aa  314  9.999999999999999e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0124752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4852  integrase catalytic region  61.29 
 
 		 260 aa  314  9.999999999999999e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0318827 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3472  integrase catalytic region  59.39 
 
 		 290 aa  314  9.999999999999999e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0238059  normal  0.994317 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0926  integrase catalytic region  61.63 
 
 		 269 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3357  integrase catalytic region  61.24 
 
 		 269 aa  309  4e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1567  Integrase catalytic region  60.48 
 
 		 309 aa  308  9e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0404  integrase catalytic region  60.85 
 
 		 269 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.980653 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4089  integrase catalytic region  60.85 
 
 		 269 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.805064  normal  0.114736 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3393  integrase catalytic subunit  64.38 
 
 		 274 aa  300  2e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4559  Integrase catalytic region  60.8 
 
 		 309 aa  296  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.326011 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0674  Integrase catalytic region  60.8 
 
 		 309 aa  296  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4981  Integrase catalytic region  60.8 
 
 		 309 aa  296  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4891  Integrase catalytic region  60.8 
 
 		 309 aa  296  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0382576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0744  integrase catalytic subunit  59.45 
 
 		 393 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2860  integrase catalytic region  60.4 
 
 		 309 aa  295  6e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6506  integrase catalytic region  60.4 
 
 		 309 aa  295  6e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4607  integrase catalytic region  60.4 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6240  integrase catalytic region  60.4 
 
 		 375 aa  294  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5714  integrase catalytic region  60.4 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3736  integrase catalytic region  60.08 
 
 		 290 aa  292  5e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.402881 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5317  integrase catalytic region  59.27 
 
 		 306 aa  283  3.0000000000000004e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0707814  normal  0.862383 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2509  integrase  61.74 
 
 		 231 aa  274  1.0000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0263754 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1166  integrase catalytic region  61.72 
 
 		 223 aa  268  5e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0166  ISDet2, transposase orfB  49.62 
 
 		 274 aa  267  1e-70  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.101481  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2425  integrase catalytic subunit  51.57 
 
 		 276 aa  259  4e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.043442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55060  hypothetical protein  48.65 
 
 		 280 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000896639  unclonable  2.5426499999999997e-21 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03170  hypothetical protein  48.08 
 
 		 279 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000150794  hitchhiker  0.00000000404269 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4719  integrase catalytic region  50.39 
 
 		 277 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.557613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0043  A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0125  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128078  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0195  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.434557  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0291  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0238689  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0531  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.603629  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0629  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000121323  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1265  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.399396  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1345  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1457  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1629  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00878015  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1734  A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.899598  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1746  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.149601  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1749  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0461375  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0018  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000189028  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0984  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.756102  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0999  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1196  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00667486  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1427  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.209584  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1486  A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1522  A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.128506  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1529  A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.199636  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1560  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000677585  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1647  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.265136  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1692  A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.133485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1717  A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.451919  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1740  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0828457  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1751  A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.872254  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1783  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1900  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1971  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.305138  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2268  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2353  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2432  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.670196  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0026  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0068  IS1404 transposase  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.438744  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0159  IS1404 transposase  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0183  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.295304  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0263  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0587266  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0301  IS1404 transposase  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0644  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.491667  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0736  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0817  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0884  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.293625  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0923  IS407A, transposase OrfB  50 
 
 		 277 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.289635  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>