More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4650 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4650  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 129 aa  269  9e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0994249  normal  0.0444369 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5680  Endoribonuclease L-PSP  87.5 
 
 		 129 aa  238  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.979461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6623  Endoribonuclease L-PSP  85.94 
 
 		 129 aa  236  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.808088  normal  0.892457 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6248  translation initiation inhibitor  83.2 
 
 		 128 aa  226  8e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0971244  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4550  endoribonuclease L-PSP  74.8 
 
 		 127 aa  206  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0969  endoribonuclease L-PSP  76.38 
 
 		 133 aa  195  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401025  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0675  putative endoribonuclease L-PSP  71.2 
 
 		 166 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2765  endoribonuclease L-PSP  71.2 
 
 		 128 aa  195  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2127  endoribonuclease L-PSP  71.2 
 
 		 128 aa  195  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2739  endoribonuclease L-PSP  71.2 
 
 		 128 aa  195  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0560  endoribonuclease L-PSP  71.77 
 
 		 128 aa  194  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511945  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0179  endoribonuclease L-PSP, putative  71.77 
 
 		 128 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0838  YjgF family protein  71.77 
 
 		 128 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0547  endoribonuclease L-PSP, putative  71.77 
 
 		 128 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2768  putative endoribonuclease L-PSP  71.77 
 
 		 128 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0660  endoribonuclease L-PSP  71.77 
 
 		 128 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.239315  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2390  putative endoribonuclease L-PSP  71.77 
 
 		 128 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2656  endoribonuclease L-PSP  70.97 
 
 		 128 aa  192  9e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2789  endoribonuclease L-PSP  70.97 
 
 		 128 aa  192  9e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6067  endoribonuclease L-PSP  70.97 
 
 		 128 aa  192  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.865959 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2310  putative endoribonuclease L-PSP  72.65 
 
 		 123 aa  189  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.650904  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3088  endoribonuclease L-PSP  71.09 
 
 		 129 aa  187  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.123749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2507  endoribonuclease L-PSP  67.97 
 
 		 136 aa  186  9e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.022272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4773  putative endoribonuclease L-PSP  72.22 
 
 		 130 aa  186  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.091821  normal  0.524756 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2779  endoribonuclease L-PSP family protein  68.75 
 
 		 128 aa  184  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0367  endoribonuclease L-PSP  74.55 
 
 		 128 aa  184  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4019  endoribonuclease L-PSP  72.22 
 
 		 130 aa  184  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.658483  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0642  Endoribonuclease L-PSP  73.21 
 
 		 128 aa  183  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.297456 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4057  YjgF family translation inhibitor  73.21 
 
 		 128 aa  183  6e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.655653 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4194  Endoribonuclease L-PSP  66.67 
 
 		 128 aa  175  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4304  Endoribonuclease L-PSP  66.67 
 
 		 128 aa  175  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.135988  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03132  hypothetical protein  64.29 
 
 		 128 aa  170  5.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  53.54 
 
 		 129 aa  147  6e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0552  endoribonuclease L-PSP  57.14 
 
 		 132 aa  144  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.897554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0090  endoribonuclease L-PSP  54.62 
 
 		 130 aa  140  6e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0741494  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4897  putative endoribonuclease L-PSP  55.56 
 
 		 129 aa  136  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3111  Endoribonuclease L-PSP  52.38 
 
 		 130 aa  134  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  44.88 
 
 		 130 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  46.88 
 
 		 129 aa  115  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  44.09 
 
 		 130 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  43.48 
 
 		 123 aa  107  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0751  endoribonuclease L-PSP, putative  46.96 
 
 		 123 aa  102  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0701  putative endoribonuclease L-PSP  46.96 
 
 		 123 aa  102  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  38.58 
 
 		 125 aa  97.8  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  38.58 
 
 		 125 aa  97.8  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 124 aa  94.7  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  35.29 
 
 		 128 aa  93.2  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0877  YjgF-like protein  44.54 
 
 		 129 aa  92.8  1e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  42.73 
 
 		 125 aa  92.8  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 124 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  41.12 
 
 		 123 aa  91.3  4e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  36.97 
 
 		 129 aa  90.5  7e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 126 aa  90.5  8e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06221  YjgF family translation initiation inhibitor  41.44 
 
 		 130 aa  90.1  9e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3491  endoribonuclease L-PSP  40.74 
 
 		 125 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2247  endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 125 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.137208  normal  0.668732 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0965  endoribonuclease L-PSP  45.95 
 
 		 141 aa  90.1  1e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  37.61 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  37.61 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0521  putative endoribonuclease L-PSP  40.71 
 
 		 123 aa  89  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.170713  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  38.53 
 
 		 124 aa  89  2e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3783  endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  43.64 
 
 		 128 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1878  endoribonuclease L-PSP  40.74 
 
 		 125 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 140 aa  88.6  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 124 aa  88.6  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0045  endoribonuclease L-PSP, putative  37.61 
 
 		 127 aa  88.6  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  36.75 
 
 		 124 aa  87.8  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0042  putative endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 124 aa  88.2  4e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0493131  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3322  endoribonuclease L-PSP  46.59 
 
 		 94 aa  87.8  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.939467  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0734  endoribonuclease L-PSP, putative  40.91 
 
 		 133 aa  87.4  5e-17  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09080  L-PSP endoribonuclease family protein (Hmf1), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G02340)  38.89 
 
 		 161 aa  86.7  1e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  37.61 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08201  putative translation initiation inhibitor, yjgF family protein  43.24 
 
 		 132 aa  86.7  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_11062  L-PSP endoribonuclease family protein Brt1, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G03780)  39.5 
 
 		 128 aa  85.5  2e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.174347  normal  0.127035 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  36.79 
 
 		 126 aa  85.9  2e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  36.75 
 
 		 124 aa  85.5  2e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  44.74 
 
 		 130 aa  85.5  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3904  putative endoribonuclease L-PSP  41.28 
 
 		 128 aa  85.9  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.147099 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 125 aa  84.7  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  35.9 
 
 		 124 aa  85.1  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  36.52 
 
 		 127 aa  85.1  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 126 aa  84.7  4e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 126 aa  84.7  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  35.51 
 
 		 126 aa  84.7  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0508  endoribonuclease L-PSP  45.05 
 
 		 131 aa  84.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000880426 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21490  endoribonuclease L-PSP, putative  41.44 
 
 		 124 aa  84.7  4e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0493  endoribonuclease L-PSP  45.05 
 
 		 131 aa  84.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1134  endoribonuclease L-PSP  36.11 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3374  endoribonuclease L-PSP  39.09 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.066634 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06141  YjgF family translation initiation inhibitor  38.74 
 
 		 130 aa  82.8  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.617188  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0174  endoribonuclease L-PSP  35.04 
 
 		 125 aa  82.8  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.282996 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  41.82 
 
 		 131 aa  82  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0254  endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 130 aa  82.8  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.600084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  36.7 
 
 		 125 aa  82  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0558  endoribonuclease L-PSP  39.64 
 
 		 130 aa  81.6  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0908554  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>