More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4564 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
308 aa  617  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.444146 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.62 
 
 
309 aa  110  3e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.3 
 
 
309 aa  108  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.76 
 
 
317 aa  101  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.5 
 
 
327 aa  100  3e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
299 aa  99.4  6e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 
309 aa  97.4  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
328 aa  95.5  1e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.96 
 
 
321 aa  95.5  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
320 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000773597 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.09 
 
 
336 aa  91.7  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1572  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.32 
 
 
330 aa  91.7  1e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
360 aa  92  1e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26434  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.88 
 
 
321 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.15 
 
 
314 aa  90.5  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0563  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.56 
 
 
321 aa  90.5  4e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0424  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.98 
 
 
321 aa  90.1  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0561  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.32 
 
 
321 aa  90.1  5e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.54 
 
 
305 aa  89.7  5e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33900  UDP-glucose 4-epimerase  29.35 
 
 
313 aa  89.7  5e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.66 
 
 
313 aa  89.7  6e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.32 
 
 
334 aa  89.4  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.45 
 
 
303 aa  89  9e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4813  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.92 
 
 
321 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.89 
 
 
298 aa  87.4  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
327 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.25 
 
 
330 aa  88.2  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.46913  normal  0.0352982 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.26 
 
 
303 aa  87.4  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0488  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.56 
 
 
321 aa  87  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.56 
 
 
321 aa  87  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0422  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  25.56 
 
 
321 aa  87.4  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0418  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  25.56 
 
 
321 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.94 
 
 
340 aa  87.4  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.56 
 
 
321 aa  87  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29 
 
 
308 aa  87  3e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.79 
 
 
336 aa  87  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
304 aa  87  4e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.68 
 
 
310 aa  87  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.59 
 
 
299 aa  87  4e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.72 
 
 
333 aa  86.3  5e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.62 
 
 
320 aa  86.3  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.68 
 
 
308 aa  86.3  6e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.01 
 
 
315 aa  86.3  6e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1538  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.52 
 
 
336 aa  86.3  6e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00186226  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  25.63 
 
 
308 aa  85.9  8e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.39 
 
 
326 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.66 
 
 
340 aa  85.5  9e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.215848 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
329 aa  85.5  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 
315 aa  84.7  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 
325 aa  84.3  0.000000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 
312 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0684106  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2780  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.61 
 
 
369 aa  84.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
333 aa  84.7  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.35 
 
 
320 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.5 
 
 
321 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  27.2 
 
 
302 aa  84  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.59 
 
 
310 aa  83.6  0.000000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 
311 aa  83.2  0.000000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.44 
 
 
321 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 
277 aa  83.2  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126969 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 
324 aa  83.2  0.000000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.2 
 
 
311 aa  82.8  0.000000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.63 
 
 
311 aa  82.8  0.000000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
328 aa  82.4  0.000000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
322 aa  82.4  0.000000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
326 aa  82.4  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
321 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
328 aa  82.4  0.000000000000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
321 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0670  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.07 
 
 
310 aa  81.6  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.125394  normal  0.553916 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
315 aa  82  0.00000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1704  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.66 
 
 
340 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00817913  normal  0.680282 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2392  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 
316 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325743  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2009  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 
312 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
310 aa  80.9  0.00000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0224  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.13 
 
 
327 aa  80.9  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.410647 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.45 
 
 
310 aa  81.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2232  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.7 
 
 
318 aa  80.9  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1181  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 
310 aa  80.9  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.236062 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 
315 aa  80.9  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 
312 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0395145  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8322  UDP-glucose 4-epimerase  31.79 
 
 
314 aa  80.9  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.81 
 
 
336 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.81 
 
 
336 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.51 
 
 
336 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.73 
 
 
321 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.36 
 
 
326 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 
310 aa  80.5  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.2 
 
 
310 aa  80.1  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 
310 aa  80.1  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3245  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.73 
 
 
331 aa  79.7  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.221391 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2404  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.92 
 
 
323 aa  80.1  0.00000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.672695  normal 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_28493  predicted protein  26.97 
 
 
360 aa  79.7  0.00000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00000203706  normal 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_33729  putative NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.97 
 
 
360 aa  79.7  0.00000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000000109637  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
310 aa  79.7  0.00000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.68 
 
 
313 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.35 
 
 
323 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.059052  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.84 
 
 
329 aa  79  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4619  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.35 
 
 
323 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000781919 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>