93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2497 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2497    100 
 
 		 1092 bp  2165    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0863968 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0520    88 
 
 		 927 bp  854    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4336  integrase catalytic region  88.02 
 
 		 930 bp  858    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.139423  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0516    88 
 
 		 927 bp  854    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.667831  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4529  integrase catalytic region  88.02 
 
 		 930 bp  858    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4683  integrase catalytic region  88.02 
 
 		 930 bp  858    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0465    84.09 
 
 		 926 bp  583  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.509831  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0466  transposase IS3/IS911 family protein  91.85 
 
 		 267 bp  311  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7038  transposase IS3/IS911 family protein  90.99 
 
 		 267 bp  295  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7057  transposase IS3/IS911 family protein  90.56 
 
 		 267 bp  287  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0519    90.91 
 
 		 268 bp  283  5e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4528  transposase IS3/IS911 family protein  90 
 
 		 267 bp  274  5e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4335  transposase IS3/IS911 family protein  90 
 
 		 267 bp  274  5e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.983933  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0515    93.01 
 
 		 225 bp  266  1e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.291374  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2044  transposase IS3/IS911  85.26 
 
 		 321 bp  127  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.777947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4596  transposase IS3/IS911 family protein  84.87 
 
 		 267 bp  119  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1568    84.87 
 
 		 266 bp  111  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2592    82.8 
 
 		 257 bp  107  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.743625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2385  transposase IS3/IS911 family protein  85.71 
 
 		 213 bp  101  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1497    88.12 
 
 		 2972 bp  97.6  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7056    86.41 
 
 		 174 bp  93.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1609  transposase IS3/IS911 family protein  82.05 
 
 		 267 bp  87.7  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0629133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1065  transposase IS3/IS911 family protein  82.05 
 
 		 267 bp  87.7  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0220  transposase IS3/IS911 family protein  82.05 
 
 		 267 bp  87.7  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0746884 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3393    84.38 
 
 		 304 bp  87.7  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3471  transposase IS3/IS911 family protein  82.05 
 
 		 267 bp  87.7  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0959135  normal  0.645144 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0744  integrase catalytic subunit  84.82 
 
 		 1182 bp  87.7  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3605    85.84 
 
 		 139 bp  81.8  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3736  integrase catalytic region  84.85 
 
 		 873 bp  77.8  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.402881 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0607  integrase catalytic region  81.37 
 
 		 702 bp  73.8  0.00000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0069    84.54 
 
 		 105 bp  73.8  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1092    89.83 
 
 		 860 bp  69.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4852  integrase catalytic region  82.41 
 
 		 783 bp  63.9  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0318827 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6020  transposase IS3/IS911 family protein  90.2 
 
 		 267 bp  61.9  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.02017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4005  integrase catalytic region  88.14 
 
 		 855 bp  61.9  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.5936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3869    84.42 
 
 		 982 bp  58  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3888    84.42 
 
 		 955 bp  58  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2593    88.68 
 
 		 315 bp  58  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.790603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4004    88.68 
 
 		 204 bp  58  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7691  integrase catalytic subunit  83.53 
 
 		 939 bp  58  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1493  ISRSO14-transposase ORFA protein  81.73 
 
 		 264 bp  56  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.504029  normal  0.961053 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4559  Integrase catalytic region  83.33 
 
 		 930 bp  56  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.326011 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1608  integrase catalytic region  95 
 
 		 873 bp  56  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0124752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3887    89.58 
 
 		 261 bp  56  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4981  Integrase catalytic region  83.33 
 
 		 930 bp  56  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129708  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0829  ISRSO14-transposase ORFA protein  81.73 
 
 		 264 bp  56  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3472  integrase catalytic region  95 
 
 		 873 bp  56  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0238059  normal  0.994317 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1042  hypothetical protein  95 
 
 		 546 bp  56  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  0.577447 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0674  Integrase catalytic region  83.33 
 
 		 930 bp  56  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3868    89.58 
 
 		 261 bp  56  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2926  transposase IS3/IS911  90.38 
 
 		 201 bp  56  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.613447  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1216  ISRSO14-transposase ORFA protein  81.73 
 
 		 264 bp  56  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2406  ISRSO14-transposase ORFA protein  81.73 
 
 		 264 bp  56  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1567  Integrase catalytic region  88.24 
 
 		 930 bp  54  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4089  integrase catalytic region  86.44 
 
 		 810 bp  54  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.805064  normal  0.114736 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3357  integrase catalytic region  86.44 
 
 		 810 bp  54  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4597  Integrase catalytic region  88.24 
 
 		 924 bp  54  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6506  integrase catalytic region  89.36 
 
 		 930 bp  54  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2509  integrase  86.44 
 
 		 696 bp  54  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0263754 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5714  integrase catalytic region  89.36 
 
 		 930 bp  54  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2860  integrase catalytic region  89.36 
 
 		 930 bp  54  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0926  integrase catalytic region  86.44 
 
 		 810 bp  54  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0404  integrase catalytic region  86.44 
 
 		 810 bp  54  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.980653 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3735  transposase IS3/IS911 family protein  82.76 
 
 		 324 bp  54  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3070    89.36 
 
 		 691 bp  54  0.00009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5713    89.36 
 
 		 1992 bp  54  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3356  insertion element ISR1 uncharacterized 10 kDa protein A3  87.04 
 
 		 267 bp  52  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4170    89.13 
 
 		 216 bp  52  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.292465  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4892  transposase IS3/IS911 family protein  83.78 
 
 		 267 bp  52  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.050362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0108  putative insertion element protein  85.07 
 
 		 150 bp  52  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.875427 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2601  transposase IS3/IS911 family protein  100 
 
 		 267 bp  52  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.297438 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4851  transposase IS3/IS911 family protein  89.13 
 
 		 201 bp  52  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0283322 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2510  transposase  87.04 
 
 		 267 bp  52  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.021123 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0927  transposase IS3/IS911 family protein  87.04 
 
 		 228 bp  52  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4090  transposase IS3/IS911 family protein  87.04 
 
 		 267 bp  52  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.702583  normal  0.16367 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0403  insertion element ISR1 uncharacterized 10 kDa protein A3  87.04 
 
 		 267 bp  52  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.868889 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2967  transposase IS3/IS911  85.48 
 
 		 288 bp  52  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0936  transposase IS3 family protein  85.71 
 
 		 1118 bp  48.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.582923  normal  0.33404 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2043  hypothetical protein  91.67 
 
 		 237 bp  48.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1064  integrase catalytic region  94.44 
 
 		 873 bp  48.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0649  transposase IS3 family protein  85.71 
 
 		 1118 bp  48.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.343729 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0898  transposase IS3 protein  85.71 
 
 		 1118 bp  48.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.567921 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2485  integrase, catalytic region  96.43 
 
 		 183 bp  48.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.252644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1257    85.71 
 
 		 2455 bp  48.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.697608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2475  integrase, catalytic region  96.43 
 
 		 183 bp  48.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0221  integrase catalytic region  94.44 
 
 		 873 bp  48.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0898 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2654  transposase IS3 family protein  85.71 
 
 		 1118 bp  48.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0683836  normal  0.423018 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2430  transposase IS3 family protein  85.71 
 
 		 1118 bp  48.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.755967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1768  transposase IS3 family protein  85.71 
 
 		 1118 bp  48.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.383553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1761  transposase IS3 family protein  85.71 
 
 		 1118 bp  48.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1719  transposase IS3 family protein  85.71 
 
 		 1118 bp  48.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.662695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1688  transposase IS3 family protein  85.71 
 
 		 1118 bp  48.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1258  transposase IS3 family protein  85.71 
 
 		 1118 bp  48.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.542288  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>