More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2422 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
277 aa  545  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.81 
 
 
276 aa  478  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.590535  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.06 
 
 
276 aa  475  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.18605  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.39 
 
 
277 aa  471  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.65 
 
 
279 aa  357  1.9999999999999998e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3341  putative sugar ABC transporter, permease protein  41.34 
 
 
292 aa  208  9e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22127  normal  0.118781 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
278 aa  199  5e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00136246  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
278 aa  199  5e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25430  carbohydrate ABC transporter membrane protein  41.29 
 
 
275 aa  197  1.0000000000000001e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0542318  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1884  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  38.58 
 
 
278 aa  196  3e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.683331 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
283 aa  194  2e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000511748  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
283 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2192  putative sugar ABC transporter, permease protein  38.58 
 
 
283 aa  193  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
276 aa  190  2.9999999999999997e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11600  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.74 
 
 
283 aa  189  4e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
286 aa  187  1e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
281 aa  187  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
275 aa  186  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
275 aa  186  4e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0563997  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
277 aa  185  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
316 aa  185  7e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.523457 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1845  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.84 
 
 
295 aa  185  7e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.352716  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
275 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
285 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
275 aa  182  7e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.299262  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
299 aa  181  1e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
279 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
306 aa  179  4.999999999999999e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
311 aa  178  1e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.736814  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1089  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  41.02 
 
 
298 aa  177  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0183052 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 
293 aa  176  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.347509  normal  0.943286 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1103  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  41 
 
 
283 aa  176  4e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.216355  normal  0.105298 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.72 
 
 
289 aa  176  5e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.062951  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
273 aa  173  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
276 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
299 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
298 aa  172  5e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.81 
 
 
281 aa  172  6.999999999999999e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
253 aa  172  6.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
274 aa  171  9e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4134  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  37.08 
 
 
295 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
282 aa  171  1e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00655693  normal  0.897951 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
277 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.31192  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
273 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.97 
 
 
277 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353789  normal  0.790416 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3672  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  35.61 
 
 
277 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.191343  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
277 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.21 
 
 
279 aa  170  2e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.990919  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.21 
 
 
279 aa  170  2e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
278 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
294 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.829969 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
297 aa  170  3e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.13 
 
 
276 aa  169  3e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.28 
 
 
294 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.377096 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 
293 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.67 
 
 
296 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.174421 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1617  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 
291 aa  168  7e-41  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.333529  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
277 aa  168  7e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000244229  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02950  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.51 
 
 
297 aa  168  9e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 
291 aa  167  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0703  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
289 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0403  putative integral membrane transport protein  34.25 
 
 
279 aa  167  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0230  sugar ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 
291 aa  167  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1329  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
279 aa  168  1e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04600  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
277 aa  167  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6526  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.53 
 
 
289 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0292278 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
307 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 
280 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.326107  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
322 aa  167  2e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171707  normal  0.684803 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.67 
 
 
296 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.07 
 
 
275 aa  166  4e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0697  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
280 aa  166  4e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.450208  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1513  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
280 aa  166  5e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
283 aa  166  5e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000450076  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
292 aa  166  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
281 aa  165  5.9999999999999996e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0710  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
281 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.667982  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
280 aa  165  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.336394 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.8 
 
 
280 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.303025  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
280 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.595578 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
288 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
294 aa  163  3e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.273471 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.98 
 
 
283 aa  163  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.586722  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0887  sugar ABC transporter, permease protein  34.17 
 
 
280 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453961  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
284 aa  162  7e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0519592  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1183  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
297 aa  161  8.000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.275002  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
287 aa  161  9e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141396  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
277 aa  161  1e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0871909  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3327  maltosaccharide ABC transporter, permease protein  35.74 
 
 
278 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.171031 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
280 aa  160  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0163255  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
281 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20470  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.04 
 
 
289 aa  160  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0780045  normal  0.389193 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4977  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
288 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0547171 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0760  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.06 
 
 
280 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0312496  normal  0.789995 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0280  ABC transporter, inner membrane subunit  34.11 
 
 
280 aa  160  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.787211  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0300  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
297 aa  159  5e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.216679  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4652  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
292 aa  159  5e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0409709  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>