34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5152 on replicon NC_012849
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012849  Rpic12D_5152  putative cointegrate resolution protein T  100 
 
 		 330 aa  631  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.14112  normal  0.670321 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1773  putative cointegrate resolution protein T  84.55 
 
 		 330 aa  525  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.40151 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2488  cointegrate resolution protein T  51.27 
 
 		 365 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.022084  normal  0.0490152 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00631  cointegrate resolution protein T  50.21 
 
 		 339 aa  196  6e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0854758  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2927  cointegrate resolution protein T  43.58 
 
 		 334 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0440763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2378  cointegrate resolution protein T  42.56 
 
 		 362 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000723193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2091  cointegrate resolution protein T  42.56 
 
 		 362 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1831  cointegrate resolution protein T  84.07 
 
 		 113 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00557448 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2250  hypothetical protein  43.82 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00401309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2522  hypothetical protein  42.64 
 
 		 328 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3239  Tn4652, cointegrate resolution protein T, putative  45.02 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.700572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2650  Tn4652 cointegrate resolution protein T  44.22 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.787846 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2977  cointegrate resolution protein T  48.16 
 
 		 336 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0357413  normal  0.0936579 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3110  cointegrate resolution protein T  44.54 
 
 		 336 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00291993  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25690  Tn4652, cointegrate resolution protein T  42.68 
 
 		 340 aa  151  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2672  Tn4652 cointegrate resolution protein T  43.66 
 
 		 326 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.807767  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2982  Tn4652, cointegrate resolution protein T, putative  47.28 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.452807  normal  0.0424161 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3057  TnpT protein  46.86 
 
 		 333 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35830  cointegrate resolution protein T  45.61 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000214436  decreased coverage  7.37164e-20 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1984  cointegrate resolution protein T  39.91 
 
 		 391 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2275  TnpT protein  40.25 
 
 		 324 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0467434  hitchhiker  0.00186431 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4368  chromosome segregation ATPases-like protein  31.11 
 
 		 351 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02952  chromosome segregation ATPases-like protein  30.05 
 
 		 349 aa  72.4  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.420552  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0193  cointegrate resolution protein T  33.33 
 
 		 230 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3967  chromosome segregation ATPases-like  32.77 
 
 		 349 aa  70.5  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.649048  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4317  chromosome segregation ATPases-like protein  30.52 
 
 		 349 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2766  hypothetical protein  30.56 
 
 		 350 aa  62.8  0.000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.120691  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1383  hypothetical protein  28.75 
 
 		 380 aa  62  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1963  chromosome segregation ATPases-like  30.59 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1971  putative cointegrate resolution protein T  34.57 
 
 		 301 aa  46.2  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.460967  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1887  hypothetical protein  34.04 
 
 		 321 aa  45.4  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.925969  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4171  hypothetical protein  38.18 
 
 		 342 aa  45.1  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2736  chromosome segregation protein SMC  28.33 
 
 		 1188 aa  44.3  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5051  mucin-associated surface protein  32.88 
 
 		 296 aa  43.5  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160501  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>