More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5989 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  69.72 
 
 		 726 aa  1077    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  64.11 
 
 		 689 aa  890    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  65.62 
 
 		 699 aa  909    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  65.87 
 
 		 698 aa  947    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  73.74 
 
 		 721 aa  1100    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  72.51 
 
 		 708 aa  1053    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0652  cytochrome c family protein  70.25 
 
 		 509 aa  707    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  73.74 
 
 		 694 aa  1100    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  62.72 
 
 		 691 aa  864    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  64.97 
 
 		 712 aa  892    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  73.6 
 
 		 721 aa  1095    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  63.92 
 
 		 675 aa  926    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  100 
 
 		 773 aa  1607    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  77.25 
 
 		 728 aa  1152    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  56.82 
 
 		 669 aa  810    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  64.67 
 
 		 675 aa  934    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  47.03 
 
 		 439 aa  377  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  47.23 
 
 		 417 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.27 
 
 		 426 aa  372  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  47.06 
 
 		 433 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  46.51 
 
 		 439 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  47.36 
 
 		 439 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  46.99 
 
 		 417 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.98 
 
 		 415 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  46.36 
 
 		 430 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2563  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  46.27 
 
 		 415 aa  361  3e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151427 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  45.89 
 
 		 432 aa  357  5.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  45.78 
 
 		 432 aa  357  6.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.69 
 
 		 426 aa  357  6.999999999999999e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.78 
 
 		 432 aa  357  6.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  45.78 
 
 		 432 aa  357  6.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1453  cytochrome c, class I  44.76 
 
 		 432 aa  356  8.999999999999999e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.56 
 
 		 439 aa  353  8e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.15 
 
 		 434 aa  352  1e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4638  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.24 
 
 		 451 aa  352  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.683371 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  44.36 
 
 		 438 aa  350  5e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  44.93 
 
 		 434 aa  350  7e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  44.93 
 
 		 434 aa  350  7e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3640  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.93 
 
 		 395 aa  349  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.69 
 
 		 434 aa  349  1e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  44.98 
 
 		 477 aa  348  3e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  43.36 
 
 		 463 aa  348  3e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.32 
 
 		 448 aa  347  4e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.76 
 
 		 440 aa  347  7e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4121  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.23 
 
 		 477 aa  344  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.69 
 
 		 441 aa  344  5e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0689  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.74 
 
 		 447 aa  343  7e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  44.44 
 
 		 439 aa  343  8e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4380  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.19 
 
 		 469 aa  340  9e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.38 
 
 		 422 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4225  cytochrome c, class I  44.71 
 
 		 475 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138651  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3292  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.71 
 
 		 475 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.618986 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4096  putative cytochrome c  45.45 
 
 		 447 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4141  cytochrome c, class I  44.71 
 
 		 475 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.5261  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1792  cytochrome c, class I  44.95 
 
 		 470 aa  338  2.9999999999999997e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0263  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.21 
 
 		 470 aa  338  2.9999999999999997e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.473095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  43.41 
 
 		 450 aa  337  5e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.13 
 
 		 467 aa  333  7.000000000000001e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1497  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.14 
 
 		 448 aa  333  7.000000000000001e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0777111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2504  putative cytochrome c  42.37 
 
 		 434 aa  332  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0171  putative cytochrome c, class I  42.33 
 
 		 469 aa  330  6e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.93 
 
 		 537 aa  330  7e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1163  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.97 
 
 		 448 aa  330  7e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2835  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.2 
 
 		 448 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0245579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0083  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  42.46 
 
 		 473 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0300779 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  41.93 
 
 		 450 aa  328  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2110  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  43.75 
 
 		 447 aa  326  1e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.701093  normal  0.375253 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2187  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit precursor, cytochrome c553  41.36 
 
 		 476 aa  325  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0196419 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6799  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.69 
 
 		 454 aa  323  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131117  normal  0.655046 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3623  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  43.06 
 
 		 447 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2294  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  42.69 
 
 		 453 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.97 
 
 		 433 aa  320  7e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0690  cytochrome c class I  54.35 
 
 		 303 aa  313  5.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5487  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.43 
 
 		 451 aa  311  4e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1440  putative cytochrome c, class I  39.45 
 
 		 466 aa  310  6.999999999999999e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0943  cytochrome c family protein  41.33 
 
 		 650 aa  307  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0780  cytochrome c family protein  41.33 
 
 		 476 aa  307  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00190536  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0768  cytochrome c family protein  41.33 
 
 		 482 aa  306  7e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00254  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0772  putative oxidoreductase dehydrogenase (cytochrome C subunit) signal peptide protein  39.86 
 
 		 429 aa  303  7.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.456552  hitchhiker  0.00960965 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6575  cytochrome c, class I  41.3 
 
 		 554 aa  298  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0822253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6144  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.45 
 
 		 527 aa  298  3e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.548869 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6289  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.45 
 
 		 530 aa  297  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.550632  normal  0.0291984 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6536  cytochrome c, class I  41.45 
 
 		 527 aa  297  6e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1294  cytochrome c, class I  41.45 
 
 		 527 aa  297  6e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0963416  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.1 
 
 		 427 aa  296  7e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4095  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.96 
 
 		 425 aa  295  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1414  cytochrome c family protein  40.91 
 
 		 492 aa  293  8e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.186397  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4441  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.33 
 
 		 425 aa  292  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3977  cytochrome c, class I  40.38 
 
 		 425 aa  293  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.386742  normal  0.0120271 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.39 
 
 		 450 aa  292  1e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1441  putative cytochrome c  52.34 
 
 		 311 aa  291  3e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.668743  normal  0.951652 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.39 
 
 		 427 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5752  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.53 
 
 		 425 aa  288  4e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4552  cytochrome c, class I  39.53 
 
 		 425 aa  288  4e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3816  cytochrome c, class I  39.53 
 
 		 425 aa  288  4e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  55.02 
 
 		 272 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6548  cytochrome c, class I  38.92 
 
 		 425 aa  281  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.86 
 
 		 444 aa  281  5e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1435  glucose dehydrogenase, beta subunit  39.47 
 
 		 452 aa  279  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1350  glucose dehydrogenase, beta subunit  39.47 
 
 		 452 aa  278  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0106089  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>