124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0754 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0754  SmpA/OmlA  100 
 
 
170 aa  340  4e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6008  SmpA/OmlA domain-containing protein  55.29 
 
 
193 aa  185  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.792796 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4554  SmpA/OmlA domain-containing protein  59.44 
 
 
185 aa  181  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1069  SmpA/OmlA domain-containing protein  54.59 
 
 
199 aa  179  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3790  SmpA/OmlA domain-containing protein  56.08 
 
 
204 aa  169  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4609  SmpA/OmlA  57.66 
 
 
170 aa  168  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0222  small protein A (tmRNA-binding)-like protein  51.5 
 
 
183 aa  167  7e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0407  SmpA/OmlA domain protein  54.07 
 
 
186 aa  164  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3923  SmpA/OmlA domain-containing protein  50.3 
 
 
183 aa  160  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3271  SmpA/OmlA domain protein  49.7 
 
 
183 aa  159  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0475  SmpA/OmlA domain-containing protein  43.35 
 
 
182 aa  143  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2575  SmpA/OmlA domain protein  51.79 
 
 
218 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2985  SmpA/OmlA domain protein  52.68 
 
 
218 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2836  SmpA/OmlA  48.31 
 
 
207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1654  SmpA/OmlA  49.6 
 
 
185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2746  putative lipoprotein transmembrane  51.35 
 
 
219 aa  124  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0230  SmpA/OmlA domain-containing protein  47.55 
 
 
249 aa  121  4e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0252  SmpA/OmlA domain protein  56.44 
 
 
228 aa  120  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2975  SmpA/OmlA  49.12 
 
 
258 aa  118  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.977187  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3456  outer membrane lipoprotein, putatitve  48.36 
 
 
251 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1207  outer membrane lipoprotein, putatitve  50 
 
 
267 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.87413  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0374  SmpA/OmlA family lipoprotein  42.14 
 
 
242 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3736  outer membrane lipoprotein, SmpA/OmlA  50.43 
 
 
272 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.214192 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2457  outer membrane lipoprotein, putatitve  48.31 
 
 
276 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0167  SmpA/OmlA  48.7 
 
 
268 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0545  SmpA/OmlA domain-containing protein  48.7 
 
 
265 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0731757  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0650  SmpA/OmlA domain-containing protein  48.7 
 
 
268 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1233  SmpA/OmlA family lipoprotein  48.31 
 
 
279 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3419  SmpA/OmlA family lipoprotein  48.31 
 
 
263 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.458143  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3454  SmpA/OmlA family lipoprotein  48.31 
 
 
263 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146935  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2644  SmpA/OmlA family lipoprotein  48.31 
 
 
263 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0617  SmpA/OmlA domain-containing protein  48.7 
 
 
268 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.381857  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0571  SmpA/OmlA domain-containing protein  48.7 
 
 
265 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.253801 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2736  SmpA/OmlA domain-containing protein  47.41 
 
 
273 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.724762 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2592  SmpA/OmlA domain-containing protein  44.54 
 
 
297 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000116933 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3384  SmpA/OmlA domain protein  43.2 
 
 
276 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148479 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0572  putative outer membrane lipoprotein  41.6 
 
 
288 aa  105  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1728  SmpA/OmlA domain protein  46.6 
 
 
135 aa  101  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0476  SmpA/OmlA  44.57 
 
 
233 aa  95.9  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0776  SmpA/OmlA  38.83 
 
 
281 aa  92.8  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.880566  hitchhiker  0.000137115 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0935  SmpA/OmlA  42.2 
 
 
160 aa  88.6  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.970773 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1124  hypothetical protein  43.75 
 
 
342 aa  85.9  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.167997  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4509  outer membrane lipoprotein OmlA  43.16 
 
 
173 aa  84.7  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.292937  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5485  outer membrane lipoprotein OmlA  45.78 
 
 
187 aa  84.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63030  outer membrane lipoprotein OmlA precursor  45.78 
 
 
176 aa  84.7  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1195  SmpA/OmlA  33.33 
 
 
196 aa  84.3  8e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4199  SmpA/OmlA  44.58 
 
 
173 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0759  SmpA/OmlA  37.5 
 
 
175 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.321771 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0701  SmpA/OmlA domain-containing protein  40 
 
 
178 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.410018  hitchhiker  0.0000863527 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2737  small protein A (tmRNA-binding)-like  37.38 
 
 
131 aa  82.4  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000974363  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2622  small protein A  38.79 
 
 
161 aa  80.9  0.000000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.627483  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43020  outer membrane lipoprotein OmlA  38.76 
 
 
171 aa  80.5  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4731  SmpA/OmlA domain protein  42.17 
 
 
178 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3628  SmpA/OmlA domain-containing protein  37.04 
 
 
172 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4597  SmpA/OmlA domain-containing protein  42.17 
 
 
178 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0944638 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4732  SmpA/OmlA domain-containing protein  40.96 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.592236  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1517  outer membrane protein  38.38 
 
 
130 aa  72.8  0.000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.718257  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1460  SmpA/OmlA domain-containing protein  38.38 
 
 
130 aa  72.8  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.708366  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0457  SmpA/OmlA domain protein  41.25 
 
 
115 aa  72.4  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000469056 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2051  SmpA/OmlA domain protein  35.19 
 
 
120 aa  72  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0279  lipoprotein, SmpA/OmlA family  41.25 
 
 
115 aa  72.4  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3098  SmpA/OmlA  37.5 
 
 
143 aa  71.2  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1482  SmpA/OmlA domain-containing protein  42.67 
 
 
111 aa  68.9  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.813844  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3366  SmpA/OmlA domain-containing protein  36.26 
 
 
110 aa  67.8  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0061494  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1906  SmpA/OmlA domain-containing protein  38.37 
 
 
117 aa  67.4  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0966  outer membrane lipoprotein  39.8 
 
 
117 aa  65.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01180  outer membrane protein  36.94 
 
 
131 aa  65.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0407548  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0986  SmpA/OmlA domain protein  33.53 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1593  SmpA/OmlA domain protein  31.25 
 
 
130 aa  63.2  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0437  hypothetical protein  38.03 
 
 
104 aa  60.1  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0413  hypothetical protein  38.03 
 
 
104 aa  60.1  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3968  SmpA/OmlA domain-containing protein  31.37 
 
 
105 aa  58.9  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.542266 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0290  SmpA/OmlA  29.27 
 
 
138 aa  58.5  0.00000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0676323  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1523  SmpA/OmlA domain-containing protein  29.75 
 
 
167 aa  57.8  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.512522  hitchhiker  0.00464967 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0264  outer membrane lipoprotein OmlA  30.43 
 
 
138 aa  57  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.28381  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1406  SmpA/OmlA  41.33 
 
 
117 aa  56.6  0.0000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1410  SmpA/OmlA domain-containing protein  32.29 
 
 
171 aa  55.8  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1285  SmpA/OmlA domain-containing protein  28.03 
 
 
164 aa  55.8  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.522478  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0377  small protein A  37.14 
 
 
136 aa  55.5  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.861991  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1713  SmpA/OmlA  28.18 
 
 
118 aa  55.1  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1391  outer membrane lipoprotein  28.77 
 
 
114 aa  54.7  0.0000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000387468  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1605  Outer membrane lipoprotein OmlA  34.07 
 
 
148 aa  54.3  0.0000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.730668  normal  0.548797 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1886  SmpA/OmlA domain-containing protein  28.07 
 
 
124 aa  54.3  0.0000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1271  SmpA/OmlA domain-containing protein  30.85 
 
 
182 aa  53.5  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.175523  normal  0.212441 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1097  SmpA/OmlA domain-containing protein  30.89 
 
 
167 aa  52.8  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2476  lipoprotein, small protein A  32 
 
 
118 aa  52.4  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214006  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3826  SmpA/OmlA family protein  30.67 
 
 
144 aa  52  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.336392  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2385  small protein A  30.16 
 
 
163 aa  51.2  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.750326  normal  0.621044 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0227  small protein A  36.71 
 
 
128 aa  50.4  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1232  SmpA/OmlA domain-containing protein  35.9 
 
 
174 aa  50.1  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3299  hypothetical protein  38.96 
 
 
114 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.405859  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004297  lipoprotein SmpA a component of the essential YaeT outer-membrane protein assembly complex  33.75 
 
 
119 aa  50.4  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01128  hypothetical protein  30.68 
 
 
119 aa  49.7  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1310  SmpA/OmlA domain-containing protein  29.52 
 
 
192 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1301  SmpA/OmlA domain-containing protein  29.52 
 
 
192 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.84513  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3049  SmpA/OmlA domain protein  29.52 
 
 
177 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.331273  normal  0.468309 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1337  SmpA/OmlA domain-containing protein  29.52 
 
 
192 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1476  small protein A  28.3 
 
 
163 aa  48.5  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3219  hypothetical protein  44 
 
 
112 aa  48.5  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2773  SmpA/OmlA domain-containing protein  28.57 
 
 
174 aa  48.5  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.664934  normal  0.104565 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>