125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2737 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2737  small protein A (tmRNA-binding)-like  100 
 
 		 131 aa  269  1e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000974363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0701  SmpA/OmlA domain-containing protein  45.37 
 
 		 178 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.410018  hitchhiker  0.0000863527 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43020  outer membrane lipoprotein OmlA  42.98 
 
 		 171 aa  105  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4731  SmpA/OmlA domain protein  52.44 
 
 		 178 aa  103  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4199  SmpA/OmlA  46.32 
 
 		 173 aa  103  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4597  SmpA/OmlA domain-containing protein  49.46 
 
 		 178 aa  103  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0944638 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4732  SmpA/OmlA domain-containing protein  48.39 
 
 		 178 aa  103  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.592236  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4509  outer membrane lipoprotein OmlA  46.32 
 
 		 173 aa  102  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.292937  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3628  SmpA/OmlA domain-containing protein  51.69 
 
 		 172 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2622  small protein A  43.7 
 
 		 161 aa  101  3e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.627483  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0759  SmpA/OmlA  45.26 
 
 		 175 aa  100  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321771 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0776  SmpA/OmlA  41.28 
 
 		 281 aa  98.2  3e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.880566  hitchhiker  0.000137115 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1069  SmpA/OmlA domain-containing protein  43.52 
 
 		 199 aa  98.2  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5485  outer membrane lipoprotein OmlA  49.44 
 
 		 187 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63030  outer membrane lipoprotein OmlA precursor  49.44 
 
 		 176 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2836  SmpA/OmlA  50 
 
 		 207 aa  95.1  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3098  SmpA/OmlA  42.15 
 
 		 143 aa  95.1  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2575  SmpA/OmlA domain protein  45.92 
 
 		 218 aa  94.4  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0222  small protein A (tmRNA-binding)-like protein  40.54 
 
 		 183 aa  93.6  9e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0476  SmpA/OmlA  40.62 
 
 		 233 aa  92  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1195  SmpA/OmlA  40.57 
 
 		 196 aa  92  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2975  SmpA/OmlA  49.35 
 
 		 258 aa  91.7  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.977187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2985  SmpA/OmlA domain protein  43.88 
 
 		 218 aa  91.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2746  putative lipoprotein transmembrane  50.65 
 
 		 219 aa  91.3  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1654  SmpA/OmlA  45 
 
 		 185 aa  89.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1124  hypothetical protein  37.62 
 
 		 342 aa  88.6  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.167997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2592  SmpA/OmlA domain-containing protein  48.72 
 
 		 297 aa  88.6  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000116933 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0407  SmpA/OmlA domain protein  40.18 
 
 		 186 aa  87.8  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3384  SmpA/OmlA domain protein  37.04 
 
 		 276 aa  87.8  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148479 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3456  outer membrane lipoprotein, putatitve  43.43 
 
 		 251 aa  87.8  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0572  putative outer membrane lipoprotein  36.11 
 
 		 288 aa  87.4  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6008  SmpA/OmlA domain-containing protein  39.09 
 
 		 193 aa  87  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.792796 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3826  SmpA/OmlA family protein  35.66 
 
 		 144 aa  87  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.336392  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0374  SmpA/OmlA family lipoprotein  48.72 
 
 		 242 aa  86.7  9e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2457  outer membrane lipoprotein, putatitve  48.72 
 
 		 276 aa  86.7  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4609  SmpA/OmlA  43 
 
 		 170 aa  86.3  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1233  SmpA/OmlA family lipoprotein  48.72 
 
 		 279 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3419  SmpA/OmlA family lipoprotein  48.72 
 
 		 263 aa  86.7  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.458143  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3454  SmpA/OmlA family lipoprotein  48.72 
 
 		 263 aa  86.7  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146935  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2644  SmpA/OmlA family lipoprotein  48.72 
 
 		 263 aa  86.7  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2736  SmpA/OmlA domain-containing protein  48.05 
 
 		 273 aa  86.3  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.724762 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3736  outer membrane lipoprotein, SmpA/OmlA  48.05 
 
 		 272 aa  85.9  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.214192 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0167  SmpA/OmlA  48.05 
 
 		 268 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0650  SmpA/OmlA domain-containing protein  48.05 
 
 		 268 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0617  SmpA/OmlA domain-containing protein  48.05 
 
 		 268 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.381857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1207  outer membrane lipoprotein, putatitve  48.05 
 
 		 267 aa  85.5  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.87413  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1285  SmpA/OmlA domain-containing protein  34.88 
 
 		 164 aa  84.7  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.522478  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0475  SmpA/OmlA domain-containing protein  46.15 
 
 		 182 aa  84.7  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3790  SmpA/OmlA domain-containing protein  44.3 
 
 		 204 aa  84.3  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1728  SmpA/OmlA domain protein  37.84 
 
 		 135 aa  84  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0545  SmpA/OmlA domain-containing protein  46.75 
 
 		 265 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0731757  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4554  SmpA/OmlA domain-containing protein  43.04 
 
 		 185 aa  83.2  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0571  SmpA/OmlA domain-containing protein  46.75 
 
 		 265 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.253801 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0754  SmpA/OmlA  37.38 
 
 		 170 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0252  SmpA/OmlA domain protein  38.94 
 
 		 228 aa  81.3  0.000000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3968  SmpA/OmlA domain-containing protein  48 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.542266 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1482  SmpA/OmlA domain-containing protein  39 
 
 		 111 aa  78.6  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.813844  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1097  SmpA/OmlA domain-containing protein  32.81 
 
 		 167 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0230  SmpA/OmlA domain-containing protein  45 
 
 		 249 aa  77.8  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1310  SmpA/OmlA domain-containing protein  35.54 
 
 		 192 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1301  SmpA/OmlA domain-containing protein  35.54 
 
 		 192 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.84513  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1337  SmpA/OmlA domain-containing protein  35.54 
 
 		 192 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3049  SmpA/OmlA domain protein  35.54 
 
 		 177 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.331273  normal  0.468309 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1517  outer membrane protein  38.24 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.718257  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1460  SmpA/OmlA domain-containing protein  38.24 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.708366  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1410  SmpA/OmlA domain-containing protein  35.4 
 
 		 171 aa  77  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1523  SmpA/OmlA domain-containing protein  33.86 
 
 		 167 aa  76.6  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.512522  hitchhiker  0.00464967 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1906  SmpA/OmlA domain-containing protein  38.71 
 
 		 117 aa  76.3  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1476  small protein A  33.94 
 
 		 163 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0935  SmpA/OmlA  31.45 
 
 		 160 aa  75.9  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.970773 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2773  SmpA/OmlA domain-containing protein  33.04 
 
 		 174 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.664934  normal  0.104565 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2851  SmpA/OmlA domain-containing protein  33.04 
 
 		 174 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3366  SmpA/OmlA domain-containing protein  34.48 
 
 		 110 aa  75.9  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0061494  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1605  Outer membrane lipoprotein OmlA  38.64 
 
 		 148 aa  75.1  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.730668  normal  0.548797 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2949  SmpA/OmlA domain-containing protein  34.65 
 
 		 174 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2476  lipoprotein, small protein A  40 
 
 		 118 aa  74.7  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214006  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2385  small protein A  36.89 
 
 		 163 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.750326  normal  0.621044 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1232  SmpA/OmlA domain-containing protein  33.62 
 
 		 174 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3271  SmpA/OmlA domain protein  36.54 
 
 		 183 aa  74.3  0.0000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3923  SmpA/OmlA domain-containing protein  36.54 
 
 		 183 aa  73.9  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1242  SmpA/OmlA  32.23 
 
 		 164 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.834375  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0227  small protein A  36.36 
 
 		 128 aa  72  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1271  SmpA/OmlA domain-containing protein  38.54 
 
 		 182 aa  72  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.175523  normal  0.212441 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0966  outer membrane lipoprotein  36.36 
 
 		 117 aa  72  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1713  SmpA/OmlA  37.04 
 
 		 118 aa  69.7  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01180  outer membrane protein  35.71 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0407548  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2051  SmpA/OmlA domain protein  36.27 
 
 		 120 aa  68.6  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0264  outer membrane lipoprotein OmlA  31.78 
 
 		 138 aa  67  0.00000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.28381  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0437  hypothetical protein  35.29 
 
 		 104 aa  66.2  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0413  hypothetical protein  35.29 
 
 		 104 aa  66.2  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0290  SmpA/OmlA  31.78 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0676323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0566  small protein A  34.07 
 
 		 110 aa  65.9  0.0000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.183668  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0377  small protein A  34.58 
 
 		 136 aa  65.5  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.861991  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3687  hypothetical protein  36.17 
 
 		 112 aa  65.5  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0028904  normal  0.0506936 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1058  SmpA/OmlA domain protein  36.49 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.276511  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3857  hypothetical protein  36.49 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00570631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2775  hypothetical protein  36.49 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494062  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2901  hypothetical protein  36.49 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.301484  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1067  hypothetical protein  36.49 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.261293  normal  0.540177 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2769  hypothetical protein  36.49 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0179366  normal  0.124588 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>