45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3216 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3216  hypothetical protein  100 
 
 		 135 aa  270  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.488544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2251  hypothetical protein  84.44 
 
 		 135 aa  214  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3588  hypothetical protein  56.59 
 
 		 132 aa  159  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3355  hypothetical protein  51.49 
 
 		 159 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.394527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4918  hypothetical protein  54.14 
 
 		 133 aa  146  8e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.484884 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2365  hypothetical protein  52.34 
 
 		 132 aa  127  6e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.841985  normal  0.667316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3097  hypothetical protein  50.78 
 
 		 132 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23708  normal  0.0273238 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4836  membrane-like protein  43.85 
 
 		 135 aa  101  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0899  putative transmembrane protein  41.13 
 
 		 143 aa  96.7  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162831 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2028  hypothetical protein  41.46 
 
 		 133 aa  94.4  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0848  membrane protein-like protein  41.73 
 
 		 134 aa  93.6  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1353  hypothetical protein  38.89 
 
 		 133 aa  92  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0247445 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0091  hypothetical protein  39.23 
 
 		 133 aa  91.3  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0462  hypothetical protein  36.29 
 
 		 133 aa  87.8  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2042  hypothetical protein  41.23 
 
 		 134 aa  87.4  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0388  hypothetical protein  41.23 
 
 		 134 aa  87  8e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.965904  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1447  hypothetical protein  42.74 
 
 		 129 aa  87  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3784  hypothetical protein  43.31 
 
 		 133 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.637465  normal  0.0246266 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1594  hypothetical protein  40.16 
 
 		 134 aa  84  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1552  hypothetical protein  43.64 
 
 		 136 aa  82.8  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.890317  normal  0.840659 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2439  hypothetical protein  39.32 
 
 		 135 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3568  hypothetical protein  43.4 
 
 		 139 aa  78.6  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0351  hypothetical protein  33.33 
 
 		 136 aa  77  0.00000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2326  hypothetical protein  44.9 
 
 		 129 aa  76.6  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.306612  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1340  hypothetical protein  34.23 
 
 		 120 aa  70.5  0.000000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.203581  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1122  hypothetical protein  35.66 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0934652 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2028  membrane protein-like protein  34.88 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.711582  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0969  hypothetical protein  34.88 
 
 		 133 aa  66.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.7704  normal  0.563021 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2255  hypothetical protein  40.82 
 
 		 132 aa  65.1  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.165293  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3561  hypothetical protein  44.09 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0943  hypothetical protein  34.69 
 
 		 143 aa  62.4  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1178  membrane protein-like protein  32 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0731  hypothetical protein  29.03 
 
 		 136 aa  60.8  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.356559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0742  hypothetical protein  27.42 
 
 		 136 aa  57.4  0.00000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1054  hypothetical protein  31.67 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0266  hypothetical protein  28.8 
 
 		 137 aa  50.1  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0261  hypothetical protein  28.32 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2331  hypothetical protein  30.36 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0417022  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1193  hypothetical protein  34.4 
 
 		 135 aa  48.1  0.00004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4085  hypothetical protein  31.82 
 
 		 131 aa  47.8  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0130  hypothetical protein  36.14 
 
 		 138 aa  47.4  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02774  hypothetical protein  31.67 
 
 		 145 aa  47  0.00009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0689  hypothetical protein  29.82 
 
 		 133 aa  45.4  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.281329  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0763  hypothetical protein  29.2 
 
 		 133 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0276649  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_669  hypothetical protein  37.5 
 
 		 133 aa  41.2  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.209076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>