45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2365 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2365  hypothetical protein  100 
 
 
132 aa  259  6e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.841985  normal  0.667316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3097  hypothetical protein  92.42 
 
 
132 aa  225  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.23708  normal  0.0273238 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3588  hypothetical protein  80.3 
 
 
132 aa  216  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3355  hypothetical protein  68.94 
 
 
159 aa  190  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.394527  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4918  hypothetical protein  64.39 
 
 
133 aa  176  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.484884 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3216  hypothetical protein  55.05 
 
 
135 aa  130  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.488544  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2251  hypothetical protein  54.95 
 
 
135 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0899  putative transmembrane protein  40.98 
 
 
143 aa  92.8  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.162831 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4836  membrane-like protein  38.52 
 
 
135 aa  89.4  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0091  hypothetical protein  38.93 
 
 
133 aa  87.8  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2028  hypothetical protein  36.64 
 
 
133 aa  85.9  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2439  hypothetical protein  37.01 
 
 
135 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1340  hypothetical protein  37.61 
 
 
120 aa  80.9  0.000000000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.203581  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1353  hypothetical protein  35.34 
 
 
133 aa  80.1  0.000000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0247445 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0462  hypothetical protein  35.34 
 
 
133 aa  80.1  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1447  hypothetical protein  37.98 
 
 
129 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0848  membrane protein-like protein  34.11 
 
 
134 aa  74.7  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2042  hypothetical protein  36.75 
 
 
134 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3561  hypothetical protein  45.36 
 
 
134 aa  70.1  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0388  hypothetical protein  35.9 
 
 
134 aa  67.4  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.965904  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1552  hypothetical protein  40.18 
 
 
136 aa  66.2  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.890317  normal  0.840659 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0969  hypothetical protein  33.06 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.7704  normal  0.563021 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0351  hypothetical protein  31.75 
 
 
136 aa  62  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3568  hypothetical protein  38.79 
 
 
139 aa  62  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0943  hypothetical protein  39.29 
 
 
143 aa  61.6  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1594  hypothetical protein  33.59 
 
 
134 aa  62  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1122  hypothetical protein  32.8 
 
 
133 aa  61.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0934652 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3784  hypothetical protein  33.08 
 
 
133 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.637465  normal  0.0246266 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2255  hypothetical protein  36.08 
 
 
132 aa  59.7  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.165293  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2326  hypothetical protein  37.23 
 
 
129 aa  56.6  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.306612  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1054  hypothetical protein  34.81 
 
 
142 aa  55.1  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2028  membrane protein-like protein  33.85 
 
 
138 aa  55.5  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.711582  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0731  hypothetical protein  29.92 
 
 
136 aa  51.6  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.356559  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02774  hypothetical protein  34.75 
 
 
145 aa  50.4  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0742  hypothetical protein  29.13 
 
 
136 aa  50.1  0.000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1193  hypothetical protein  32.8 
 
 
135 aa  49.3  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1178  membrane protein-like protein  29.2 
 
 
138 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4085  hypothetical protein  32.06 
 
 
131 aa  48.9  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0689  hypothetical protein  32.14 
 
 
133 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.281329  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0261  hypothetical protein  31.2 
 
 
137 aa  47.8  0.00005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0266  hypothetical protein  31.2 
 
 
137 aa  47.4  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0763  hypothetical protein  28.07 
 
 
133 aa  45.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0276649  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0130  hypothetical protein  31.53 
 
 
138 aa  45.1  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_669  hypothetical protein  29.73 
 
 
133 aa  43.5  0.0009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.209076  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2331  hypothetical protein  35.51 
 
 
138 aa  42.4  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0417022  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>