More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3161 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3161  30S ribosomal protein S11  100 
 
 		 129 aa  263  7e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.560785  normal  0.304254 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3643  30S ribosomal protein S11  97.67 
 
 		 129 aa  258  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360656  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3425  30S ribosomal protein S11  96.9 
 
 		 129 aa  258  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185884 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2318  30S ribosomal protein S11  96.9 
 
 		 129 aa  255  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.163155  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5047  30S ribosomal protein S11  95.35 
 
 		 129 aa  255  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0249835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1387  30S ribosomal protein S11  96.15 
 
 		 130 aa  253  7e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.368178 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1568  30S ribosomal protein S11  94.62 
 
 		 130 aa  250  4.0000000000000004e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0898739  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2990  30S ribosomal protein S11  88.37 
 
 		 129 aa  239  9e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.319049 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2141  30S ribosomal protein S11  87.6 
 
 		 129 aa  237  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0330  30S ribosomal protein S11  88.37 
 
 		 129 aa  237  4e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.726774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2037  30S ribosomal protein S11  87.6 
 
 		 129 aa  237  4e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.594548  normal  0.506463 
 
 
-
 
NC_004310  BR1210  30S ribosomal protein S11  86.05 
 
 		 129 aa  236  5e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.286667  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1173  30S ribosomal protein S11  86.05 
 
 		 129 aa  236  5e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.067515  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1979  30S ribosomal protein S11  86.05 
 
 		 129 aa  236  5e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.38607  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1931  30S ribosomal protein S11  87.6 
 
 		 129 aa  236  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.194194  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1009  30S ribosomal protein S11  86.05 
 
 		 129 aa  235  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636565  normal  0.191083 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2193  30S ribosomal protein S11  86.82 
 
 		 129 aa  235  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0789543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1866  30S ribosomal protein S11  85.27 
 
 		 129 aa  235  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2759  ribosomal protein S11  82.17 
 
 		 129 aa  227  5e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.27094 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1327  30S ribosomal protein S11  83.72 
 
 		 129 aa  223  9e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.784215 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2665  30S ribosomal protein S11  81.4 
 
 		 129 aa  220  4e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1637  30S ribosomal protein S11  79.84 
 
 		 129 aa  220  4e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0662534  normal  0.0192025 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1772  30S ribosomal protein S11  78.29 
 
 		 129 aa  220  6e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.586668  normal  0.347372 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0566  30S ribosomal protein S11  81.4 
 
 		 129 aa  219  9e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.628191 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1655  30S ribosomal protein S11  86.82 
 
 		 129 aa  219  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0783  30S ribosomal protein S11  79.84 
 
 		 129 aa  218  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2456  30S ribosomal protein S11  87.6 
 
 		 129 aa  217  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2178  30S ribosomal protein S11  87.6 
 
 		 129 aa  217  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1355  30S ribosomal protein S11  84.5 
 
 		 129 aa  215  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00844113  normal  0.387403 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1453  30S ribosomal protein S11  84.5 
 
 		 129 aa  215  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.067537  normal  0.300566 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2989  30S ribosomal protein S11  80.49 
 
 		 130 aa  214  4e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0278  30S ribosomal protein S11  77.52 
 
 		 129 aa  213  5.9999999999999996e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.778856  normal  0.618273 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4775  30S ribosomal protein S11  87.6 
 
 		 129 aa  213  7e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000103673 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0308  30S ribosomal protein S11  76.74 
 
 		 129 aa  212  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.331019 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1923  30S ribosomal protein S11  77.6 
 
 		 130 aa  212  1.9999999999999998e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.194942  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2528  30S ribosomal protein S11  82.17 
 
 		 129 aa  208  3e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.481275  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0721  30S ribosomal protein S11  78.29 
 
 		 129 aa  200  4e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.103667  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0616  30S ribosomal protein S11  73.64 
 
 		 129 aa  201  4e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0704  30S ribosomal protein S11  71.07 
 
 		 131 aa  192  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000283991  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0870  30S ribosomal protein S11  70.73 
 
 		 131 aa  191  4e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000918972  hitchhiker  0.00608711 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0651  30S ribosomal protein S11  77.39 
 
 		 131 aa  188  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.5695  hitchhiker  0.00000456607 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1090  30S ribosomal protein S11  74.78 
 
 		 131 aa  187  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.258039  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2833  30S ribosomal protein S11  75.65 
 
 		 131 aa  187  5.999999999999999e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.279532  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19730  SSU ribosomal protein S11P  69.35 
 
 		 131 aa  185  1e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000382809  normal  0.755388 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0790  30S ribosomal protein S11  64.34 
 
 		 129 aa  185  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0644212  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0731  ribosomal protein S11  70.25 
 
 		 128 aa  184  3e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000706792  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1371  30S ribosomal protein S11  73.91 
 
 		 130 aa  183  7e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.202358  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2511  30S ribosomal protein S11  79.07 
 
 		 129 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1806  30S ribosomal protein S11  63.57 
 
 		 129 aa  181  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.533264  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2293  30S ribosomal protein S11  63.57 
 
 		 129 aa  182  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2252  30S ribosomal protein S11  63.57 
 
 		 129 aa  182  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0467149  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0384  30S ribosomal protein S11  78.29 
 
 		 129 aa  181  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1738  30S ribosomal protein S11  78.29 
 
 		 129 aa  181  3e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0428  30S ribosomal protein S11  62.2 
 
 		 130 aa  179  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.316417  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001719  SSU ribosomal protein S11p (S14e)  64.34 
 
 		 129 aa  179  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000259501  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2151  30S ribosomal protein S11  64.34 
 
 		 129 aa  179  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000057735  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00752  30S ribosomal protein S11  64.34 
 
 		 129 aa  179  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1580  30S ribosomal protein S11  74.38 
 
 		 130 aa  178  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0220248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3419  30S ribosomal protein S11  64.23 
 
 		 133 aa  177  5.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.119474 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0342  30S ribosomal protein S11  62.79 
 
 		 129 aa  176  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00110784  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1458  30S ribosomal protein S11  70.25 
 
 		 129 aa  175  2e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000430937  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4521  30S ribosomal protein S11  62.79 
 
 		 129 aa  174  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000039204  hitchhiker  0.00000497991 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0428  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  5e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.684596  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0396  30S ribosomal protein S11  64.23 
 
 		 134 aa  174  5e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.551481  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3799  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  5e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0744309  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3728  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  174  5e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00156058  hitchhiker  0.00442603 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3977  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  5e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.300038  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0404  30S ribosomal protein S11  64.23 
 
 		 134 aa  174  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0306  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000963543  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0604  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650942  normal  0.687917 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1045  30S ribosomal protein S11  64.23 
 
 		 134 aa  173  6e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3783  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0247375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3720  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0247296  normal  0.144698 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3685  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00109954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0082  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  6e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000625128  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0133  30S ribosomal protein S11  68.22 
 
 		 129 aa  173  6e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3612  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000648166  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3613  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00134375  normal  0.497735 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3892  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000147745  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03148  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  7e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.175069  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0416  ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  7e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000707305  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4619  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  7e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3491  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  7e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000857326  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03099  hypothetical protein  62.02 
 
 		 129 aa  173  7e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.130382  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3780  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  7e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000705759  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0624  30S ribosomal protein S11  63.41 
 
 		 134 aa  173  7e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3683  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  7e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000095493  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0416  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  7e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00339967  unclonable  0.0000000142813 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3592  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 		 129 aa  173  7e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00516698  normal  0.0514386 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0137  30S ribosomal protein S11  68.22 
 
 		 129 aa  173  8e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000197157  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5047  30S ribosomal protein S11  63.41 
 
 		 134 aa  173  9e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3156  30S ribosomal protein S11  64.23 
 
 		 132 aa  172  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.980301  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3752  30S ribosomal protein S11  62.6 
 
 		 133 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.347959  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0351  30S ribosomal protein S11  62.6 
 
 		 133 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161221 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0273  30S ribosomal protein S11  62.6 
 
 		 133 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0134293 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0499  30S ribosomal protein S11  63.41 
 
 		 134 aa  172  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3293  30S ribosomal protein S11  63.41 
 
 		 133 aa  172  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2303  30S ribosomal protein S11  63.41 
 
 		 134 aa  172  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3780  30S ribosomal protein S11  62.6 
 
 		 133 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3502  30S ribosomal protein S11  62.6 
 
 		 133 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>