More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0308 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0308  30S ribosomal protein S11  100 
 
 		 129 aa  265  2e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.331019 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0783  30S ribosomal protein S11  94.57 
 
 		 129 aa  254  4e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0278  30S ribosomal protein S11  93.02 
 
 		 129 aa  252  1.0000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.778856  normal  0.618273 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0616  30S ribosomal protein S11  88.37 
 
 		 129 aa  238  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2759  ribosomal protein S11  79.84 
 
 		 129 aa  222  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.27094 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1327  30S ribosomal protein S11  81.4 
 
 		 129 aa  219  8e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.784215 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1637  30S ribosomal protein S11  80.62 
 
 		 129 aa  218  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0662534  normal  0.0192025 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1772  30S ribosomal protein S11  78.29 
 
 		 129 aa  217  3e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.586668  normal  0.347372 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3643  30S ribosomal protein S11  78.29 
 
 		 129 aa  216  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360656  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0566  30S ribosomal protein S11  78.29 
 
 		 129 aa  214  2.9999999999999998e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.628191 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2665  30S ribosomal protein S11  76.74 
 
 		 129 aa  213  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5047  30S ribosomal protein S11  77.52 
 
 		 129 aa  213  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0249835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2318  30S ribosomal protein S11  77.52 
 
 		 129 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.163155  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2990  30S ribosomal protein S11  75.19 
 
 		 129 aa  212  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.319049 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3425  30S ribosomal protein S11  75.97 
 
 		 129 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1931  30S ribosomal protein S11  75.19 
 
 		 129 aa  210  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.194194  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0330  30S ribosomal protein S11  75.19 
 
 		 129 aa  210  5.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.726774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2193  30S ribosomal protein S11  75.19 
 
 		 129 aa  209  9e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0789543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2037  30S ribosomal protein S11  74.42 
 
 		 129 aa  209  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.594548  normal  0.506463 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1568  30S ribosomal protein S11  79.67 
 
 		 130 aa  209  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0898739  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1387  30S ribosomal protein S11  78.86 
 
 		 130 aa  208  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.368178 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2989  30S ribosomal protein S11  79.67 
 
 		 130 aa  207  3e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2511  30S ribosomal protein S11  90.7 
 
 		 129 aa  207  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2141  30S ribosomal protein S11  74.42 
 
 		 129 aa  207  5e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1009  30S ribosomal protein S11  75.97 
 
 		 129 aa  207  5e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636565  normal  0.191083 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1866  30S ribosomal protein S11  75.19 
 
 		 129 aa  206  8e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1738  30S ribosomal protein S11  89.92 
 
 		 129 aa  206  1e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0384  30S ribosomal protein S11  89.92 
 
 		 129 aa  206  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226063  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1210  30S ribosomal protein S11  74.42 
 
 		 129 aa  205  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.286667  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1173  30S ribosomal protein S11  74.42 
 
 		 129 aa  205  2e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.067515  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1979  30S ribosomal protein S11  74.42 
 
 		 129 aa  205  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.38607  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0870  30S ribosomal protein S11  74.8 
 
 		 131 aa  204  5e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000918972  hitchhiker  0.00608711 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1923  30S ribosomal protein S11  75.61 
 
 		 130 aa  203  8e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.194942  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3161  30S ribosomal protein S11  81.9 
 
 		 129 aa  201  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.560785  normal  0.304254 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2528  30S ribosomal protein S11  79.07 
 
 		 129 aa  200  7e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.481275  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1655  30S ribosomal protein S11  74.42 
 
 		 129 aa  196  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1355  30S ribosomal protein S11  75.19 
 
 		 129 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00844113  normal  0.387403 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1453  30S ribosomal protein S11  75.19 
 
 		 129 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.067537  normal  0.300566 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0704  30S ribosomal protein S11  70.25 
 
 		 131 aa  188  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000283991  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4775  30S ribosomal protein S11  75.97 
 
 		 129 aa  187  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000103673 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0731  ribosomal protein S11  69.77 
 
 		 128 aa  186  9e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000706792  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2178  30S ribosomal protein S11  72.87 
 
 		 129 aa  185  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2456  30S ribosomal protein S11  72.87 
 
 		 129 aa  185  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2293  30S ribosomal protein S11  65.12 
 
 		 129 aa  183  6e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2252  30S ribosomal protein S11  65.12 
 
 		 129 aa  183  6e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0467149  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1806  30S ribosomal protein S11  65.12 
 
 		 129 aa  183  7e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.533264  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0790  30S ribosomal protein S11  63.57 
 
 		 129 aa  182  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0644212  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3722  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.113628  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0273  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0134293 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2608  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0721  30S ribosomal protein S11  69.77 
 
 		 129 aa  181  2.0000000000000003e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.103667  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3145  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.171287  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3752  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.347959  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3471  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.905571  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3044  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.21907  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0300  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0251281  normal  0.0760469 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2735  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3780  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0351  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161221 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3502  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0291  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0372  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.557439  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1580  30S ribosomal protein S11  72.31 
 
 		 130 aa  182  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0220248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1948  30S ribosomal protein S11  67.74 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.666677  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2815  30S ribosomal protein S11  66.94 
 
 		 134 aa  181  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769737  normal  0.19032 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0338  30S ribosomal protein S11  66.94 
 
 		 134 aa  181  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.578  normal  0.0241058 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3620  30S ribosomal protein S11  66.94 
 
 		 134 aa  181  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000402768  hitchhiker  0.00000000105746 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1090  30S ribosomal protein S11  72.17 
 
 		 131 aa  179  9.000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.258039  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0428  30S ribosomal protein S11  65.85 
 
 		 130 aa  179  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.316417  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3293  30S ribosomal protein S11  65.32 
 
 		 133 aa  179  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0076  30S ribosomal protein S11  66.13 
 
 		 135 aa  179  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1458  30S ribosomal protein S11  68.22 
 
 		 129 aa  178  2e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000430937  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3419  30S ribosomal protein S11  66.13 
 
 		 133 aa  178  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.119474 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3156  30S ribosomal protein S11  65.85 
 
 		 132 aa  177  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.980301  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1371  30S ribosomal protein S11  70.43 
 
 		 130 aa  177  4.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.202358  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2995  30S ribosomal protein S11  64.52 
 
 		 133 aa  176  7e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.400424 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0651  30S ribosomal protein S11  71.3 
 
 		 131 aa  176  7e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.5695  hitchhiker  0.00000456607 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2926  30S ribosomal protein S11  64.52 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000215404 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3273  30S ribosomal protein S11  64.52 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2833  30S ribosomal protein S11  70.43 
 
 		 131 aa  176  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.279532  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1882  30S ribosomal protein S11  70.25 
 
 		 127 aa  175  2e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.184617  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19730  SSU ribosomal protein S11P  64.8 
 
 		 131 aa  175  2e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000382809  normal  0.755388 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3925  30S ribosomal protein S11  65.32 
 
 		 134 aa  174  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0131  30S ribosomal protein S11  66.67 
 
 		 129 aa  174  4e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000108519  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0342  30S ribosomal protein S11  62.79 
 
 		 129 aa  174  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00110784  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0396  30S ribosomal protein S11  63.71 
 
 		 134 aa  173  6e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.551481  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0404  30S ribosomal protein S11  63.71 
 
 		 134 aa  173  6e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0181  30S ribosomal protein S11  64.62 
 
 		 130 aa  173  6e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000807145  hitchhiker  0.00156032 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5047  30S ribosomal protein S11  63.71 
 
 		 134 aa  173  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1045  30S ribosomal protein S11  63.71 
 
 		 134 aa  173  8e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0512  30S ribosomal protein S11  60.47 
 
 		 129 aa  173  8e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.11652  hitchhiker  0.00952872 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4219  30S ribosomal protein S11  64.52 
 
 		 134 aa  173  8e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.815037  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0507  30S ribosomal protein S11  60.47 
 
 		 129 aa  173  8e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00376989  normal  0.069652 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0624  30S ribosomal protein S11  62.9 
 
 		 134 aa  173  8e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0726  30S ribosomal protein S11  65.65 
 
 		 131 aa  173  9e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.873114  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0251  ribosomal protein S11  68.22 
 
 		 128 aa  172  9.999999999999999e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118892  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0137  30S ribosomal protein S11  68.22 
 
 		 129 aa  172  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000197157  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2303  30S ribosomal protein S11  62.9 
 
 		 134 aa  172  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0448  30S ribosomal protein S11  62.31 
 
 		 130 aa  172  9.999999999999999e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000201817  hitchhiker  0.00276922 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3886  30S ribosomal protein S11  60.47 
 
 		 129 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0130458  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>