More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0783 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0783  30S ribosomal protein S11  100 
 
 		 129 aa  265  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0278  30S ribosomal protein S11  94.57 
 
 		 129 aa  254  2e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.778856  normal  0.618273 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0308  30S ribosomal protein S11  94.57 
 
 		 129 aa  254  4e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.331019 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0616  30S ribosomal protein S11  87.6 
 
 		 129 aa  236  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2759  ribosomal protein S11  83.72 
 
 		 129 aa  229  6e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.27094 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3643  30S ribosomal protein S11  81.4 
 
 		 129 aa  222  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360656  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1772  30S ribosomal protein S11  79.07 
 
 		 129 aa  219  8e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.586668  normal  0.347372 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1327  30S ribosomal protein S11  82.17 
 
 		 129 aa  219  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.784215 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2990  30S ribosomal protein S11  79.07 
 
 		 129 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.319049 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1637  30S ribosomal protein S11  79.84 
 
 		 129 aa  218  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0662534  normal  0.0192025 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0330  30S ribosomal protein S11  79.84 
 
 		 129 aa  218  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.726774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5047  30S ribosomal protein S11  79.84 
 
 		 129 aa  218  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0249835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1931  30S ribosomal protein S11  79.07 
 
 		 129 aa  218  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.194194  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2318  30S ribosomal protein S11  79.84 
 
 		 129 aa  217  6e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.163155  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2037  30S ribosomal protein S11  78.29 
 
 		 129 aa  216  7.999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.594548  normal  0.506463 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3425  30S ribosomal protein S11  78.29 
 
 		 129 aa  216  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185884 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0566  30S ribosomal protein S11  79.07 
 
 		 129 aa  215  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.628191 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2141  30S ribosomal protein S11  78.29 
 
 		 129 aa  214  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1568  30S ribosomal protein S11  81.45 
 
 		 130 aa  214  5e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0898739  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1387  30S ribosomal protein S11  80.65 
 
 		 130 aa  213  7e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.368178 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2193  30S ribosomal protein S11  77.52 
 
 		 129 aa  212  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0789543  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1210  30S ribosomal protein S11  76.74 
 
 		 129 aa  211  2.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.286667  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2665  30S ribosomal protein S11  75.19 
 
 		 129 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1173  30S ribosomal protein S11  76.74 
 
 		 129 aa  211  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.067515  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1979  30S ribosomal protein S11  76.74 
 
 		 129 aa  211  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.38607  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2511  30S ribosomal protein S11  92.25 
 
 		 129 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1009  30S ribosomal protein S11  76.74 
 
 		 129 aa  210  4.9999999999999996e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636565  normal  0.191083 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1866  30S ribosomal protein S11  75.97 
 
 		 129 aa  209  7e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1738  30S ribosomal protein S11  91.47 
 
 		 129 aa  209  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0384  30S ribosomal protein S11  91.47 
 
 		 129 aa  209  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2989  30S ribosomal protein S11  79.67 
 
 		 130 aa  207  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1923  30S ribosomal protein S11  78.23 
 
 		 130 aa  206  6e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.194942  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2528  30S ribosomal protein S11  82.17 
 
 		 129 aa  203  6e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.481275  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0870  30S ribosomal protein S11  72.66 
 
 		 131 aa  202  9e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000918972  hitchhiker  0.00608711 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3161  30S ribosomal protein S11  82.76 
 
 		 129 aa  202  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.560785  normal  0.304254 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1655  30S ribosomal protein S11  75.97 
 
 		 129 aa  197  6e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4775  30S ribosomal protein S11  79.84 
 
 		 129 aa  194  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000103673 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1355  30S ribosomal protein S11  75.19 
 
 		 129 aa  194  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00844113  normal  0.387403 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1453  30S ribosomal protein S11  75.19 
 
 		 129 aa  194  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.067537  normal  0.300566 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2456  30S ribosomal protein S11  76.74 
 
 		 129 aa  191  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2178  30S ribosomal protein S11  76.74 
 
 		 129 aa  191  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0704  30S ribosomal protein S11  69.42 
 
 		 131 aa  188  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000283991  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1806  30S ribosomal protein S11  65.89 
 
 		 129 aa  184  2e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.533264  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0790  30S ribosomal protein S11  63.57 
 
 		 129 aa  184  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0644212  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2293  30S ribosomal protein S11  65.89 
 
 		 129 aa  185  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2252  30S ribosomal protein S11  65.89 
 
 		 129 aa  185  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0467149  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0731  ribosomal protein S11  68.8 
 
 		 128 aa  184  3e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000706792  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0721  30S ribosomal protein S11  71.32 
 
 		 129 aa  183  8e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.103667  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1580  30S ribosomal protein S11  72.31 
 
 		 130 aa  180  5.0000000000000004e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0220248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1090  30S ribosomal protein S11  72.17 
 
 		 131 aa  180  7e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.258039  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0428  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 130 aa  179  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.316417  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1458  30S ribosomal protein S11  68.99 
 
 		 129 aa  179  1e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000430937  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19730  SSU ribosomal protein S11P  64.8 
 
 		 131 aa  177  2.9999999999999997e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000382809  normal  0.755388 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0651  30S ribosomal protein S11  71.3 
 
 		 131 aa  177  4e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.5695  hitchhiker  0.00000456607 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1371  30S ribosomal protein S11  70.43 
 
 		 130 aa  177  4.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.202358  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2833  30S ribosomal protein S11  70.43 
 
 		 131 aa  176  8e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.279532  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2608  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3145  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.171287  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3752  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.347959  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3471  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.905571  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0351  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161221 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3780  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3044  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.21907  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0273  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0134293 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2735  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3722  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.113628  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0291  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0372  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.557439  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3502  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1948  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.666677  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0300  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 133 aa  176  8e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0251281  normal  0.0760469 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3620  30S ribosomal protein S11  64.23 
 
 		 134 aa  176  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000402768  hitchhiker  0.00000000105746 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3156  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 132 aa  175  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.980301  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0726  30S ribosomal protein S11  67.94 
 
 		 131 aa  176  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.873114  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0338  30S ribosomal protein S11  64.23 
 
 		 134 aa  176  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.578  normal  0.0241058 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3293  30S ribosomal protein S11  64.23 
 
 		 133 aa  175  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2815  30S ribosomal protein S11  64.23 
 
 		 134 aa  176  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769737  normal  0.19032 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3419  30S ribosomal protein S11  64.23 
 
 		 133 aa  175  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.119474 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3925  30S ribosomal protein S11  65.04 
 
 		 134 aa  174  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0076  30S ribosomal protein S11  64.23 
 
 		 135 aa  174  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0251  ribosomal protein S11  69.77 
 
 		 128 aa  174  5e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118892  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1882  30S ribosomal protein S11  69.42 
 
 		 127 aa  174  5e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.184617  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2995  30S ribosomal protein S11  63.41 
 
 		 133 aa  173  8e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.400424 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0624  30S ribosomal protein S11  62.6 
 
 		 134 aa  172  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4667  30S ribosomal protein S11  63.85 
 
 		 130 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000031185  unclonable  0.00000000812252 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5047  30S ribosomal protein S11  63.41 
 
 		 134 aa  172  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0404  30S ribosomal protein S11  63.41 
 
 		 134 aa  172  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4219  30S ribosomal protein S11  64.23 
 
 		 134 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.815037  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3273  30S ribosomal protein S11  63.41 
 
 		 133 aa  172  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2926  30S ribosomal protein S11  63.41 
 
 		 133 aa  172  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000215404 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0181  30S ribosomal protein S11  64.62 
 
 		 130 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000807145  hitchhiker  0.00156032 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0396  30S ribosomal protein S11  63.41 
 
 		 134 aa  172  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.551481  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0207  30S ribosomal protein S11  63.85 
 
 		 130 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000194302  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2303  30S ribosomal protein S11  62.6 
 
 		 134 aa  171  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1045  30S ribosomal protein S11  63.41 
 
 		 134 aa  172  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0171  30S ribosomal protein S11  63.85 
 
 		 130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000137898  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0236  30S ribosomal protein S11  63.85 
 
 		 130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000127993  unclonable  0.00000919144 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4296  30S ribosomal protein S11  63.85 
 
 		 130 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000132773  unclonable  0.0000000000385388 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0342  30S ribosomal protein S11  61.24 
 
 		 129 aa  171  2.9999999999999996e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00110784  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0137  30S ribosomal protein S11  68.22 
 
 		 129 aa  171  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000197157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>