57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2110 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3310  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  85.75 
 
 		 386 aa  702    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.787615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2110  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 		 386 aa  787    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417803  normal  0.0323515 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3948  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  86.01 
 
 		 386 aa  671    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2672  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.29 
 
 		 320 aa  67.8  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0519084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.36 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.77 
 
 		 327 aa  57  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  26.12 
 
 		 317 aa  56.6  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.91 
 
 		 317 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2692  immunogenic protein family protein  24.04 
 
 		 329 aa  53.9  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  26.91 
 
 		 323 aa  53.9  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  23.96 
 
 		 324 aa  53.5  0.000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.95 
 
 		 318 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.95 
 
 		 318 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  25.75 
 
 		 322 aa  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.95 
 
 		 318 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.95 
 
 		 318 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  26.14 
 
 		 318 aa  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.14 
 
 		 318 aa  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.14 
 
 		 318 aa  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  25.67 
 
 		 318 aa  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.82 
 
 		 319 aa  51.2  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2365  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.29 
 
 		 328 aa  50.4  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.92 
 
 		 319 aa  50.4  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  24.41 
 
 		 324 aa  50.1  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.41 
 
 		 324 aa  50.1  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  25.35 
 
 		 328 aa  50.1  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6160  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30 
 
 		 343 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.419436 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  24.91 
 
 		 323 aa  49.3  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  30.69 
 
 		 316 aa  49.3  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.12 
 
 		 318 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  24.04 
 
 		 324 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.32 
 
 		 326 aa  47.8  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0386  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.6 
 
 		 375 aa  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.81 
 
 		 318 aa  47.4  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.35 
 
 		 317 aa  47.8  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.5 
 
 		 326 aa  47.8  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2300  phosphonate-binding periplasmic protein  32.32 
 
 		 290 aa  47.4  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.749292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.14 
 
 		 317 aa  47  0.0005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  24.35 
 
 		 322 aa  46.6  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.28 
 
 		 325 aa  46.6  0.0008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  24.75 
 
 		 320 aa  46.2  0.0009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.43 
 
 		 333 aa  45.8  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1090  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.76 
 
 		 332 aa  46.2  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0945459  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0342  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.31 
 
 		 314 aa  46.2  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.95 
 
 		 329 aa  46.2  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0134  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  34.31 
 
 		 318 aa  44.3  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0129  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  34.31 
 
 		 318 aa  44.3  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  22.6 
 
 		 344 aa  44.3  0.003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.05 
 
 		 329 aa  44.3  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.67 
 
 		 345 aa  44.3  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7198  ABC transporter substrate binding protein (aliphatic sulfonate)  33.78 
 
 		 357 aa  44.3  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0232268  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4518  hypothetical protein  41.1 
 
 		 340 aa  43.9  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.475468  normal  0.971312 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  25 
 
 		 319 aa  43.9  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3279  putative ABC-type sulfonate transport system  41.89 
 
 		 366 aa  43.5  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.13 
 
 		 333 aa  43.5  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.75 
 
 		 348 aa  43.5  0.006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  24.9 
 
 		 316 aa  43.1  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.391333 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>