More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3640 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4038  dihydropyrimidine dehydrogenase  97.88 
 
 
424 aa  867    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0540  dihydropyrimidine dehydrogenase  89.15 
 
 
424 aa  791    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3443  dihydropyrimidine dehydrogenase  87.23 
 
 
424 aa  752    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.462217 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1800  dihydropyrimidine dehydrogenase  98.35 
 
 
424 aa  869    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.287074  normal  0.942647 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1834  dihydropyrimidine dehydrogenase  96.46 
 
 
424 aa  857    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.184272 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05740  dihydropyrimidine dehydrogenase  89.39 
 
 
425 aa  795    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.744293  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3640  dihydropyrimidine dehydrogenase  100 
 
 
424 aa  881    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0957824  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0045  dihydropyrimidine dehydrogenase  69.61 
 
 
437 aa  611  9.999999999999999e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5721  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.07 
 
 
435 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.85505  normal  0.854887 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1534  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.55 
 
 
436 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.553983  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6712  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.17 
 
 
437 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.302469 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1595  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.17 
 
 
437 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5965  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.07 
 
 
435 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.663226  normal  0.568701 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6236  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.17 
 
 
437 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.182337  normal  0.153451 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6656  dihydropyrimidine dehydrogenase  70.1 
 
 
438 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.569417  normal  0.0129308 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2689  dihydropyrimidine dehydrogenase  69.12 
 
 
444 aa  598  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5351  dihydropyrimidine dehydrogenase  69.6 
 
 
435 aa  598  1e-170  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.162671 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3449  dihydropyrimidine dehydrogenase  68.75 
 
 
437 aa  599  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.591903  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2055  dihydropyrimidine dehydrogenase  68.52 
 
 
437 aa  600  1e-170  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3281  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.82 
 
 
437 aa  594  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.919759  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0365  dihydropyrimidine dehydrogenase  68.14 
 
 
436 aa  597  1e-169  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1429  dihydropyrimidine dehydrogenase  68.88 
 
 
444 aa  596  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3029  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.36 
 
 
437 aa  596  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00152592  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2361  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.35 
 
 
437 aa  591  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.412287  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0282  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.91 
 
 
436 aa  588  1e-167  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.384818  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2862  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.44 
 
 
439 aa  582  1.0000000000000001e-165  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0296  dihydropyrimidine dehydrogenase  67.44 
 
 
436 aa  583  1.0000000000000001e-165  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.123218  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1500  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.36 
 
 
434 aa  580  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190066  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2199  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.59 
 
 
426 aa  573  1.0000000000000001e-162  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6035  dihydropyrimidine dehydrogenase  65.81 
 
 
441 aa  572  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.181923  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0967  dihydropyrimidine dehydrogenase  66.97 
 
 
442 aa  564  1e-160  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.584052  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1363  dihydropyrimidine dehydrogenase  63.53 
 
 
432 aa  567  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.709069 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2712  dihydropyrimidine dehydrogenase  65.9 
 
 
434 aa  567  1e-160  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.462922  normal  0.632693 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1820  dihydropyrimidine dehydrogenase  64.76 
 
 
434 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.22065 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0187  dihydropyrimidine dehydrogenase  64.76 
 
 
434 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.799767  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1458  dihydropyrimidine dehydrogenase  63.62 
 
 
434 aa  558  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.850585  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4020  dihydropyrimidine dehydrogenase  64.29 
 
 
435 aa  560  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4151  dihydropyrimidine dehydrogenase  64.2 
 
 
436 aa  532  1e-150  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2213  dihydropyrimidine dehydrogenase  58.94 
 
 
429 aa  485  1e-136  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3448  dihydropyrimidine dehydrogenase  58.55 
 
 
422 aa  484  1e-135  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.117206  normal  0.0570725 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2108  dihydroorotate dehydrogenase family protein  52.5 
 
 
461 aa  443  1e-123  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.110161  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1889  dihydroorotate dehydrogenase family protein  51.36 
 
 
461 aa  412  1e-114  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0110983  normal  0.121319 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2422  dihydropyrimidine dehydrogenase  43.22 
 
 
411 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2377  dihydropyrimidine dehydrogenase  43.22 
 
 
411 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.750594  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2333  dihydropyrimidine dehydrogenase  43.22 
 
 
411 aa  323  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.757399  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2534  dihydropyrimidine dehydrogenase  43.22 
 
 
411 aa  323  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.666903  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2426  dihydropyrimidine dehydrogenase  43.22 
 
 
411 aa  323  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2294  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.71 
 
 
411 aa  318  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00484206 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02076  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.71 
 
 
411 aa  316  6e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1511  dihydroorotate dehydrogenase family protein  42.71 
 
 
411 aa  316  6e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.823928  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3279  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.71 
 
 
411 aa  316  6e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.732887 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2281  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.71 
 
 
411 aa  316  6e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02035  hypothetical protein  42.71 
 
 
411 aa  316  6e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1501  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.71 
 
 
411 aa  316  6e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0824  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.46 
 
 
411 aa  315  9.999999999999999e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2442  dihydropyrimidine dehydrogenase  42.71 
 
 
411 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1309  dihydropyrimidine dehydrogenase  39.09 
 
 
432 aa  278  2e-73  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2025  dihydroorotate dehydrogenase family protein  39.59 
 
 
398 aa  256  7e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2085  dihydroorotate dehydrogenase family protein  28.5 
 
 
381 aa  140  3e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00414883  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1743  dihydroorotate dehydrogenase family protein  28.64 
 
 
363 aa  140  3e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0450  dihydroorotate dehydrogenase 1B  32.92 
 
 
304 aa  140  6e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.187702  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0618  dihydroorotate dehydrogenase family protein  38.38 
 
 
307 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.056994  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0832  dihydroorotate dehydrogenase family protein  30.32 
 
 
299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1466  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.76 
 
 
301 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.831826  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2399  dihydroorotate dehydrogenase 1B  33.99 
 
 
305 aa  127  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317433  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1225  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.82 
 
 
300 aa  126  6e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0613844  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1820  dihydroorotate dehydrogenase 1B  34.32 
 
 
305 aa  126  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0131374 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2127  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  34.52 
 
 
352 aa  124  4e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.95796 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1380  dihydroorotate dehydrogenase family protein  37.7 
 
 
300 aa  124  5e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2286  dihydroorotate dehydrogenase 1B  33.33 
 
 
300 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000160117  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0444  dihydroorotate dehydrogenase  27.68 
 
 
390 aa  119  7e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.114446  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2762  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  30.56 
 
 
303 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1814  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.93 
 
 
302 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00465279  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1950  dihydroorotate dehydrogenase family protein  32.17 
 
 
297 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000449747  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09420  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  31.12 
 
 
304 aa  114  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2150  dihydroorotate dehydrogenase 1B  29.63 
 
 
305 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000128716  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1436  dihydroorotate dehydrogenase 1B  29.97 
 
 
304 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.405217  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1092  dihydroorotate dehydrogenase 1B  36 
 
 
311 aa  114  5e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.149271  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0472  dihydroorotate dehydrogenase 1B  29.87 
 
 
304 aa  113  7.000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.730654  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1663  dihydroorotate dehydrogenase family protein  36.59 
 
 
356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000377649  hitchhiker  0.00130858 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2629  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.03 
 
 
304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.372998  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1183  dihydroorotate dehydrogenase 1B  34.07 
 
 
324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4014  dihydroorotate dehydrogenase family protein  34.48 
 
 
314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1686  dihydroorotate dehydrogenase 1B  36.24 
 
 
304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00226183  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1919  dihydroorotate dehydrogenase 1B  28.92 
 
 
313 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0125  dihydroorotate dehydrogenase 1B  33.48 
 
 
308 aa  111  3e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000118304  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2665  dihydroorotate dehydrogenase family protein  36.87 
 
 
322 aa  111  3e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0785  dihydroorotate dehydrogenase family protein  35.53 
 
 
299 aa  111  3e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1110  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.69 
 
 
296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.229452  normal  0.46967 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0019  dihydroorotate dehydrogenase family protein  31.46 
 
 
304 aa  110  5e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1841  dihydroorotate dehydrogenase 1B  31.5 
 
 
305 aa  110  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000167258  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0163  dihydroorotate dehydrogenase 1B  28.7 
 
 
311 aa  109  8.000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000375439  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1372  dihydroorotate dehydrogenase 1B  34.39 
 
 
310 aa  109  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000766739  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1198  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.07 
 
 
304 aa  109  1e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.770719  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0389  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  31.71 
 
 
321 aa  109  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.42122  normal  0.593329 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0912  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.1 
 
 
305 aa  107  3e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.53908  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1469  dihydroorotate dehydrogenase 1B  34.69 
 
 
311 aa  108  3e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0123797  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2304  dihydroorotate dehydrogenase 1B  35.64 
 
 
304 aa  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.268618  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1049  dihydroorotate dehydrogenase 1B  27.08 
 
 
313 aa  107  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1769  dihydroorotate dehydrogenase family protein  28.93 
 
 
311 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.960944 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>