More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2492 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2492  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
269 aa  549  1e-155  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2090  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.06 
 
 
263 aa  353  2e-96  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.36 
 
 
268 aa  335  3.9999999999999995e-91  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0955758  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1735  SpoU rRNA methylase family protein  59.92 
 
 
265 aa  311  6.999999999999999e-84  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1923  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.57 
 
 
265 aa  253  2.0000000000000002e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0296  SpoU rRNA methylase family protein  49.82 
 
 
265 aa  243  3e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00172027 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2125  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.84 
 
 
267 aa  236  3e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00183225 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  38.1 
 
 
267 aa  142  5e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.27 
 
 
241 aa  132  5e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.240976  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0453  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.43 
 
 
243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1853  RNA methyltransferase  35.89 
 
 
257 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0683239  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  33.07 
 
 
269 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0464  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.87 
 
 
257 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1465  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.64 
 
 
242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1268  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.46 
 
 
249 aa  126  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.806095  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.12 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253805  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2141  RNA methyltransferase  35.27 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.2 
 
 
270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147427  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1916  tRNA and rRNA methylase  30.89 
 
 
249 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.581034  normal  0.306888 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2787  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.6 
 
 
261 aa  115  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0162  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.83 
 
 
294 aa  115  8.999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0744  RNA methyltransferase  33.72 
 
 
254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1647  hypothetical protein  29.74 
 
 
258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl258  rRNA methylase  31 
 
 
251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000982584  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1516  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.21 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1675  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.62 
 
 
248 aa  113  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12258  putative tRNA/rRNA methyltransferase  30.27 
 
 
244 aa  112  5e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2725  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.37 
 
 
253 aa  112  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1374  RNA methyltransferase  32.58 
 
 
274 aa  112  6e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0808  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.64 
 
 
251 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1394  rRNA methylase  35.37 
 
 
253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000633363  hitchhiker  1.76373e-23 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.91 
 
 
248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.145842  normal  0.345064 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0414  rRNA methylase  32.95 
 
 
294 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1207  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.06 
 
 
270 aa  110  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0784669  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2142  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.11 
 
 
289 aa  110  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00455486  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.7 
 
 
266 aa  108  6e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.004624  normal  0.210055 
 
 
-
 
NC_004310  BR0150  RNA methyltransferase  30.26 
 
 
297 aa  107  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.18 
 
 
286 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.260618 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.94 
 
 
286 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0145  RNA methyltransferase  30.26 
 
 
297 aa  107  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0218  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.86 
 
 
271 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000299971  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2063  putative rRNA methylase  30.42 
 
 
275 aa  107  3e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00825348  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.2 
 
 
286 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.87191  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0462  RNA methyltransferase  27.65 
 
 
255 aa  106  5e-22  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.44 
 
 
254 aa  106  5e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  31.68 
 
 
254 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  32.06 
 
 
265 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  31.68 
 
 
254 aa  104  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  31.68 
 
 
265 aa  104  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5480  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.94 
 
 
272 aa  103  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.666691  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4393  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.06 
 
 
254 aa  104  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000250925  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2169  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.16 
 
 
261 aa  103  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000507695  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3173  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.55 
 
 
261 aa  104  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0121288  normal  0.209756 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  31.3 
 
 
254 aa  102  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  31.3 
 
 
254 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0025  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.97 
 
 
286 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000152428 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  31.3 
 
 
254 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0387  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.12 
 
 
242 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  31.54 
 
 
265 aa  102  5e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000331759  hitchhiker  0.0000000100751 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2051  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.54 
 
 
254 aa  102  7e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.154178  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  31.3 
 
 
254 aa  101  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.27 
 
 
276 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2650  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.72 
 
 
254 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00276989  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0561  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.84 
 
 
254 aa  100  3e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.57 
 
 
256 aa  100  3e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0173286  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.08 
 
 
261 aa  99.8  4e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.142554  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4637  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.14 
 
 
262 aa  98.6  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0580801  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.74 
 
 
272 aa  98.2  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000452495  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02637  rRNA methyltransferase  29.74 
 
 
261 aa  96.3  5e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0334  rRNA methylase  26.37 
 
 
257 aa  95.5  8e-19  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.693845  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.08 
 
 
267 aa  95.5  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000197241  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2845  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.34 
 
 
269 aa  94.7  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.164972  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1093  23S rRNA methyltransferase  27.8 
 
 
264 aa  95.1  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000062165  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2039  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  31.2 
 
 
277 aa  94.4  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.928617 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.64 
 
 
260 aa  93.6  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0720  RNA methyltransferase  27.97 
 
 
246 aa  91.7  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.186553  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1218  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.39 
 
 
246 aa  91.3  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.67 
 
 
260 aa  91.7  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0303105  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1196  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.39 
 
 
246 aa  91.3  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.45 
 
 
248 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.246575  normal  0.0568105 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0330  RNA methyltransferase  29.01 
 
 
257 aa  90.5  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0596  RNA methyltransferase  36.99 
 
 
240 aa  90.5  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0526  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25.47 
 
 
246 aa  90.9  2e-17  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.37 
 
 
257 aa  90.1  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.560125  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01509  hypothetical protein  28.14 
 
 
244 aa  89.7  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004009  RNA methyltransferase TrmH family  29.07 
 
 
244 aa  89.7  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0294  rRNA methyltransferase  35.22 
 
 
245 aa  90.1  4e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000126477  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3229  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.65 
 
 
247 aa  89  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1199  tRNA/rRNA methyltransferase  31.72 
 
 
234 aa  88.2  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354486  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2415  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.71 
 
 
265 aa  88.2  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3094  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.86 
 
 
262 aa  87.4  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922753  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1728  rRNA methylase  28.9 
 
 
257 aa  87.8  2e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  30.3 
 
 
260 aa  87  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.71 
 
 
248 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.515948 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3055  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.73 
 
 
236 aa  86.3  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.915806  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2462  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.77 
 
 
237 aa  85.9  6e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13461  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.5 
 
 
285 aa  85.9  7e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0757278  normal  0.982465 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1221  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.26 
 
 
258 aa  85.9  7e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000766628  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1107  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.16 
 
 
260 aa  85.5  8e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1800  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.55 
 
 
265 aa  85.5  9e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>