More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2023 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2023  translation factor SUA5  100 
 
 
339 aa  681    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.161833  normal  0.111129 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2993  SUA5/YciO/YrdC family translation initiation protein  59.05 
 
 
315 aa  350  1e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0607  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  42.22 
 
 
364 aa  232  8.000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.97472  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1674  Sua5/YciO/YrdC family protein  44.27 
 
 
328 aa  219  7e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1371  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.27 
 
 
328 aa  219  7e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2902  hypothetical protein  37.77 
 
 
322 aa  213  4.9999999999999996e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3044  hypothetical protein  37.46 
 
 
322 aa  211  1e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3895  translation factor SUA5  44.52 
 
 
314 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1811  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.47 
 
 
362 aa  211  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.101238  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0452  translation factor SUA5  43.6 
 
 
331 aa  210  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1857  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.87 
 
 
322 aa  209  4e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0831  translation factor SUA5  43.18 
 
 
327 aa  207  2e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.167827  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.07 
 
 
327 aa  207  3e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.559973  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0507  translation factor SUA5  40.43 
 
 
330 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160879  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0553  translation factor SUA5  40 
 
 
328 aa  202  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0695  translation factor SUA5  40.72 
 
 
346 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.274507  normal  0.401857 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3861  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.17 
 
 
327 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0303  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.93 
 
 
341 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.93 
 
 
341 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.64 
 
 
326 aa  201  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0150257  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.12 
 
 
341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0845  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.93 
 
 
341 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.93 
 
 
341 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.93 
 
 
341 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.939032  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2463  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.85 
 
 
312 aa  200  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1003  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein, putative  41.93 
 
 
342 aa  200  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0840  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.93 
 
 
342 aa  200  3e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0598  hypothetical protein  41.07 
 
 
329 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3187  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.41 
 
 
370 aa  199  5e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.436725  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.56 
 
 
342 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5953  translation factor SUA5  41.56 
 
 
342 aa  198  9e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2542  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.56 
 
 
342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.636354  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  37.58 
 
 
325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0403  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.64 
 
 
316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3271  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.39 
 
 
346 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.917971 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4092  translation factor SUA5  39.31 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0774  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.27 
 
 
320 aa  196  6e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.902931  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0676  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.94 
 
 
342 aa  196  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.727288 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2011  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  41.25 
 
 
342 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2622  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.25 
 
 
342 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.378273  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2651  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.62 
 
 
342 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.654843  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1394  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.42 
 
 
324 aa  192  7e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.406188 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1267  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.06 
 
 
326 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0465  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.06 
 
 
347 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4625  translation factor SUA5  41.07 
 
 
331 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1961  translation factor SUA5  51.38 
 
 
335 aa  189  5e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0231  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.62 
 
 
349 aa  189  5e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0434156  normal  0.320696 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2399  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.45 
 
 
312 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0743  translation factor SUA5  42.14 
 
 
312 aa  188  9e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.763495  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2387  translation factor SUA5  43.55 
 
 
333 aa  188  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833113 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3284  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.08 
 
 
332 aa  187  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5091  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.62 
 
 
333 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3936  translation factor SUA5  43.08 
 
 
332 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.182526  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0445  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.61 
 
 
328 aa  187  3e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0195  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  36.84 
 
 
389 aa  187  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0577  hypothetical protein  39.44 
 
 
336 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0484  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.14 
 
 
337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.862271 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.54 
 
 
331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5452  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  37.07 
 
 
346 aa  181  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0228845  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4305  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  39.94 
 
 
327 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2842  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.77 
 
 
335 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5174  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  37.07 
 
 
346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5009  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  37.07 
 
 
346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000874149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5025  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  37.07 
 
 
346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00487742  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5568  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  37.07 
 
 
346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00343157  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5503  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  37.07 
 
 
346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113963  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5417  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  37.07 
 
 
346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.7505e-62 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2418  translation factor SUA5  36.86 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.85919  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0497  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.84 
 
 
337 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.271479  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0227  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.73 
 
 
322 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4587  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.87 
 
 
329 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3846  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.17 
 
 
347 aa  179  7e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00967711  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0988  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.81 
 
 
332 aa  179  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.330084 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4186  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.26 
 
 
355 aa  179  9e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.302621  hitchhiker  0.00000330857 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2696  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  41.99 
 
 
328 aa  177  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4009  hypothetical protein  43.3 
 
 
328 aa  177  3e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1544  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.31 
 
 
348 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676955  normal  0.0127604 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3265  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.16 
 
 
345 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327071  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3319  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.5 
 
 
348 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.831205  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0435  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.43 
 
 
316 aa  176  5e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2287  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.7 
 
 
346 aa  175  9e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.036585  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1132  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  41.32 
 
 
329 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.763244 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.69 
 
 
358 aa  175  9.999999999999999e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0715  translation factor SUA5  39.38 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0405  Sua5/YciO/YrdC family protein  40.13 
 
 
323 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3060  translation factor SUA5  41.29 
 
 
323 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2595  translation factor SUA5  34.98 
 
 
351 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5504  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  36.45 
 
 
346 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000376853  unclonable  1.14998e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5448  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  34.57 
 
 
346 aa  173  5e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.011245  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1588  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.46 
 
 
317 aa  172  5e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4321  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.81 
 
 
356 aa  172  5.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.550799 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0414  Sua5/YciO/YrdC family protein  39.81 
 
 
323 aa  172  6.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395003  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5123  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.31 
 
 
346 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401349  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0389  Sua5/YciO/YrdC family protein  35.49 
 
 
320 aa  172  9e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.50354  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4473  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.95 
 
 
329 aa  172  9e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0940782  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0807  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.26 
 
 
338 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.172547  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4486  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.19 
 
 
296 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.503081 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.88 
 
 
349 aa  170  3e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0547  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.73 
 
 
324 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373463  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0126  translation factor SUA5  40.2 
 
 
315 aa  170  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>