More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2430 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2430  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
349 aa  704    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12310  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.38 
 
 
342 aa  331  9e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0273996  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0820  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.62 
 
 
358 aa  329  3e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.163531  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4070  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.28 
 
 
354 aa  328  6e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1227  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.97 
 
 
361 aa  328  6e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4237  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.44 
 
 
354 aa  328  8e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.913769  normal  0.279005 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0376  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.04 
 
 
357 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0391  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.04 
 
 
357 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.234892  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1700  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.53 
 
 
336 aa  327  2.0000000000000001e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.979156 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2295  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.33 
 
 
354 aa  327  2.0000000000000001e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.697474  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4093  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.67 
 
 
354 aa  325  6e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0327  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.51 
 
 
355 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4657  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.31 
 
 
354 aa  324  1e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1796  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  51.11 
 
 
341 aa  320  1.9999999999999998e-86  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000827733 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0512  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.67 
 
 
356 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3053  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.48 
 
 
347 aa  320  3e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00505613  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.92 
 
 
351 aa  320  3e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0500  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.27 
 
 
357 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.951437  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2944  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.79 
 
 
335 aa  319  5e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000368947  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0499  Holliday junction DNA helicase RuvB  52 
 
 
356 aa  319  6e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.456698  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0483  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.06 
 
 
352 aa  318  7e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3694  Holliday junction DNA helicase RuvB  52 
 
 
356 aa  318  7.999999999999999e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.500554  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2117  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.09 
 
 
337 aa  318  1e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1662  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.38 
 
 
344 aa  318  1e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.280554  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2503  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.13 
 
 
370 aa  317  1e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.54699  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1454  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.16 
 
 
338 aa  317  2e-85  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00617754  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.86 
 
 
358 aa  317  2e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3316  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.56 
 
 
337 aa  317  2e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0944  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.47 
 
 
343 aa  316  3e-85  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2234  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.95 
 
 
353 aa  317  3e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.11 
 
 
355 aa  316  4e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.110252 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2145  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.26 
 
 
334 aa  315  5e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3954  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.4 
 
 
363 aa  315  6e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150024 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0270  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.78 
 
 
335 aa  315  6e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1063  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.95 
 
 
343 aa  315  7e-85  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.39 
 
 
345 aa  315  8e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1116  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.16 
 
 
338 aa  315  8e-85  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.848994  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0182  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.62 
 
 
330 aa  315  9e-85  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.107724  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.25 
 
 
337 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0531  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.09 
 
 
348 aa  313  1.9999999999999998e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.899114  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.75 
 
 
338 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0581  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.9 
 
 
355 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0607  Holliday junction DNA helicase RuvB  53.9 
 
 
354 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.655719 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.97 
 
 
343 aa  313  2.9999999999999996e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003922  holliday junction DNA helicase RuvB  50 
 
 
355 aa  313  3.9999999999999997e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000262975  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0835  Holliday junction DNA helicase RuvB  49.53 
 
 
375 aa  313  3.9999999999999997e-84  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0909626  normal  0.910265 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1371  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.16 
 
 
348 aa  313  3.9999999999999997e-84  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.386234  normal  0.148478 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1436  Holliday junction DNA helicase RuvB  50 
 
 
334 aa  312  4.999999999999999e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000380468  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1334  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.96 
 
 
336 aa  312  5.999999999999999e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00146189  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5144  Holliday junction DNA helicase RuvB  49.84 
 
 
353 aa  311  7.999999999999999e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0445122  decreased coverage  0.000117077 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4505  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.63 
 
 
333 aa  311  9e-84  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00121958  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4554  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.63 
 
 
333 aa  311  9e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00514849  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3774  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.38 
 
 
356 aa  311  1e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0528  Holliday junction DNA helicase RuvB  49.19 
 
 
338 aa  311  1e-83  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5229  Holliday junction DNA helicase RuvB  48.7 
 
 
342 aa  311  1e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.365286 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2354  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.62 
 
 
337 aa  311  1e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.807347  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2425  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.22 
 
 
347 aa  310  2e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0803389 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.93 
 
 
341 aa  310  2e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4500  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.31 
 
 
541 aa  310  2e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000049576 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2719  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.31 
 
 
347 aa  310  2e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0868  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.43 
 
 
350 aa  310  2e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.281028  normal  0.0371389 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0905  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.31 
 
 
335 aa  310  2e-83  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0373  Holliday junction DNA helicase RuvB  49.84 
 
 
342 aa  311  2e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1365  Holliday junction DNA helicase RuvB  49.38 
 
 
386 aa  310  2e-83  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.191372  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.48 
 
 
338 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4315  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.31 
 
 
336 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0417721  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0655  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.23 
 
 
356 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1348  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.8 
 
 
335 aa  310  2.9999999999999997e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000729469  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4650  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.31 
 
 
333 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000830982  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0953  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.28 
 
 
342 aa  310  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.48 
 
 
355 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0205  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.23 
 
 
356 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.48 
 
 
338 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2777  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.32 
 
 
351 aa  310  2.9999999999999997e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.928098  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0688  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.23 
 
 
356 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.48 
 
 
354 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1343  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.63 
 
 
367 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0651112  normal  0.572707 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2053  Holliday junction DNA helicase RuvB  49.54 
 
 
336 aa  309  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0123486  normal  0.169016 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1889  Holliday junction DNA helicase RuvB  49.84 
 
 
337 aa  309  4e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1011  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.28 
 
 
342 aa  309  4e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.948868  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4153  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.31 
 
 
336 aa  309  4e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000576232  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4164  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.31 
 
 
336 aa  309  4e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000669292  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2213  Holliday junction DNA helicase RuvB  52.08 
 
 
346 aa  309  4e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2108  Holliday junction DNA helicase RuvB  49.54 
 
 
336 aa  309  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.279118 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1014  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.28 
 
 
342 aa  309  4e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1128  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.93 
 
 
356 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.79 
 
 
363 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3366  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.93 
 
 
356 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2353  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.93 
 
 
356 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3407  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.93 
 
 
356 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3137  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.31 
 
 
333 aa  309  5.9999999999999995e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000701371  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2532  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.93 
 
 
356 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3401  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.93 
 
 
356 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0266  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.93 
 
 
356 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1410  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.11 
 
 
353 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.585511  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2696  Holliday junction DNA helicase RuvB  51.23 
 
 
355 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.229917  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0696  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.31 
 
 
333 aa  308  8e-83  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000306713  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0418  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.64 
 
 
351 aa  308  1.0000000000000001e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2048  Holliday junction DNA helicase RuvB  49.54 
 
 
336 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4539  Holliday junction DNA helicase RuvB  50.31 
 
 
333 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000348871  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>