21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5719 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5719  sigma-24 (FecI)  100 
 
 		 123 aa  252  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2264  hypothetical protein  51.52 
 
 		 132 aa  102  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  31.43 
 
 		 184 aa  51.6  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4178  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.43 
 
 		 196 aa  52  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  35.23 
 
 		 184 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.5 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  34.09 
 
 		 184 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.9 
 
 		 180 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 		 183 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 		 182 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 		 183 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.58 
 
 		 205 aa  43.9  0.0007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.67 
 
 		 179 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.04 
 
 		 223 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.95 
 
 		 174 aa  42  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.5 
 
 		 182 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  32.56 
 
 		 185 aa  42  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  31.96 
 
 		 191 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  31.33 
 
 		 190 aa  41.6  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  27.78 
 
 		 185 aa  41.6  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 196 aa  40.8  0.007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>