More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0559 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  91.94 
 
 
397 aa  737    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  92.44 
 
 
397 aa  742    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  84.13 
 
 
397 aa  686    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  91.94 
 
 
397 aa  737    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0821  succinyl-CoA synthetase subunit beta  82.87 
 
 
397 aa  670    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.97511 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3514  succinyl-CoA synthetase subunit beta  85.64 
 
 
397 aa  684    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.764048  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 
397 aa  798    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0193  succinyl-CoA synthetase subunit beta  74.75 
 
 
399 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0280  succinyl-CoA synthetase subunit beta  73.3 
 
 
398 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0625888 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0393  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.04 
 
 
398 aa  591  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal  0.21905 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2162  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  74.24 
 
 
398 aa  587  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23107  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1124  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  74.75 
 
 
398 aa  589  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.101156  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0186  succinyl-CoA synthetase subunit beta  73.3 
 
 
398 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.984943  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0154  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  72.22 
 
 
400 aa  585  1e-166  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306338  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0536  succinyl-CoA synthetase subunit beta  73.23 
 
 
399 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0544  succinyl-CoA synthetase subunit beta  73.05 
 
 
397 aa  581  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3605  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  71.39 
 
 
410 aa  578  1e-164  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.194047  normal  0.127689 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  71.21 
 
 
389 aa  576  1.0000000000000001e-163  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0920  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  71.03 
 
 
398 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492661  normal  0.231916 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0420  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.22 
 
 
399 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1586  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  72.22 
 
 
398 aa  568  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991981  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1926  succinyl-CoA synthetase subunit beta  71.03 
 
 
398 aa  568  1e-161  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0023  succinyl-CoA synthetase subunit beta  71.79 
 
 
398 aa  570  1e-161  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1855  succinyl-CoA synthetase subunit beta  71.03 
 
 
398 aa  568  1e-161  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.965079  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0490  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  70.2 
 
 
410 aa  565  1e-160  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1926  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  71.97 
 
 
398 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15774  normal  0.826279 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1644  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  71.97 
 
 
398 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.443341  normal  0.47315 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0931  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.28 
 
 
398 aa  558  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1911  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0229  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.8 
 
 
399 aa  556  1e-157  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.53 
 
 
398 aa  556  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.349199  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4127  succinyl-CoA synthetase subunit beta  69.95 
 
 
398 aa  555  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  68.94 
 
 
399 aa  551  1e-156  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3396  succinyl-CoA synthetase subunit beta  69.19 
 
 
397 aa  553  1e-156  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3170  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.42 
 
 
399 aa  539  9.999999999999999e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2819  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  70.71 
 
 
399 aa  533  1e-150  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.867832  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1625  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  66.92 
 
 
398 aa  527  1e-148  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.357974  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3973  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.26 
 
 
397 aa  527  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.51 
 
 
397 aa  520  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3197  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.43 
 
 
399 aa  521  1e-146  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0176  succinyl-CoA synthetase subunit beta  65.83 
 
 
426 aa  512  1e-144  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135845  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.64 
 
 
386 aa  509  1e-143  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.13 
 
 
386 aa  503  1e-141  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.64 
 
 
403 aa  503  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  63.13 
 
 
407 aa  498  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3398  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  62.12 
 
 
404 aa  493  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.694638 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.03 
 
 
386 aa  489  1e-137  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.77 
 
 
386 aa  484  1e-136  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.77 
 
 
386 aa  484  1e-136  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.77 
 
 
386 aa  484  1e-135  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.52 
 
 
386 aa  483  1e-135  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.77 
 
 
386 aa  484  1e-135  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.77 
 
 
386 aa  484  1e-135  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.77 
 
 
386 aa  484  1e-135  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.77 
 
 
386 aa  484  1e-135  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.52 
 
 
386 aa  482  1e-135  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  60.86 
 
 
388 aa  481  1e-135  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.35 
 
 
388 aa  479  1e-134  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2069  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  61.62 
 
 
387 aa  481  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000114412  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2261  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  61.11 
 
 
386 aa  480  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139479  hitchhiker  0.0000000854981 
 
 
-
 
NC_002978  WD1210  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.84 
 
 
383 aa  471  1e-132  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1464  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.86 
 
 
392 aa  471  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.84 
 
 
388 aa  472  1e-132  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3486  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.61 
 
 
388 aa  473  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.333849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0155  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.61 
 
 
388 aa  473  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.573103  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.84 
 
 
388 aa  472  1e-132  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2789  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.86 
 
 
392 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.799374 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3223  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.86 
 
 
389 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.835206  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1040  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.61 
 
 
389 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.68 
 
 
388 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0251  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.9 
 
 
392 aa  462  1e-129  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4349  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.61 
 
 
387 aa  463  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.741807  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.99 
 
 
384 aa  463  1e-129  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4047  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.09 
 
 
386 aa  464  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3392  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.09 
 
 
386 aa  464  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0495  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  59.09 
 
 
386 aa  461  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000993882 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2202  succinyl-CoA synthase, beta subunit  55.92 
 
 
388 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00971799  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2012  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.92 
 
 
388 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1617  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.92 
 
 
388 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4233  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.73 
 
 
393 aa  460  9.999999999999999e-129  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.510138  normal  0.149486 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2699  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  59.09 
 
 
386 aa  461  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0793427 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2547  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.7 
 
 
391 aa  459  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.130475 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0674  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.19 
 
 
389 aa  456  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0869  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.59 
 
 
386 aa  457  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.84 
 
 
386 aa  455  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0597  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.31 
 
 
390 aa  449  1e-125  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1557  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.31 
 
 
390 aa  448  1e-125  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1801  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.91 
 
 
389 aa  449  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.198712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43950  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.43 
 
 
388 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0993593  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3686  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.43 
 
 
388 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.03 
 
 
389 aa  448  1.0000000000000001e-124  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7116  malate--CoA ligase subunit beta  55.67 
 
 
392 aa  441  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00456682  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0599  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.71 
 
 
387 aa  443  1e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0580  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.71 
 
 
387 aa  443  1e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0245  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.42 
 
 
386 aa  441  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000419135 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3953  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.07 
 
 
386 aa  442  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.14 
 
 
391 aa  443  1e-123  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0260  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.42 
 
 
386 aa  443  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0919  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.08 
 
 
386 aa  443  1e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.14 
 
 
392 aa  443  1e-123  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2250  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.66 
 
 
388 aa  441  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.655045 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>