298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_R0042 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_R0042  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.309663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  98.65 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  97.3 
 
 		 77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0034  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.62589  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  97.3 
 
 		 77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t22  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0010  tRNA-Met  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0045  tRNA-Met  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  97.83 
 
 		 80 bp  83.8  0.000000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  94.34 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  94.34 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0045  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00121636  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAMetVIMSS1309376  tRNA-Met  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515104  hitchhiker  0.0000016198 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0043  tRNA-Met  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.16192 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0006  tRNA-Met  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.412994  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0020  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0126987  normal  0.390721 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAMetVIMSS1309206  tRNA-Met  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.218177  hitchhiker  0.000283446 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0003  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.128696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0044  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000000108683  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0091  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.62007  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0006  tRNA-Met  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.556154 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0011  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000000297005  normal  0.027771 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0056  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.764712  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0052  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.106885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0052  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.526652  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0131  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542069  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0028  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.93116  normal  0.348854 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t17  tRNA-Met  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0001  tRNA-Met  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t17  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA18  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R76  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.121192  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0134  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000283847  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0025  tRNA-Met  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.810324  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0071  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_R0013  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.237291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0032  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.759333 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0128  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000459259  normal  0.192833 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0043  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.48657 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0041  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.904043  normal  0.246653 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0047  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00104453  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0010  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0369476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0040  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000178667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0125  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000032683  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0074  tRNA-Met  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2045  tRNA-Met  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R23  tRNA-Ile  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.105438  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0008  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0009  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.389462  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0054  tRNA-Met  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.0000046509  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_R0029  tRNA-Ile  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>