41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2855 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  100 
 
 		 107 aa  213  9e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  48.35 
 
 		 94 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  39.08 
 
 		 91 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  42.53 
 
 		 91 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 97 aa  73.6  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  43.18 
 
 		 97 aa  68.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 97 aa  68.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  40.82 
 
 		 96 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  39.8 
 
 		 96 aa  68.2  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  43.82 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  40.91 
 
 		 97 aa  67  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 101 aa  67  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  40.21 
 
 		 101 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  42.05 
 
 		 97 aa  66.6  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 95 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  38.55 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 110 aa  64.7  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4760  DNA-binding protein  35.35 
 
 		 146 aa  62  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4468  Cro/CI family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 163 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125773 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4814  XRE family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 82 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3737  helix-turn-helix domain-containing protein  39.08 
 
 		 78 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 93 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3625  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 98 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36020  Transcriptional regulator Cro/CI-like protein  43.48 
 
 		 78 aa  56.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0043  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 98 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2246  hypothetical protein  44.07 
 
 		 117 aa  55.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 102 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 95 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 72 aa  47.4  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 84 aa  45.4  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  32.84 
 
 		 68 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 69 aa  42.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 69 aa  42.7  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4807  Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 154 aa  42.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 69 aa  42.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 78 aa  41.2  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 78 aa  41.2  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 81 aa  40.8  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6604  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 126 aa  40.4  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.608837  normal  0.251603 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>