More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4350 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4350  aminotransferase  100 
 
 		 387 aa  785    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486483  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3676  aminotransferase class V  85.23 
 
 		 386 aa  669    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0159839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1517  aminotransferase, class V  99.22 
 
 		 387 aa  781    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.318525 
 
 
-
 
NC_003296  RS04685  putative NIFS-like protein  43.43 
 
 		 389 aa  306  3e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01055  cysteine desulfurase  41.13 
 
 		 404 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004360  cysteine desulfurase  40.28 
 
 		 404 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.591204  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1122  aminotransferase, class V  42.66 
 
 		 382 aa  253  5.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1656  cysteine desulfurase IscS  40.75 
 
 		 408 aa  247  3e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0819836  unclonable  0.0000556983 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1132  cysteine desulfurase  41.13 
 
 		 404 aa  246  6.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0673  cysteine desulfurase IscS  38.04 
 
 		 407 aa  245  8e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.752721  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0822  cysteine desulfurase IscS  38.04 
 
 		 421 aa  245  9e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.02372  normal  0.880264 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2142  cysteine desulfurase IscS  38.59 
 
 		 406 aa  245  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1477  putative cysteine desulfurase  40.75 
 
 		 408 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.339117  hitchhiker  0.000732384 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1710  hypothetical protein  41.58 
 
 		 387 aa  244  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6331  cysteine desulfurase IscS  39.18 
 
 		 405 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.134755  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1360  cysteine desulfurase IscS  39.48 
 
 		 408 aa  243  3e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2848  aminotransferase, class V  40.59 
 
 		 382 aa  243  5e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1710  hypothetical protein  41.03 
 
 		 387 aa  241  1e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0277  cysteine desulfurase  38.89 
 
 		 404 aa  241  1e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0284858  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4665  cysteine desulfurase IscS  37.47 
 
 		 436 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3823  cysteine desulfurase IscS  37.2 
 
 		 403 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.474065 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3698  cysteine desulfurase IscS  37.47 
 
 		 436 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.789582  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2217  cysteine desulfurase  37.94 
 
 		 407 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1708  cysteine desulfurase  37.94 
 
 		 407 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2655  cysteine desulfurase  37.94 
 
 		 407 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3031  cysteine desulfurase  39.01 
 
 		 404 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.563846  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3103  cysteine desulfurase  37.94 
 
 		 407 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.412431  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1489  cysteine desulfurase  37.94 
 
 		 407 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.71249  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2733  cysteine desulfurase  37.67 
 
 		 407 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2599  cysteine desulfurase  37.67 
 
 		 407 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.129174  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1638  cysteine desulfurase IscS  37.23 
 
 		 406 aa  239  6.999999999999999e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0281  cysteine desulfurase  38.1 
 
 		 404 aa  239  6.999999999999999e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.910551  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND05560  cysteine desulfhydrase, putative  38.44 
 
 		 502 aa  238  1e-61  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2579  cysteine desulfurase  38.08 
 
 		 407 aa  238  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120053  hitchhiker  0.000683499 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1104  cysteine desulfurase  38.74 
 
 		 404 aa  238  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.013649  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0885  cysteine desulfurase  37.43 
 
 		 404 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.306655  hitchhiker  0.00050858 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0953  Cysteine desulfurase  38.18 
 
 		 380 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1458  cysteine desulfurase  37.67 
 
 		 407 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2126  cysteine desulfurase  37.53 
 
 		 407 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0842  cysteine desulfurase  37.43 
 
 		 404 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0648359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2143  cysteine desulfurase  37.53 
 
 		 407 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.950908 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1144  cysteine desulfurase  36.86 
 
 		 407 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.282524  normal  0.237339 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0872  cysteine desulfurase  37.43 
 
 		 404 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.368262 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0717  cysteine desulfurase  38.32 
 
 		 406 aa  237  2e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5951  cysteine desulfurase  37.53 
 
 		 407 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.350283  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3627  cysteine desulfurase  38.74 
 
 		 404 aa  237  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0168495  normal  0.888851 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4336  cysteine desulfurase  37.7 
 
 		 404 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.180367  hitchhiker  0.00000000219205 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1487  cysteine desulfurase IscS  39.06 
 
 		 406 aa  237  3e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000124631  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2412  cysteine desulfurase IscS  36.68 
 
 		 403 aa  236  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2036  cysteine desulfurase  37.53 
 
 		 407 aa  236  4e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.639443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2163  cysteine desulfurase  37.53 
 
 		 407 aa  236  4e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.675105  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3027  cysteine desulfurase  38.44 
 
 		 404 aa  236  5.0000000000000005e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0576674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1244  cysteine desulfurase  38.74 
 
 		 404 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.560354  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2498  aminotransferase class V  37.18 
 
 		 381 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2144  cysteine desulfurase IscS  36.96 
 
 		 406 aa  236  7e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124025 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1875  cysteine desulfurase  37.67 
 
 		 407 aa  235  8e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2917  cysteine desulfurase  38.19 
 
 		 404 aa  235  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1019  pyridoxal-phosphate-dependent aminotransferase (NIFS protein)  36.22 
 
 		 405 aa  235  9e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.103423  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2805  cysteine desulfurase  38.19 
 
 		 404 aa  235  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2698  cysteine desulfurase  38.19 
 
 		 404 aa  235  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.016381  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2742  cysteine desulfurase  38.19 
 
 		 404 aa  235  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.46384  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4480  aminotransferase, class V  37.67 
 
 		 381 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.921351  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4477  aminotransferase, class V  37.4 
 
 		 381 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.508200000000001e-19 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2025  aminotransferase, class V  38.19 
 
 		 383 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4530  aminotransferase, class V  37.67 
 
 		 381 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000702151  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2783  cysteine desulfurase  38.19 
 
 		 404 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0158517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1553  cysteine desulfurase  37.53 
 
 		 407 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0484493  normal  0.0430953 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02508  cysteine desulfurase, alanine biosynthesis, putative (Eurofung)  37.84 
 
 		 507 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4292  aminotransferase, class V  37.4 
 
 		 381 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000991667  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2059  cysteine desulfurase IscS  38.87 
 
 		 407 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0733618  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5432  cysteine desulfurase  37.26 
 
 		 407 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.116144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4626  aminotransferase, class V  37.4 
 
 		 381 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.058165  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2751  cysteine desulfurase  38.74 
 
 		 404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.173578  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2262  cysteine desulfurase  36.96 
 
 		 406 aa  233  3e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.626751 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0435  cysteine desulfurase  37.7 
 
 		 409 aa  233  3e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000194235 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02422  cysteine desulfurase  37.91 
 
 		 404 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.657115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1138  cysteine desulfurase IscS  37.91 
 
 		 404 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1147  cysteine desulfurase  37.91 
 
 		 404 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0105086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4244  aminotransferase class V  37.12 
 
 		 381 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00204023  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2681  cysteine desulfurase  37.91 
 
 		 404 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.174524  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1950  cysteine desulfurase IscS  37.28 
 
 		 405 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000843977  normal  0.404205 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02386  hypothetical protein  37.91 
 
 		 404 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.730969  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1276  cysteine desulfurase  37.43 
 
 		 409 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00157162  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2683  cysteine desulfurase  37.91 
 
 		 404 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980146  normal  0.976252 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2905  cysteine desulfurase  37.91 
 
 		 404 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0404853  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1168  cysteine desulfurase  37.43 
 
 		 409 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00941489  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3762  cysteine desulfurase  37.91 
 
 		 404 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00149492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2815  cysteine desulfurase  37.91 
 
 		 404 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00976282  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1058  cysteine desulfurase  35.97 
 
 		 405 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0834623  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2443  cysteine desulfurase IscS  36.68 
 
 		 406 aa  232  8.000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2290  cysteine desulfurase IscS  36.89 
 
 		 405 aa  232  8.000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00326388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0884  cysteine desulfurase IscS  35.71 
 
 		 405 aa  232  9e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.293282  normal  0.187166 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0949  cysteine desulfurase IscS  35.71 
 
 		 405 aa  232  9e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0399375 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4129  aminotransferase, class V  37.12 
 
 		 381 aa  231  1e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00019108  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0616  aminotransferase class V  38.8 
 
 		 408 aa  231  1e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.327538  normal  0.0437001 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0341  cysteine desulfurase  37.77 
 
 		 388 aa  231  1e-59  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4140  aminotransferase, class V  37.12 
 
 		 381 aa  231  2e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000996508  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2178  cysteine desulfurase IscS  35.48 
 
 		 405 aa  231  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000963732  normal  0.389244 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4517  aminotransferase, class V  36.84 
 
 		 381 aa  230  2e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0024603  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01356  cysteine desulfurase  38.86 
 
 		 388 aa  231  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.350506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>