39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1752 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2025  citrate lyase ligase  93.5 
 
 		 354 aa  698    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1752  citrate lyase ligase  100 
 
 		 354 aa  741    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2322  citrate lyase ligase  71.14 
 
 		 347 aa  522  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.784089  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2220  citrate lyase ligase  70.86 
 
 		 347 aa  509  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3375  citrate lyase ligase  53.01 
 
 		 341 aa  368  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.50279 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2410  citrate lyase ligase  49.54 
 
 		 364 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.429442  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0532  citrate lyase synthetase  45.71 
 
 		 352 aa  308  8e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0637  [citrate (pro-3S)-lyase] ligase  45.71 
 
 		 352 aa  308  8e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3026  citrate lyase ligase  45.71 
 
 		 352 aa  308  8e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0669  [citrate (pro-3S)-lyase] ligase  45.71 
 
 		 352 aa  308  8e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.850231  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3007  citrate lyase ligase  45.71 
 
 		 352 aa  308  8e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.52417  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0063  [citrate (pro-3S)-lyase] ligase  47.56 
 
 		 343 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.286677 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0065  [citrate (pro-3S)-lyase] ligase  46.95 
 
 		 343 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00586  citrate lyase synthetase  45.43 
 
 		 352 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00575  hypothetical protein  45.43 
 
 		 352 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0063  [citrate (pro-3S)-lyase] ligase  46.95 
 
 		 343 aa  306  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.438385  normal  0.752435 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0062  [citrate (pro-3S)-lyase] ligase  46.95 
 
 		 343 aa  306  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.93415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0323  citrate (pro-3S)-lyase ligase  45.12 
 
 		 356 aa  305  5.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3171  citrate lyase ligase  47.06 
 
 		 357 aa  304  1.0000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.16085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0706  citrate lyase synthetase  45.14 
 
 		 352 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0064  [citrate (pro-3S)-lyase] ligase  46.65 
 
 		 343 aa  302  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0678  [citrate (pro-3S)-lyase] ligase  45.27 
 
 		 358 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0724  [citrate (pro-3S)-lyase] ligase  45.27 
 
 		 358 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0664  [citrate (pro-3S)-lyase] ligase  45.27 
 
 		 358 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0783  [citrate (pro-3S)-lyase] ligase  45.27 
 
 		 358 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.46183  normal  0.28967 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0737  [citrate (pro-3S)-lyase] ligase  45.27 
 
 		 358 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1162  citrate lyase ligase  36.42 
 
 		 345 aa  236  3e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.161985  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1673  citrate lyase ligase  38.54 
 
 		 347 aa  211  2e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04660  (Citrate (pro-3S)-lyase) ligase  36.39 
 
 		 359 aa  209  4e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0420  citrate lyase synthetase  37.12 
 
 		 348 aa  199  7e-50  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1522  citrate lyase ligase  36.67 
 
 		 342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3862  citrate lyase ligase  37.37 
 
 		 333 aa  182  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1088  citrate lyase ligase  37.54 
 
 		 338 aa  179  4.999999999999999e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3947  citrate lyase ligase  36.7 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000190715 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0439  cytidyltransferase-related domain protein  42.18 
 
 		 688 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00973944 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05301  citrate lyase ligase  39.18 
 
 		 262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3498  GCN5-related N-acetyltransferase  34.83 
 
 		 143 aa  44.7  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.91187  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2578  GCN5-related N-acetyltransferase  29.7 
 
 		 149 aa  43.9  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.70045  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3557  N-acetylglutamate synthase  31.11 
 
 		 435 aa  42.7  0.009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>