178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_R0038 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224003 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0422651  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0528002  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t72  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0449352  hitchhiker  0.00732029 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t57  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA64  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.775663 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0097  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R18  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104316  normal  0.0469264 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0990268 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0946  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0095  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1054  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0011771  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00058  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.293441  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.0000965884  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3481  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.241057  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.671862 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  100 
 
 		 98 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R11  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0013  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338637  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0072  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4496  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00806213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0078  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0160  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0258592  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0012  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.898265 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0071  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.64652  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3649  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.10172  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3470  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00513731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3660  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0342114  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309361  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3481  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0017  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00691517 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3587  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.453688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0082  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000269162  normal  0.128864 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60360  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0065  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0088  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5466  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138574  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3551  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116004  normal  0.383928 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5072  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000520026  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.639768  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt50  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.916446 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0007  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.592692  normal  0.555862 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127498 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0018  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00811518  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.451467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3989  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000460311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu04  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.353437  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277294  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.948257 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna35  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45897  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0070  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.187893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309291  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.932316 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0018  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.369555  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0018  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.296928  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.46023  hitchhiker  0.0000702886 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4277  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111824  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0021  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.97423e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.9705100000000005e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0036  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.798802  normal  0.436937 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07705  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0001  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0126  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000553004  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0041  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000226044  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00313005  normal  0.455942 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0122  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000181545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02743  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>