More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_0756 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
66 aa  134  3.0000000000000003e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  81.82 
 
 
66 aa  113  1.0000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0880  cold shock protein  80.3 
 
 
66 aa  110  5e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000035682  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  81.54 
 
 
65 aa  110  9e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.76 
 
 
67 aa  106  1e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  76.19 
 
 
67 aa  104  5e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 
66 aa  100  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.73 
 
 
66 aa  98.6  3e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 
83 aa  97.1  8e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  66.67 
 
 
66 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 
66 aa  94.7  3e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  67.69 
 
 
66 aa  94  6e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  73.44 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
66 aa  93.2  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
66 aa  92  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
65 aa  92.4  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 
67 aa  92  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  65.62 
 
 
66 aa  92  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.49 
 
 
70 aa  91.7  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.13 
 
 
65 aa  92  3e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1587  cold-shock DNA-binding protein family  67.69 
 
 
66 aa  90.9  5e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000012511  unclonable  7.72165e-24 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 
66 aa  90.9  5e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
66 aa  90.5  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 
67 aa  90.1  8e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.58 
 
 
69 aa  90.1  8e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
65 aa  90.1  9e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  63.08 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  65.62 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 
70 aa  90.1  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0890  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000324148  normal  0.0824036 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 
66 aa  90.1  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
65 aa  89.7  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0387  cold-shock DNA-binding domain protein  59.38 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000327706  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0979  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  89.4  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.327909 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.97 
 
 
68 aa  89.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  65.15 
 
 
66 aa  89.4  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
71 aa  89  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
66 aa  88.6  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  62.5 
 
 
67 aa  89  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  57.58 
 
 
66 aa  89.4  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
65 aa  89  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  62.5 
 
 
67 aa  89  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
66 aa  89  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.199562  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  62.5 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  62.5 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  62.5 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
66 aa  88.2  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
65 aa  88.6  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
70 aa  88.2  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 
67 aa  88.2  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  62.5 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  62.5 
 
 
65 aa  88.2  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  63.08 
 
 
66 aa  87.8  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  62.5 
 
 
65 aa  88.2  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  62.5 
 
 
65 aa  88.2  4e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  63.08 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  63.08 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  63.08 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  63.08 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  63.08 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  63.08 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  63.08 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  63.08 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
67 aa  87.8  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.46 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  66.13 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  66.13 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.49 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.35 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 
69 aa  87.4  6e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
67 aa  87  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 
72 aa  87  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
67 aa  87  7e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.33 
 
 
68 aa  87  7e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>