174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_R0028 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_R0028  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.718999  normal  0.480249 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0092  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0007  tRNA-Trp  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0089  tRNA-Trp  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTrp01  tRNA-Trp  88 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0104  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000684472  hitchhiker  0.0000018986 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0020  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0669163 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0033  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.0000000398886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0045  tRNA-Trp  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.134628  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0159  tRNA-Trp  85.33 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0033  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.076955  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0011  tRNA-Trp  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.372887  normal  0.155772 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0051  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000731058  hitchhiker  0.00807651 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  84.06 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1116  tRNA-Trp  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.493252  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4779  tRNA-Trp  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159164  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0013  tRNA-Trp  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00144283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0029  tRNA-Trp  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0025  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00179903  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0001  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.432405  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0002  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.823848  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>