More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_R0001 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0022  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.688613  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0046  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0051  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0676526  normal  0.132155 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0012  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.16976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0091  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000373853 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0007  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.026745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t03  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104113 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0006  tRNA-Phe  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167349  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0011  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0017  tRNA-Phe  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t12  tRNA-Phe  93.94 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0141221  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0001  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236291  normal  0.254475 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0002  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.133114  normal  0.804364 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3119t  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000473964  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03599  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3194t  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.166642  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2873  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2870  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.65469e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna104  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000422121  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03596  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3122t  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000556833  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna097  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000688692  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03603  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3124t  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000666953  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2875  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.76547e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna099  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna102  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03594  tRNA-Phe  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt29  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt29  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0999  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.347989  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0055  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598604 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1129  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0063  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0037  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0008  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0046  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00122164  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0029  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000341854  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0001  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238457 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0017  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0080  tRNA-Phe  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000484766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4139  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.32664  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4150  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.552056  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0054  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0044  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16456  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0046  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>