47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3890 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3890  hypothetical protein  100 
 
 		 299 aa  608  1e-173  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000264827  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3978  hypothetical protein  96.66 
 
 		 299 aa  560  1e-158  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000313749 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1329  hypothetical protein  74.83 
 
 		 299 aa  443  1e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3311  hypothetical protein  71.96 
 
 		 300 aa  436  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000199952  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0338  hypothetical protein  67.11 
 
 		 300 aa  370  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000696753  unclonable  2.7524400000000004e-23 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2614  hypothetical protein  62.93 
 
 		 299 aa  359  3e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.337512  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3062  hypothetical protein  56.46 
 
 		 302 aa  319  3.9999999999999996e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0128005  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1128  hypothetical protein  36.45 
 
 		 300 aa  193  4e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.163819  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0366  hypothetical protein  33.56 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1593  hypothetical protein  37.1 
 
 		 260 aa  153  4e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000791677  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2438  histidine kinase  32.26 
 
 		 382 aa  72.4  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.401185 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2530  histidine kinase  31.61 
 
 		 379 aa  72.4  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.266857  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2626  histidine kinase  32.69 
 
 		 379 aa  72  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1329  histidine kinase  32.05 
 
 		 379 aa  70.9  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0014  diguanylate cyclase  26.81 
 
 		 387 aa  62.4  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0018  diguanylate cyclase  26.81 
 
 		 387 aa  62.4  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0128135 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0018  diguanylate cyclase  26.81 
 
 		 387 aa  62.4  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000219286 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1801  hypothetical protein  30.66 
 
 		 185 aa  61.6  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.103514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0014  diguanylate cyclase  28.03 
 
 		 397 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0629316 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0014  diguanylate cyclase  28.03 
 
 		 397 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000317011 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3913  hypothetical protein  28.47 
 
 		 182 aa  60.5  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0022  diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 403 aa  59.7  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.585928  hitchhiker  0.0000000315771 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1800  hypothetical protein  29.79 
 
 		 183 aa  59.7  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.177619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3232  hypothetical protein  28.26 
 
 		 183 aa  59.7  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.209662 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0506  hypothetical protein  30.28 
 
 		 152 aa  57  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1704  hypothetical protein  29.85 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.28879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2403  hypothetical protein  28.76 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5252  hypothetical protein  30.34 
 
 		 185 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.379196 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0381  hypothetical protein  27.14 
 
 		 181 aa  54.7  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1833  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.32 
 
 		 515 aa  53.9  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.239593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0484  hypothetical protein  24.82 
 
 		 166 aa  52.8  0.000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.875691  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.87 
 
 		 415 aa  52.4  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1542  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.93 
 
 		 578 aa  52  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.58873  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2173  hypothetical protein, GGDEF domain  30.19 
 
 		 377 aa  50.8  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2647  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.21 
 
 		 498 aa  50.4  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.835336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1836  hypothetical protein  32.52 
 
 		 151 aa  48.9  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  28.26 
 
 		 472 aa  48.1  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0844  hypothetical protein  30.5 
 
 		 172 aa  48.1  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0384719  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1430  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.77 
 
 		 481 aa  46.6  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.105361  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1405  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.44 
 
 		 879 aa  45.4  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0963  anti-sigma-factor antagonist  21.35 
 
 		 308 aa  45.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1314  hypothetical protein  32.31 
 
 		 80 aa  45.1  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3654  diguanylate cyclase  23.21 
 
 		 473 aa  44.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.271139  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1649  diguanylate cyclase  30 
 
 		 453 aa  43.5  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.103879  normal  0.646228 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0071  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  20.99 
 
 		 494 aa  42.4  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  25 
 
 		 470 aa  42.4  0.009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3378  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.49 
 
 		 517 aa  42.4  0.01  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>