35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2978 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2978  DNA polymerase beta domain protein region  100 
 
 		 217 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1252  DNA polymerase beta domain protein region  86.15 
 
 		 136 aa  226  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.859255 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1250  hypothetical protein  90.8 
 
 		 147 aa  171  7.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.164225 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0948  hypothetical protein  73.56 
 
 		 147 aa  144  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000163038  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1397  DNA polymerase beta domain protein region  54.76 
 
 		 134 aa  131  6.999999999999999e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0347326  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1760  DNA polymerase beta domain protein region  40.94 
 
 		 135 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5679  putative nucleotidyltransferase  37.93 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0666104  decreased coverage  0.000482275 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0269  nucleotidyltransferase  37.07 
 
 		 135 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2281  nucleotidyltransferase  36.92 
 
 		 132 aa  70.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0106509  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3165  hypothetical protein  34.21 
 
 		 139 aa  67  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2422  DNA polymerase beta subunit  40 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0882  DNA polymerase beta subunit  34.97 
 
 		 156 aa  62  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293265 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1075  DNA polymerase beta subunit  34.09 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141135 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1276  DNA polymerase beta subunit  33.85 
 
 		 129 aa  61.2  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000156571 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0893  DNA polymerase beta domain-containing protein region  33.85 
 
 		 143 aa  58.9  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2345  DNA polymerase beta domain protein region  35.34 
 
 		 144 aa  58.9  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0133  DNA polymerase beta subunit  32.31 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2946  DNA polymerase beta subunit  32.31 
 
 		 131 aa  53.1  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0225  DNA polymerase beta domain protein region  34.94 
 
 		 142 aa  50.4  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2523  hypothetical protein  37.5 
 
 		 88 aa  48.9  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1316  nucleotidyltransferase  32.03 
 
 		 148 aa  48.9  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2332  DNA polymerase beta subunit  35.58 
 
 		 128 aa  48.5  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0825  DNA polymerase beta subunit  40.48 
 
 		 140 aa  47.4  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.453012  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4418  DNA polymerase beta subunit  36.05 
 
 		 148 aa  46.6  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.234666 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2954  DNA polymerase beta subunit  30.47 
 
 		 133 aa  46.2  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0658  DNA polymerase beta subunit  31.31 
 
 		 137 aa  43.9  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311195  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37320  hypothetical protein  39.19 
 
 		 155 aa  43.9  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2738  DNA polymerase beta domain protein region  45.65 
 
 		 109 aa  43.9  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.474404 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0763  DNA polymerase beta subunit  34.88 
 
 		 143 aa  43.5  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.122769 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3257  DNA polymerase, beta-like region  29.91 
 
 		 132 aa  43.1  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00329127  hitchhiker  2.42256e-16 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  37.33 
 
 		 96 aa  42.7  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0250  DNA polymerase beta subunit  40.91 
 
 		 137 aa  42.7  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  40.28 
 
 		 132 aa  42.4  0.006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  40.35 
 
 		 99 aa  41.6  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2036  hypothetical protein  31.88 
 
 		 144 aa  41.6  0.009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345648 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>