48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0036 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.552883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0025  tRNA-Val  98.61 
 
 		 72 bp  135  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0239971 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0040  tRNA-Val  93.06 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0040  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000348872 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0038  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0038  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0034789  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0037  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00626142  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0039  tRNA-Val  93.62 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0049  tRNA-Val  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.890961 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0035  tRNA-Val  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.476132 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0007  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0005  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.858584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10340  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0379292 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0007  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393787  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0014  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0194107  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0005  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0024  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.422383  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0035  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0205002  normal  0.0343396 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0005  tRNA-Val  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.642292 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0038  tRNA-Val  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.978426  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0046  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0062  tRNA-Val  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0043  tRNA-Val  85.19 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0026  tRNA-Val  85.19 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.142579 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0049  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000556498  normal  0.485056 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0052  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0374404  unclonable  6.3728200000000006e-24 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>