69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0038 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_R0038  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0034789  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0035  tRNA-Val  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.476132 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0024  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.422383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0036  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.552883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0038  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0040  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000348872 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0020  tRNA-Val  97.56 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.320151  normal  0.0855025 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0025  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0239971 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0033  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0332381  normal  0.0106585 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0040  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0005  tRNA-Val  85.51 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0005  tRNA-Val  85.51 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.858584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0007  tRNA-Val  85.51 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393787  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0028  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.163089  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0046  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.052544 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0007  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0002  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884588  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0019  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0037  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00626142  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0014  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0194107  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0013  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.38084 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10340  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0379292 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  83.33 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0059  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.40098  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0013  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688167  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0074  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0744587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0045  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.374674 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0043  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4574  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0200099  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0035  tRNA-Val  83.58 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0205002  normal  0.0343396 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0048  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0187429  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0611  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0857734  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0039  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.910644  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0073  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0044  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.306747  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt01  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.762273  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1045  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0049  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.319616  normal  0.525393 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-2  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.582141  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0047  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0672814  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1047  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249423  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t64  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.248641  normal  0.186781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t67  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.812999  normal  0.19275 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t66  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.812999  normal  0.190236 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t65  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.247556  normal  0.186781 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0081  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0033  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0005  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0042  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0180356  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0043  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0100237  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0030  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.49638 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0046  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0044  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00997597  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0045  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0174897  normal  0.909079 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0078  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0079  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0080  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>