138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_R0007 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_R0007  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393787  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0005  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.858584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0005  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0014  tRNA-Val  98.59 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0194107  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0007  tRNA-Val  98.59 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  92.96 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  92.96 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  92.96 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  92.65 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0020  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  90.14 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0026  tRNA-Val  94.44 
 
 		 72 bp  83.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.142579 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    88.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0012  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.207104  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0007  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0174963 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0053  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.694322  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  88.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna47  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625367  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  87.32 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0061  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.272807 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA13  tRNA-Val  87.14 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00601929  normal  0.184013 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.052544 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0059  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.40098  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0013  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.38084 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0074  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0744587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0019  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0013  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688167  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0028  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.163089  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0002  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884588  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0048  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.546388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0025  tRNA-Val  86.76 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0239971 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0029  tRNA-Val  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0038  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0040  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000348872 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0035  tRNA-Val  85.51 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.476132 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0019  tRNA-Val  86.89 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.516167 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0038  tRNA-Val  85.51 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0034789  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0053    85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0017  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.757994  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0036  tRNA-Val  85.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.552883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0048  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0268651  normal  0.468066 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0060  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00507823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0064  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.022514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0056  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA28  tRNA-Val  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0041  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0042  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.209916  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0041  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0784234  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0024  tRNA-Val  84.51 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198375  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0039  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000287509  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0041  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000183486  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0040  tRNA-Val  84.29 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt01  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.762273  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0050  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.651338  normal  0.744651 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4574  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0200099  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0043  tRNA-Val  91.89 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0048  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0187429  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2440  tRNA-Val  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2943  tRNA-Val  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.24885  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2946  tRNA-Val  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.411322  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2949  tRNA-Val  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.116038  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2150  tRNA-Val  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2626  tRNA-Val  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.888803  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2629  tRNA-Val  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.8453  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2632  tRNA-Val  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.602317  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0050  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.568856  normal  0.757396 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0045  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.374674 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0039  tRNA-Val  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.910644  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0043  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0044  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.306747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0073  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  89.86 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0864  hypothetical protein  93.94 
 
 		 276 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.37521 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0014  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.366276 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0611  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0857734  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>