277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3296 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  100 
 
 
80 aa  158  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0090  exodeoxyribonuclease VII small subunit  76.25 
 
 
80 aa  124  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2922  exodeoxyribonuclease VII small subunit  71.79 
 
 
81 aa  112  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.67181 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0398  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  63.75 
 
 
80 aa  105  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  64.38 
 
 
97 aa  97.8  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0779  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  60.27 
 
 
86 aa  95.5  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144683  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1171  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  60 
 
 
113 aa  92.4  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.462861  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0431  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.84 
 
 
84 aa  90.1  9e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.468215  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0438  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.84 
 
 
84 aa  90.1  9e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0542  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.84 
 
 
84 aa  90.1  9e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2790  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  58.75 
 
 
79 aa  90.1  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.282192  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1136  exodeoxyribonuclease VII small subunit  58.75 
 
 
79 aa  89  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  58.75 
 
 
79 aa  89  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4459  exodeoxyribonuclease VII small subunit  57.53 
 
 
83 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.340877  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56 
 
 
83 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2480  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56 
 
 
83 aa  84.7  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.19 
 
 
87 aa  84.3  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1104  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.28 
 
 
85 aa  83.2  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0569  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.44 
 
 
83 aa  83.2  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72936  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4304  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.79 
 
 
83 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185821  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0733  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.95 
 
 
88 aa  83.2  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.44 
 
 
83 aa  83.2  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0779  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.16 
 
 
83 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0495  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
83 aa  79.7  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.7 
 
 
86 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.112701  normal  0.027381 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0399  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.71 
 
 
84 aa  79.3  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171686  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1150  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52 
 
 
82 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.7 
 
 
94 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.7 
 
 
94 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0634  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.42 
 
 
83 aa  77  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.714213  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4825  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.33 
 
 
93 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129421  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0998  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.33 
 
 
83 aa  75.9  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0846  exodeoxyribonuclease VII small subunit  56.16 
 
 
84 aa  74.7  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.136632  normal  0.343056 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.57 
 
 
88 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.374802  normal  0.592453 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4308  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.57 
 
 
88 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8627  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.14 
 
 
83 aa  70.9  0.000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0021  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.83 
 
 
105 aa  70.5  0.000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804691  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3317  exodeoxyribonuclease VII small subunit  55.07 
 
 
80 aa  68.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2587  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.1 
 
 
83 aa  67  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00858119  normal  0.452628 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.58 
 
 
122 aa  66.2  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0089  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50 
 
 
76 aa  66.2  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0300263  normal  0.239711 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1199  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.56 
 
 
88 aa  65.9  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.25 
 
 
76 aa  63.5  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1731  Exonuclease VII small subunit  48.53 
 
 
85 aa  62.8  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.735568  normal  0.0195932 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12190  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.59 
 
 
83 aa  60.5  0.000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1698  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.46 
 
 
90 aa  60.1  0.000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.120092 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.33 
 
 
84 aa  60.1  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2434  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.07 
 
 
79 aa  59.7  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.691221  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1090  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.48 
 
 
82 aa  58.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2131  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.94 
 
 
85 aa  59.3  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.62561  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0889  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.65 
 
 
80 aa  58.5  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.25 
 
 
112 aa  58.5  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1083  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.12 
 
 
76 aa  58.2  0.00000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.03 
 
 
76 aa  57.8  0.00000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.03 
 
 
76 aa  58.2  0.00000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.24 
 
 
79 aa  58.2  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.046824  hitchhiker  0.0000314592 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  50 
 
 
77 aa  58.2  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2892  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.27 
 
 
82 aa  58.2  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1080  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.67 
 
 
87 aa  57.8  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000691643 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2729  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.59 
 
 
79 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00285704  normal  0.425427 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2802  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.59 
 
 
79 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.269499  normal  0.706037 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2899  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.59 
 
 
79 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152416  hitchhiker  0.000215653 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0935  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.39 
 
 
80 aa  57  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.25175  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2569  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.18 
 
 
78 aa  57  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0788452  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1581  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.12 
 
 
76 aa  57  0.00000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00814066  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1614  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.12 
 
 
76 aa  57  0.00000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000644175  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1277  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.12 
 
 
79 aa  57  0.00000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.11345  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.61 
 
 
79 aa  56.6  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1100  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.86 
 
 
86 aa  56.2  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2989  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.67 
 
 
82 aa  56.6  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.247958  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3950  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.28 
 
 
105 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3476  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.85 
 
 
79 aa  56.6  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.173082  hitchhiker  0.00255329 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3083  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.62 
 
 
82 aa  55.5  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.03 
 
 
83 aa  55.8  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.37 
 
 
85 aa  56.2  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2037  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.19 
 
 
78 aa  55.1  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2872  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.55 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0380914  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2769  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.91 
 
 
79 aa  55.1  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2788  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.65 
 
 
78 aa  55.5  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0306157  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1359  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.18 
 
 
79 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00292788  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.33 
 
 
76 aa  54.7  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1384  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.18 
 
 
79 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.402794 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3001  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.65 
 
 
79 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.121829  decreased coverage  0.0000000571856 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0234  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.39 
 
 
84 aa  54.3  0.0000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.733912  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1345  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.94 
 
 
79 aa  54.7  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00230985  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0465  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.21 
 
 
80 aa  53.9  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0463  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.21 
 
 
80 aa  53.9  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004256  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.44 
 
 
80 aa  54.3  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0612  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.02 
 
 
104 aa  53.9  0.0000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0471  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.21 
 
 
80 aa  53.9  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0526  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.21 
 
 
80 aa  53.9  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0484  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.21 
 
 
80 aa  53.9  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0020  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.45 
 
 
68 aa  53.9  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3492  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.46 
 
 
82 aa  53.9  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000422868  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1057  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.32 
 
 
75 aa  53.9  0.0000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.900986  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0844  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.02 
 
 
104 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1704  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.02 
 
 
97 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4031  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.28 
 
 
76 aa  53.9  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0705396  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2394  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.02 
 
 
97 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1510  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.02 
 
 
97 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>