More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1060 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
252 aa  514  1.0000000000000001e-145  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  54.58 
 
 
272 aa  285  5e-76  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_003296  RS00359  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  52.99 
 
 
255 aa  256  4e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.580904  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0301  extracellular solute-binding protein  54.04 
 
 
255 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0401  extracellular solute-binding protein  50.86 
 
 
254 aa  249  4e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1602  extracellular solute-binding protein  52.63 
 
 
258 aa  249  4e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0240  extracellular solute-binding protein family 3  51.29 
 
 
253 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.551221  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0246  extracellular solute-binding protein  51.29 
 
 
253 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.469708 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0360  extracellular solute-binding protein  47.01 
 
 
256 aa  228  9e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.59 
 
 
266 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  36.4 
 
 
266 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  40.53 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  38.37 
 
 
253 aa  151  8.999999999999999e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  37.86 
 
 
258 aa  151  8.999999999999999e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  36.96 
 
 
266 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3742  extracellular solute-binding protein  37.12 
 
 
261 aa  150  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  35.27 
 
 
266 aa  146  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  39.92 
 
 
250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  35.27 
 
 
266 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  35.27 
 
 
266 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  35.27 
 
 
266 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  35.27 
 
 
266 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  38.4 
 
 
265 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  37.69 
 
 
253 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 
270 aa  142  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.62 
 
 
315 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  36.14 
 
 
265 aa  142  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  34.24 
 
 
266 aa  142  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.62 
 
 
320 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  34.48 
 
 
266 aa  142  7e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  34.24 
 
 
266 aa  142  7e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  34.24 
 
 
266 aa  142  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.27 
 
 
266 aa  141  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  35.62 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  33.77 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  33.77 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  34.48 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  34.48 
 
 
285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  34.48 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  37.19 
 
 
257 aa  139  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  33.77 
 
 
266 aa  139  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  34.48 
 
 
266 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  33.77 
 
 
266 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  33.77 
 
 
266 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.26 
 
 
257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.26 
 
 
257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  35.69 
 
 
266 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  34.65 
 
 
266 aa  139  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  34.1 
 
 
266 aa  139  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
266 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
266 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  34.1 
 
 
285 aa  138  7e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.89 
 
 
257 aa  138  7.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0296  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  35.62 
 
 
309 aa  138  7.999999999999999e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.511931  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.89 
 
 
257 aa  138  7.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0326  extracellular solute-binding protein  35.62 
 
 
310 aa  138  7.999999999999999e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.95 
 
 
264 aa  137  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  32.56 
 
 
264 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.95 
 
 
264 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  35.81 
 
 
264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  35.81 
 
 
264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  32.56 
 
 
264 aa  136  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  32.56 
 
 
264 aa  136  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.56 
 
 
264 aa  136  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  32.56 
 
 
264 aa  136  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.11 
 
 
249 aa  136  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0700  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  38.13 
 
 
243 aa  135  5e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.347684  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  36 
 
 
252 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  34.78 
 
 
266 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  32.56 
 
 
264 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 
262 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.33 
 
 
264 aa  135  9e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.27 
 
 
267 aa  135  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.19 
 
 
313 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.19 
 
 
313 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.95 
 
 
264 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  35.93 
 
 
266 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  32.55 
 
 
264 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2908  cystine transporter subunit  36.12 
 
 
265 aa  134  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647057  normal  0.0539473 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  34.93 
 
 
264 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.19 
 
 
313 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  32.81 
 
 
264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.19 
 
 
264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  31.67 
 
 
270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2280  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.61 
 
 
244 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  33.99 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.77 
 
 
253 aa  133  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  33.48 
 
 
264 aa  133  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.77 
 
 
253 aa  133  3e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.25 
 
 
260 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.19 
 
 
264 aa  133  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  37.12 
 
 
246 aa  132  5e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.69 
 
 
243 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.69 
 
 
245 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.69 
 
 
243 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.69 
 
 
245 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.69 
 
 
243 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.22 
 
 
243 aa  132  6e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  32.13 
 
 
264 aa  131  9e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>